Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0003800

Sequence Length

390 nt

GC Content

0.5077

GCCUUGGGAUUUUUGCUGUGGAUCGUCUGCUGGGCAGACCUCUUCUACUCUUUCUGGGAAAGAAGUCGGGGCAUAUUCCUGGCCCCAGUGUUUCUGGUCAGCCCAACUCUCUUGGGCAUCACCAUGCUGCUUGCUACCUUUUUAAUUCAGCUGGAGAGGAGGAAGGGAGUUCAGUCUUCAGGGAUCAUGCUCACUUUCUGGCUGGUAGCCCUAGUGUGUGCCCUAGCCAUCCUGAGAUCCAAAAUUAUGACAGCCUUAAAAGAGGAUGCCCAGGUGGACCUGUUUCGUGACAUCACUUUCUACGUCUACUUUUCCCUCUUACUCAUUCAGCUCGUCUUGUCCUGUUUCUCAGAUCGCUCACCCCUGUUCUCGGAAACCAUCCACGACCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-109.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -116.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 86.1

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((........(((((((..((((..((((((....(((((.(((.....)))..)))))..(((((((((..((((..((((.....))))...((((((.....))))))........((((((.(((.((((((((.......))))))))((((((.((((...((((....))))...)))).))))))))).)))))).)))).)))))))))(((.(((.(((((..((....((.((((((.....((((((......((((((((.......(((....))).......))))))))...)))))).........))).))).))...))..)))))))).))).....)))))).))))....))))))).))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((........{((((((.((((({.{{||}|||,.{{{{{.{((,,,,.||)|,})}}}..((((({{{{..,{{|},||{{.....}})),,.||||{{.....}}||||,,,{{...((((((.(((.((((((((.......)))))))){(((((,((((...((((....))))...)))).))))))))).)))))).,,,),)})))))),(((.((,{(((((..((..,.,,.((((((.....((((((......((((((((.,,....(((....))).....,.))))))))...)))))).........))).))).,),..))..)))))))).))).....|}|,,,.)))}.,,.))))))),))).