Basic Information

Symbol
hsa_SHKBP1_0002800
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-SHKBP1_0006
Host gene
SHKBP1
Type of circRNA
Intron-Exon-Intron
Location (GRCh37)
19:41092318-41092850 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
19:40586412-40586944 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-177.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -188.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 185.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((.........)).))))))).....(((((((((((((...(((.......)))(((((....)))))(((((((.......((((.((...)))))).)))))))......(((....)))((((((((.((((..((((.(..((((.(((((((.....(((((.........(((.......))).......(((((......)))))....))))).....)))).))).))))....).))))....)))).))))))))....(((((........((((....((..((((((((((((((.((((.(((............))).))))......)))).)))))...)))))))...))))........))))).)))))))))))))..((((((........).)))))(((.(((.(((((...))))))))))))))))).)((.....((((.(((((((...(((.....)))...)))).)))....))))........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({((,.,,,||||(((((((((((((...{{{({{{{{.,.,,,..,.})}}}...|||,,.....,}}(((((....)))))(((((((.......((((.{,...}))))).)))))))...,,.(((....))).|||(((((((((.,.((({(.,(({,{(((,(((...((.(((.((....)).))).)).}}}.))}},,}}.{{{{,.,,,,,}||}}....|||,{{{({{.{({.{(((|,,.{{{{{.||||....|||,.}))),||{{.{.((((({((..,...(((((((..(((((....{{{{{.,.{({(,(({({,.{{..,,(,{{,.||,|....,}})))))).}).)))..)})),},))))..|||...))))))))..))))))),,.}}))).}}}.}.))})}},..))))}..,})))).))))))}))))}),,,},,,.}),})))}))))...).))))))))).))))))))))))),.,.{{{,.}}},.,,,,},,.,
Forensic Context

No forensic context available.