Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CAPRIN1_0003200

Sequence Length

472 nt

GC Content

0.4237

GGUAAGCUUGAUGAUUACCAGGAACGAAUGAACAAAGGGGAAAGGCUUAAUCAAGAUCAGCUGGAUGCCGUUUCUAAGUACCAGGAAGUCACAAAUAAUUUGGAGUUUGCAAAAGAAUUACAGAGGAGUUUCAUGGCACUAAGUCAAGAUAUUCAGAAAACAAUAAAGAAGACAGCACGUCGGGAGCAGCUUAUGAGAGAAGAAGCUGAACAGAAACGUUUAAAAACUGUACUUGAGCUACAGUAUGUUUUGGACAAAUUGGGAGAUGAUGAAGUGCGGACUGACCUGAAACAAGGUUUGAAUGGAGUGCCAAUAUUGUCCGAAGAGGAGUUGUCAUUGUUGGAUGAAUUCUAUAAGCUAGUAGACCCUGAACGGGACAUGAGCUUGAGGUUGAAUGAACAGUAUGAACAUGCCUCCAUUCACCUGUGGGACCUGCUGGAAGGGAAGGAAAAACCUGUAUGUGGAACCACCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-106 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -115.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 66.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(.....).)))))(((................((((((((...(((.((.....)).)))))).))))).(((.(((((((.((.(......((((..((((......))))..))))))).)))).))).)))......(((.(((((...((((((......((((((((((...(..((((((.(......).))))))..)....))))......((((((.......))))))...(((((((((((((((.(..(.((..(((....)))(((((......)))))...)).)..).))))).))))))))))....))))))))))))...)))))))).((((((.((.(.(((.....))).))).))))))((((.(((((....((((....))))...))))))))).(((..((.((....(((..........)))....))))..))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

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