Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CACNA1C_0003600

Sequence Length

428 nt

GC Content

0.5911

GUUCCAACUAUGGGAGCCCACGCCCCGCCCAUGCCAACAUGAAUGCCAAUGCGGCAGCGGGGCUGGCCCCUGAGCACAUCCCCACCCCGGGGGCUGCCCUGUCGUGGCAGGCGGCCAUCGACGCAGCCCGGCAGGCUAAGCUGAUGGGCAGCGCUGGCAAUGCGACCAUCUCCACAGUCAGCUCCACGCAGCGGAAGCGGCAGCAAUAUGGGAAACCCAAGAAGCAGGGCAGCACCACGGCCACACGCCCGCCCCGAGCCCUGCUCUGCCUGACCCUGAAGAACCCCAUCCGGAGGGCCUGCAUCAGCAUUGUCGAAUGGAAACCAUUUGAAAUAAUUAUUUUACUGACUAUUUUUGCCAAUUGUGUGGCCUUAGCGAUCUAUAUUCCCUUUCCAGAAGAUGAUUCCAACGCCACCAAUUCCAACCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-147.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -155.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 102.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((..((..(((.(((...(((((((...((((..(((........))).))))))))))).))))))..)).....((((.....))))((((((((((((.(((..(((........))).))))))))))....((((.....))))((((((..((.((.....))))..)))))).....))))))))).((((((.((((((((...))))(((.(((((((........(((.....)))........))))))))))((((..((.((........))...)).)))).(((....)))...((((((((...))))))))..................)))).)))))(((((.(((((.((.(.((((....(((........)))...)))).))).)))))))))).......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,,..{(..(((.(((...(((((((.,,(({{..|||,...,,,.}}}.))))))))))).))))))..)).....((((.....))))((((((((((((,(((..{{{}}},.,}})||.|||||}||||,,..{|||.||||}.}}((((((..((.((.....))))..)))))){||...|}|,}},}},|||||}....((((...)))){{,{(((((((........(((.....))).,......))))))))))|||{,,||,{{..{..,{{|..,.)).))}}}|||,}}})),...((((((((...)))))))).,,,...........}},||,..{{|..(((((.(((((.{{.(.((((.,..(((........)))..,)))).}}).)))))))))).}},..})