Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0012700

Sequence Length

555 nt

GC Content

0.6306

GGAUCAGCUGACUCGCCUGGCUCUGAGCCCCGCCGCCGCGCUCGGGCUCCGUCAGUUUCCUCGGCAGCGGUAGGCGAGAGCACGCGGAGGAGCGUGCGCGGGGGCCCCGGGAGACGGCGGCGGUGGCGGCGCGGGCAGAGCAAGGACGCGGCGGAUCCCACUCGCACAGCAGCGCACUCGGUGCCCCGCGCAGGGUCGCGAUGCUGCCCGGUUUGGCACUGCUCCUGCUGGCCGCCUGGACGGCUCGGGCGCUGGAGGUACCCACUGAUGGUAAUGCUGGCCUGCUGGCUGAACCCCAGAUUGCCAUGUUCUGUGGCAGACUGAACAUGCACAUGAAUGUCCAGAAUGGGAAGUGGGAUUCAGAUCCAUCAGGGACCAAAACCUGCAUUGAUACCAAGGAAGGCAUCCUGCAGUAUUGCCAAGAAGUCUACCCUGAACUGCAGAUCACCAAUGUGGUAGAAGCCAACCAACCAGUGACCAUCCAGAACUGGUGCAAGCGGGGCCGCAAGCAGUGCAAGACCCAUCCCCACUUUGUGAUUCCCUACCGCUGCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-232.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -241.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 105.69

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...((((((..(((((((..((.((......)))).)).)))))...)))))))))((.((((((((((((.((..((((((......))))))((((((((.(((((.(.((((((((((((((.((((..(.......)..)))).))....)))).))).).))..))).))))).))))).))).((((.((...)).))))(((((.((((((((..(((.((((.((.(....((.(.((..((((((((...(((((.(((((((((.((((((.((((((((.((((..((.((((..((((.((((..(((........)).)..)))))))))))).)).)))).)))))..))).))))........)).))))...))))).((..(((.(((((((((.......((....)).......)))))))(((((....))))).)).)))..))...)))))))).)))))..)).).))...)))))))))))))))))).)))))......(((...)))..)))))))))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...((((((..(((((((.,{(.((......}}}).)).)))))...)))))))))((.((((((((((((.(({.((({(,{{.{{,},}|||((((((((.(((((.(.{{(({(((((((((.((((..(.......)..)))).))....)))).))).}.))..}}).))))).)))))}))),((((.((...)).))))(((({.((((((((..(((.((((.((,(....((.(.((..((((((((...(((((.(((({(((({((((({.((((((((.((((..((.(((,.{((((.((((..{((........)}.}..)))))))))))).)).)))).)))))..))}.||||........}},)})).},},))}.||..|||.|,(((((((...,...{{....}}.....,.))))))),{{((,...})))).}}.))).,)),..)))))))).)))))..)).).))...)))))))))))))))))).}))))..,}}}|.|..})),.))))))))))))))).))