Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CCDC66_0012600

Sequence Length

1049 nt

GC Content

0.3727

UUGAUACAAUACAAAUGGAAUAUAAUGCAUCUAACAUUUCAAAUUCAAGACAUGAUUCUGAUGAAAUCAGUGGUAAAAUGAAUACAUAUAUGAAUUCUACGACUUCUAAGAAGGAUACUGGUGUGCAAACAGAUGACUUAAAUAUAGGAAUAUUCACCAAUGCAGAAUCACAUUGUGGAUCAUUAAUGGAGAGGGACAUCACAAAUUGUUCAUCUCCUGAGAUUUCGGCAGAACUUAUUGGACAGUUUAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACUAACUCAGGAUAAAGGAGCCAGCUUAGAAAAAGAAAACAAUCGGUGUAAUGACCAGUGUAAUCAGUUCACAAGAAUAGAGAAACAAACAAAACACAUGAAGAAAUAUCCUAAAAGGCCUGAUUGGAAUAUAAAUAAGCCACCUAAAAGGUAUAUUCCAGCAUCAGAAAAGUACCCUAAACAGCUUCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGUAAGGAGGCAGAUGGAAUUGCUUCAUUUGGUAGAAAAAAAUAAUCCUGGGCACCUCUCUCAAAACAGAGGCAUUUCACCAGAAAUUUUUCAUUCAUCUCAUCAAGAAACGGAGUCAAAGUUGAGGUGGCAUCUAGUCAAAAAGGAAGAAGAGCCUCUGAAUAUUCAUUCAUUCAGCAAGGAAAGGUCUCCAUCAUCACCAGUUCCAGUAGUGAAAAACAGAACCCAACAAACUCAAAAUACAUUACAUUUACCACUAAAAAACAGUAGCUAUGAGAGAGAGAAUUUGAUCUCAGGAAGUAAUCAAACAGAAUUAUCAUCUGGGAUUUCUGAAUCAUCCCAUUUUAUUCCGUAUGUUCGAACAAAUGAGAUCUAUUACCUUGAUCCCGAUGCACCAUUGUCUGGGCCUUCAACCCAGGACCCUCAGUACCAAAAUUCACAAGACUGUGGCCAAAAACGACAGCUAUUUGAUUCUGACUGUGUCAGGGAUCCACUUCUUAAUCCUAACAUGGUGAAAAAUAGGGAUCGACAGCAAGCAAUCCUUAAGGGACUUUCAGAACUGAGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-200.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -224.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 214.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((......(((.((((((((.((((..........(((((((((.(((.(((((((((.(((....(((((((((..((((.((....)).))))...............(((.(((((((((...........((((....))))(((((((((.((((........)))))))))).)))...(((((.(((((........))))).)))))((((..(((.((........((((...........)))).........))..)))....)))).(((..(((.((((.(((((.............(((((((..((.....(((..((.((((....)))).))...)))..))..)))).)))........(((...))).(((((((((((((......(((........)))))))))))..)))))................((((...)))).(((((((((((((..(.((((((((((........)))))).)))).)..............((((...(((((........))))).......))))...)))))).))).))))....................))))).)))).))).))).....(((.((....(((((((((........))))))..))).....)))))..)).)))))))))).((((((............................)))))).)))))))))...........(((.(((((..((....))..)))))...)))..)))..)))))))))..))).)))))..))))......)))).)))))))).))))))).....(.((.(((......((((((((....((((((.(((((((.......)))))(((...((((..((.((((....((.((((.(.......).))))))....)))).)))))).))).(((((..........))))).)))))))).......))))))))..........((((...)))).....))).)).).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,......(((.((((((((.((((..........{((((((((.(((.(((((((((.{{{....(((((((((..({({.{{....,}.}}}}......,,,...,,,(((.((((((({,......,,{{{((,,....,}},,,,((((({{((((........)))))))))).,}}...{((((.(((((........))))).)))}|((((..(((.((.....,..((((...,,...},.)))).........))..)))....))))}||,..{((,((((.(((({.....,,......{{(((,...,,}}}.,({{..((.((((....)))).))...}}.......,,,,.,,.........(({...})).(((((((((((((......,{{.,,.....)))))))))))..}))))................((({...}))).(((((({((({{{..,.{.,,(((((({......,)))))).||||.|..............{{{{...(((((........)))))..,,,}.)))),..}))))).))).))))...........,..,.....})))).)))).))).}}}.....((,,((....(((((((((........))))))..))).....))))).,)}.)))))))))).((((((.......,............,.......)))))).)))))))))...........{({.(((((..((....})..)))))...}}}..}}}..)))))))))..))).))))),.})}}......)))).)))))))).)))||,......,,,|.,,.......((((((((....((((({,(({((((.......)))))(((,,,((((..,,.,{,({{..((.((((.(.......).))))))...}))}}.}})))).}}}}|||{|,,........,}}}}.)))))))).......))))))))..........((((...)))).||,|,.,,|||,..}})