Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0006700

Sequence Length

593 nt

GC Content

0.5379

AGGUGUGCUCUGAACAAGCCGAGACGGGGCCGUGCCGAGCAAUGAUCUCCCGCUGGUACUUUGAUGUGACUGAAGGGAAGUGUGCCCCAUUCUUUUACGGCGGAUGUGGCGGCAACCGGAACAACUUUGACACAGAAGAGUACUGCAUGGCCGUGUGUGGCAGCGCCAUGUCCCAAAGUUUACUCAAGACUACCCAGGAACCUCUUGCCCGAGAUCCUGUUAAACUUCCUACAACAGCAGCCAGUACCCCUGAUGCCGUUGACAAGUAUCUCGAGACACCUGGGGAUGAGAAUGAACAUGCCCAUUUCCAGAAAGCCAAAGAGAGGCUUGAGGCCAAGCACCGAGAGAGAAUGUCCCAGGUCAUGAGAGAAUGGGAAGAGGCAGAACGUCAAGCAAAGAACUUGCCUAAAGCUGAUAAGAAGGCAGUUAUCCAGCAUUUCCAGGAGAAAGUGGAAUCUUUGGAACAGGAAGCAGCCAACGAGAGACAGCAGCUGGUGGAGACACACAUGGCCAGAGUGGAAGCCAUGCUCAAUGACCGCCGCCGCCUGGCCCUGGAGAACUACAUCACCGCUCUGCAGGCUGUUCCUCCUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-178.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -191.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 124.4

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.(((((((.....(((.(.(((.((((((((..(((...........)))((((((((..((((.(.((((.....(((((((((((((........))).)))).))))..))......))))).))))..)))))))))))))))).))).))))...(((...(((((...(((.((((.((((.....(((..(((((((((((((((.(((...........((((.(((..(((.....))).))).))))))).).))))))......(((((((((..............))))))))).(((((.......)))))..)))..........)))))....)))..)))).))))))).)))))...)))................((((.((((.............)))))))).(((((...(((((........)))))...))))).)))..)))))))..((((.((.(((((((.((((((........((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).(((.((......)).))))))))).)))))))..)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((.{{{((((.....(((,{.(((.((((((((..(((...........)))((((((((..((((.,.((((....,,{(((((((((((........))).)))).)))).,}.......))))}.))))..)))))))))))))))).))).))))...(((.,.(((((...(((.((((.((((...,,(((..(((({,,.((((({||||{...........((((.(((..(((.....))).))).))))}}},).}))))).,....(((((((((.{.......,,.}.))))))))).{((((.......))))}{.,{{...}}..)},)))}}....))}..)))).))))})),)))))...)))..........,,....{{{||||{{...,{{,...|..}})))})).{(((|...(((((........)))))...))))).}}}|.}))}}))..((((,(,.(((((((,((((((.....{{.((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).}|{.,,......)).}}})))))).))))))).})}}))).