Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATXN10_0001700

Sequence Length

612 nt

GC Content

0.4150

AGAAACAGCACCCAGGACUAUCUUCCAAAGAGUUCUGGAUAUCCUAAAGAAAUCUUCUCAUGCUGUUGAGCUUGCCUGCAGAGAUCCAUCCCAAGUGGAAAACCUGGCUUCCAGUCUGCAGUUAAUAACAGAAUGCUUCAGGUGUCUUCGCAAUGCUUGCAUAGAGUGUUCUGUGAACCAGAAUUCAAUCAGGAACUUGGAUACGAUUGGUGUUGCUGUUGAUUUGAUUCUUCUGUUUCGUGAACUGCGAGUGGAACAGGAAUCUCUGUUGACAGCUUUUCGCUGUGGCCUGCAGUUUUUAGGCAACAUUGCCUCACGGAAUGAAGAUUCCCAGUCUAUUGUUUGGGUGCAUGCUUUCCCAGAACUGUUUUUGUCUUGCUUAAAUCAUCCGGACAAAAAAAUUGUUGCCUACUCUUCAAUGAUUUUGUUUACAUCCCUUAAUCAUGAAAGAAUGAAAGAACUGGAGGAGAACCUCAAUAUUGCAAUUGAUGUCAUAGAUGCUUACCAAAAACAUCCUGAAUCAGAAUGGCCGUUCUUGAUUAUUACAGACCUCUUUCUGAAAAGCCCGGAAUUGGUACAAGCCAUGUUUCCCAAACUGAACAAUCAAGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-157.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -169.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 112.96

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((((.(((((((..((((...))))))))))).........((((...))))..)))))))........(.((((((((((((.....))))....((((..(((((.((.((((((....((((((((((((((((((.......)))))))....)))))))))))(((.(((((...((((((((((...(((((.....)))))...)))..))))))).))))).)))...)))))))).))))))))).)))))))).)(((((.....)))))..(((.((((((((((((((((.........(((((....)))))((((......((((((..........))))))))))(((((((((..............)))))))))...))))))))..((((..((((((..(.........)..))))))..))))....)))))))).)))...((.(((((......))))).))....((((...........))))((((((((((((....)))).)))))....)))..))((((((((..((...((((.((((....))))...))))....))......)).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((((((.((((((({.,((,...})))))))))).........(((,...})))..))))))),{{{,.,.{.((((((((((((.....)))),...((((..(((((.((.((((((....((((((((((((((((((.......)))))))....)))))))))))(((.(((((.,,((((((,(((...(((((.....)))))...))),,}))))}}.))))).)))...)))))))).))))))))).,))))))).}{||||,,...}||||,,(((.((((((((((((((((.........(((((....))))){{{{.....,((((((.,........))}})}}}}}{((((((({.|.......,,.,,))))))))}...))))))))}.((((..((((((..{.........}..))))))..))))....,))))))).))).,.,(.(((((......))))).))|...((((.{{.....,}.)))),||(((((((((....))))}}))))..,,)))..))(((((({,..,,...((({.((((....)))).,,))))....}}|.....))}))))))