Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0012400

Sequence Length

668 nt

GC Content

0.6048

GGAUCAGCUGACUCGCCUGGCUCUGAGCCCCGCCGCCGCGCUCGGGCUCCGUCAGUUUCCUCGGCAGCGGUAGGCGAGAGCACGCGGAGGAGCGUGCGCGGGGGCCCCGGGAGACGGCGGCGGUGGCGGCGCGGGCAGAGCAAGGACGCGGCGGAUCCCACUCGCACAGCAGCGCACUCGGUGCCCCGCGCAGGGUCGCGAUGCUGCCCGGUUUGGCACUGCUCCUGCUGGCCGCCUGGACGGCUCGGGCGCUGGAGGUACCCACUGAUGGUAAUGCUGGCCUGCUGGCUGAACCCCAGAUUGCCAUGUUCUGUGGCAGACUGAACAUGCACAUGAAUGUCCAGAAUGGGAAGUGGGAUUCAGAUCCAUCAGGGACCAAAACCUGCAUUGAUACCAAGGAAGGCAUCCUGCAGUAUUGCCAAGAAGUCUACCCUGAACUGCAGAUCACCAAUGUGGUAGAAGCCAACCAACCAGUGACCAUCCAGAACUGGUGCAAGCGGGGCCGCAAGCAGUGCAAGACCCAUCCCCACUUUGUGAUUCCCUACCGCUGCUUAGUUGGUGAGUUUGUAAGUGAUGCCCUUCUCGUUCCUGACAAGUGCAAAUUCUUACACCAGGAGAGGAUGGAUGUUUGCGAAACUCAUCUUCACUGGCACACCGUCGCCAAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-265 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -276.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 177.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...((((((..(((((((..((.((......)))).)).)))))...)))))))))(((((((((((((((.((..((((((......))))))((((((((.(((((.(.((((((((((((((.((((..(.......)..)))).))....)))).))).).))..))).))))).))))).))).((((.((...)).))))(((((.((((((((..(((.((((.((.(....((.(.((..((((((((...(((((.(((((((((.((((((.((((((((.((((..((.((((..((((.((((..(((........)).)..)))))))))))).)).)))).)))))..))).))))........)).))))...))))).((..(((.(((((((((.......((....)).......)))))))(((((....))))).)).)))..))...)))))))).)))))..)).).))...)))))))))))))))))).)))))......(((...)))..))))))))))))))..(..((((((((((((((..((.((.(((((..(((((....(((..........))))))))))))).)))).))))).)))))))))..)..((((........))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...((((((..(((((((.,{(.((,,,,,.}}}),)}.})))),,.)))))))))(((((((((((((((.(({.((({({,,.,,,}}}|||((((((((.(((((.{.{|(({(((((((((.((((..{.......)..)))).))....)))).))).}.))..}}}.))))).)))))}))),((((.((...)).))))(((({.((((((((..(((.((((.((,(....((.(.((..((((((((...(((((.(((({(((({((((({.((((((((.((((..((.(((,.{((((.((((..{((........)}.}..)))))))))))).)).)))).)))))..))}.||||........}},)})).},},))}.||..|||.|,(((((((...,...{{....}}.....,.))))))),{{((,...})))).}}.))).,)),..)))))))).)))))..)).).))...)))))))))))))))))).}))))..,,,,|,|..}))}.}))))))))))))))..{..((((((((((((((..{{.((.(((((..(((((....(((.,.....}}.)}})))))))))).)),}.)))))})))))))))..}..((((........))))..)))