Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0019600

Sequence Length

740 nt

GC Content

0.5865

GGAUCGCCGUGUUUGGCUACUCCAUGGCCGUGUCCAUCGGGGGGAUCUUGGCUUCCCGCUGUCUGCACGUGGACCUGCUGCACAGCAUCCUGCGGUCACCCAUGAGCUUCUUUGAGCGGACCCCCAGUGGGAACCUGGUGAACCGCUUCUCCAAGGAGCUGGACACAGUGGACUCCAUGAUCCCGGAGGUCAUCAAGAUGUUCAUGGGCUCCCUGUUCAACGUCAUUGGUGCCUGCAUCGUUAUCCUGCUGGCCACGCCCAUCGCCGCCAUCAUCAUCCCGCCCCUUGGCCUCAUCUACUUCUUCGUCCAGAGGUUCUACGUGGCUUCCUCCCGGCAGCUGAAGCGCCUCGAGUCGGUCAGCCGCUCCCCGGUCUAUUCCCAUUUCAACGAGACCUUGCUGGGGGUCAGCGUCAUUCGAGCCUUCGAGGAGCAGGAGCGCUUCAUCCACCAGAGUGACCUGAAGGUGGACGAGAACCAGAAGGCCUAUUACCCCAGCAUCGUGGCCAACAGGUGGCUGGCCGUGCGGCUGGAGUGUGUGGGCAACUGCAUCGUUCUGUUUGCUGCCCUGUUUGCGGUGAUCUCCAGGCACAGCCUCAGUGCUGGCUUGGUGGGCCUCUCAGUGUCUUACUCAUUGCAGGUCACCACGUACUUGAACUGGCUGGUUCGGAUGUCAUCUGAAAUGGAAACCAACAUCGUGGCCGUGGAGAGGCUCAAGGAGUAUUCAGAGACUGAGAAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-276.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -289.4

Frequency: 0.0000

Diversity: 248.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(..(((..((((..(...((((.((((.(((.((((((((((.(((....(((((((.(.(.(((((....((((((........))))))...)))))((((((((.((((((..(.((((.(....))))).)..))))))....))))))))).).)))))))...))).))))))(.(((.(((((((((((...(((((.....)))))))))).))))))))).)........)))).))).)))).)))).)..)))).))))))))(.((((((((((((.(((((........((((.((((((((((((....(((((((((((......))...(((.(((....))))))...(((((...............))))).)))))))))((((.(((((((((((((((........)))).)))).........)))))))))))....((((((....(((...(((((((((.(((((..((((((((.(.....).))))))))..))))).))).))))))..)))..))))))...(((((((.......))))))).(.((((((.((((......)))))))))).)(((((..(((((.......))))).))))).)))))))...)))))..))))(((((((...)))))))..((..((.......))..)))))))))))).))))).....((((...))))...)).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.{..(((..((((..,.,.((((.((((.(((.((((((((((.(((..{,(((((((.(.{.(((((...,((((((........)))))},..)))))((((((((.((((((..{.((((.(....))))).)..)))))},...))))))))).).)))))))}..))).))))))(.(((.(((((((((((,..(((({..,,.))}})))))).))))))))).)........)))).))).)))).)))).}..)))).))),))))(.(({(((((((((.(((((,,({,((.({{({((({((,{{(((((.{(.,..||,|||||,||{|||||{{|.||{..,{|||||{{,{((({,..,,.,........,,)}||.,}}}}))))||||}|{{{{{(|||{{,}|||||,{{.||.}|})))}.,,,.,..},||||||||..|{||||,{(({{{,{(,,{(((((((({.(((((,,{(((((({.,...,,},)|||}|||,.}||||,|}}{||||||,.},|{{..,,,,,,,.,)}))))}.,...)))||||,}}||||||,|{|||...}}))))),.)))|}|||||,}{{{{{}}}}..}))))},))))))))}}))},.,)}}}},}}}))||||||{,.,})))))),|||...|},....,),))}})))))))))),))))),,,,.{{{|,..))))}..)).)