Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATXN10_0001900

Sequence Length

1057 nt

GC Content

0.4352

AGAAACAGCACCCAGGACUAUCUUCCAAAGAGUUCUGGAUAUCCUAAAGAAAUCUUCUCAUGCUGUUGAGCUUGCCUGCAGAGAUCCAUCCCAAGUGGAAAACCUGGCUUCCAGUCUGCAGUUAAUAACAGAAUGCUUCAGGUGUCUUCGCAAUGCUUGCAUAGAGUGUUCUGUGAACCAGAAUUCAAUCAGGAACUUGGAUACGAUUGGUGUUGCUGUUGAUUUGAUUCUUCUGUUUCGUGAACUGCGAGUGGAACAGGAAUCUCUGUUGACAGCUUUUCGCUGUGGCCUGCAGUUUUUAGGCAACAUUGCCUCACGGAAUGAAGAUUCCCAGUCUAUUGUUUGGGUGCAUGCUUUCCCAGAACUGUUUUUGUCUUGCUUAAAUCAUCCGGACAAAAAAAUUGUUGCCUACUCUUCAAUGAUUUUGUUUACAUCCCUUAAUCAUGAAAGAAUGAAAGAACUGGAGGAGAACCUCAAUAUUGCAAUUGAUGUCAUAGAUGCUUACCAAAAACAUCCUGAAUCAGAAUGGCCGUUCUUGAUUAUUACAGACCUCUUUCUGAAAAGCCCGGAAUUGGUACAAGCCAUGUUUCCCAAACUGAACAAUCAAGAAAGAGUUACACUGUUAGACCUUAUGAUAGCCAAGAUAACGAGUGAUGAGCCACUCACCAAGGAUGACAUCCCUGUGUUUUUGCGGCAUGCUGAGUUGAUUGCAAGCACCUUUGUGGAUCAGUGCAAGACUGUGCUCAAGCUGGCCUCUGAGGAGCCUCCUGAUGAUGAGGAGGCACUGGCUACAAUUAGGCUUCUCGACGUCCUGUGCGAAAUGACUGUGAAUACUGAGCUGCUCGGCUAUCUGCAGGUUUUCCCUGGCUUGCUGGAAAGAGUGAUUGAUCUUUUGCGGGUGAUUCAUGUAGCUGGAAAAGAAACCACAAACAUCUUCAGUAAUUGUGGUUGCGUGAGAGCAGAAGGUGACAUCUCCAAUGUGGCCAAUGGGUUUAAGUCUCAUCUCAUUCGUCUGAUUGGAAAUCUGUGUUACAAGAAUAAAGAUAACCAAGACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-298 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -318.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 221.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((........(((((((..((((...)))))))))))..............((((.((..((((.((((.(((((((((((((((.((((((.(.((((((((((...((((.((.((((((....((((((((((((((((((.......)))))))....)))))))))))(((.(((((...((((((((((...(((((.....)))))...)))..))))))).))))).)))...)))))))).))))(((((....)))))(.(((((.(((((((((((((..((((((((((((((((.........(((((....)))))((((......((((((..........))))))))))(((((((((..............)))))))))...))))))))..((((..((((((..(.........)..))))))..))))....))))))))((((....))))....(((((((((((.(((...(((((...(((((((((.((((((((((((....)))).)))))....)))..((((((((((..((...((((.((((....))))...))))....))......)).)))))))).....((((((.......))))))..........(((((......)))))....(((........)))))))))))).)))))..))))))))))))))...((((.(.((.((((((((......)))....))))))).).)))).(((((((.......)))))))...)))))))..(((((........).)))).)))))).).)))).)...(((((...))))).......))))))))))))))...(((......)))))).)))).)))))))))))))))..))))..)).))))((((((((((.......))..))))))))((......))....(((.((((.....)))).)))..((((.......)))))))(.((.((((...(((..((((.((((.....)))).))))..))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

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