Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0001800

Sequence Length

567 nt

GC Content

0.5062

GACUGGAAUGUCACGUGGAAUACCAGCAACCCCGACUUCACCAAGUGCUUUCAGAACACGGUCCUCGUGUGGGUGCCUUGUUUUUACCUCUGGGCCUGUUUCCCCUUCUACUUCCUCUAUCUCUCCCGACAUGACCGAGGCUACAUUCAGAUGACACCUCUCAACAAAACCAAAACUGCCUUGGGAUUUUUGCUGUGGAUCGUCUGCUGGGCAGACCUCUUCUACUCUUUCUGGGAAAGAAGUCGGGGCAUAUUCCUGGCCCCAGUGUUUCUGGUCAGCCCAACUCUCUUGGGCAUCACCAUGCUGCUUGCUACCUUUUUAAUUCAGCUGGAGAGGAGGAAGGGAGUUCAGUCUUCAGGGAUCAUGCUCACUUUCUGGCUGGUAGCCCUAGUGUGUGCCCUAGCCAUCCUGAGAUCCAAAAUUAUGACAGCCUUAAAAGAGGAUGCCCAGGUGGACCUGUUUCGUGACAUCACUUUCUACGUCUACUUUUCCCUCUUACUCAUUCAGCUCGUCUUGUCCUGUUUCUCAGAUCGCUCACCCCUGUUCUCGGAAACCAUCCACGACCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-151.71 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -162.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 172.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((......)))(((((((..........((((((((((...(((((......(((((.(((((....(((((.((...)).)))))....)))))))))).......)))))..........(((((......(((((((....................................)))))))..........(((((..((((((...))))))....)))))......)))))..)))))))))).........(((.((((.....))))...)))..........(((((((((...((((((.(((.((((((((.......))))))))((((((.((((...((((....))))...)))).))))))))).))))))....))).)))))).(((.(((.(((((..((....((.((((((.....((((((......((((((((.......(((....))).......))))))))...)))))).........))).))).))...))..)))))))).))).....(((....)))......))))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((......)))(((((((.....{({,.{{{,{{,,,...,||||||..,,,,,((({({,.,,}}}}}|||,|}},}},......,,|,|||.{{{,,,,(({{{{{..,((((({.,,,.{(({{,...{,(((((((..,.....,,{{,..,,.,.||..,,..,,,,....}}}))))...,.,,,..(((((..((((((...))))))....))))){{,,,,.}})),))),||||||{,.....,,}})),||{{.....)}))},,((((((.....))))))....(({.((((..{............}..)))))))))))))))))))|||..|}|.|,.|||||.....{{,|,{,...,((((,,.}}}}..,},),),}),},{((.{{,{(((((..((..,.,,.((((((.....((((((......((((((((.,,....(((....)))....,,.))))))))...)))))).........))).))).,},..))..))))))}}.)))...,,|||....,)),,....))))))....)