Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CCDC66_0002900
Sequence Length
1609 nt
GC Content
0.3878
AUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAGUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAACUUUCUCCGUUCUAUGACUGCUCUCUUGGACCCAGCUCAGAUUGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAUUAGAGCAUCAGAAAGCCAUCACUGCCCAGGUAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACUGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCUUCGCUUAGCACAGGAACGUGAAGAGAUGCAGAAACAGUAUGAAGAAGACAUACUUAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAAUCAUGACUCUCAAGACAAAUGAGCUAUUCCAGACAAUGCAGCGAGCACAGGAACUGGCACAGAGACUAAAACAAGAACAAAGAAUCCGAGAAUUGGCGCAAAAGGGACAUGACACUUCUAGACUGAUUAAAAAUCUUGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-339.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -369.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 431.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.....))..(((((((((........((((((..........(((((((.((((((.....(((.(((((...))))).))))))))).....(((((.....)))))..((((((((........((((.........))))......((((((..(((((((((((.....))))...........((((..(((((.....)))))..))))...))))))))))))).(((((..........)))))...((((((.................))))))((((........))))........((((((((.(((((.............))))))))))))).........))))))))...((((.((.....))))))...((((.((((((..(((((((((((....(((.(((((.....(((.....))).......)))))((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))........(((....)))...(..((((.((((....))))))))..)......(((...)))(((((.....))))).)))..))))))))))).)))........))).))))...........)))))))))))))...(((((((....((.(((.((((..................((((((((.............((((((((........(((..((((...................))))..)))........)))))))).(((((((((..((.....))...)))))))))..........(((((.............(((.((((((.........(((..(((((((.((...........)).)..............((((((.((...(..(((.....)))..)...)).))))))...........)))))))))..........)))))).))).(((((................)))))...(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((..(((..((((.(((((..........................))))).))))..(((..........)))....)))..))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............((((....((((...((....))...))))....))))......)))))...((.(((...))))).))))))))..................((((...))))....)))).))).)).....))))).)).......))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({.....}}..(((((((((.....{(((((({{..........,{{||||.{{{(({....,(({.(((((...))))).}||||||||.....(((((((.......((({({{{{{{{.......|||{.,,,...,{||||,,....{((,,(({..,,,)))))}}...{(..(((((.((.{(...)).)).)))))..)),((((({{.{{{.{{{{,...)))),,|((({..........)))))...{(({{{....,,,,,,.,,,,,,|}||||((((..,,,,,,|}||,.......{(((((((.(((((.............))))))))))))|{{..,,,.,,,,,...,...{(((.{{,,...},}}}}...{{{{,{{,.,,..(((((((((((.,..(((.,{({{.....(((.....))).......)))}|{(((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....)))))))).)))))}|....,,.{{|..|,||,...{..((((.((({....})))))))..}...,..||{...)),(((((.....))))).)))}.))))))))))).}}}}.,....,|||,||}}..{{.......}||}}}}}||||..,.{|||,|||||||{{{{{{{(({...,,,...{,,,......,||||}.......||,....|||({{{{.....||,|{,.,{|{{.........,,........}}|}..|||{{...,,.|||||},,.(((((((((..((.....}),..)))))))))....,.,,,.,,....}}....|||||||||||||||,...,,|....,...{{|,,{{.||...........,|||,.....,,......{{{{{(,{({..(..(((.....)))..)..,}).)))))}|||..,...}}})},,}})}}))}},.,))),,}})}))}}|||||}}.............,}))}}..,||||||{{{{{((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((,,...,,.)))))..(((((...))))).((.,,,,||...}|||,,,,,)),)}}}}))))))}.....,,...........((((((((((({{.,..((((((((((..{((..((((.{((((........,........}........))))}.))))....,...,......|||{...})),,))))))...))))..)}},...,,,))))))))...........{{({{{{..{........}..)))).))}..{{(......))).})))}}}}}}},..((((((.......))))))...,,..........((((....((((...({....}}...))))....))))......|||.||.,|}.,.|,,,})))).,,....,,..............,,,,||,,...)))),,},,)))})})})..,.,,}|,.....,,.....))))))))).
Back