Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CD44_0003900

Sequence Length

1066 nt

GC Content

0.4568

CUUUGAUGAGCACUAGUGCUACAGCAACUGAGACAGCAACCAAGAGGCAAGAAACCUGGGAUUGGUUUUCAUGGUUGUUUCUACCAUCAGAGUCAAAGAAUCAUCUUCACACAACAACACAAAUGGCUGGUACGUCUUCAAAUACCAUCUCAGCAGGCUGGGAGCCAAAUGAAGAAAAUGAAGAUGAAAGAGACAGACACCUCAGUUUUUCUGGAUCAGGCAUUGAUGAUGAUGAAGAUUUUAUCUCCAGCACCAUUUCAACCACACCACGGGCUUUUGACCACACAAAACAGAACCAGGACUGGACCCAGUGGAACCCAAGCCAUUCAAAUCCGGAAGUGCUACUUCAGACAACCACAAGGAUGACUGAUGUAGACAGAAAUGGCACCACUGCUUAUGAAGGAAACUGGAACCCAGAAGCACACCCUCCCCUCAUUCACCAUGAGCAUCAUGAGGAAGAAGAGACCCCACAUUCUACAAGCACAAUCCAGGCAACUCCUAGUAGUACAACGGAAGAAACAGCUACCCAGAAGGAACAGUGGUUUGGCAACAGAUGGCAUGAGGGAUAUCGCCAAACACCCAAAGAAGACUCCCAUUCGACAACAGGGACAGCUGCAGCCUCAGCUCAUACCAGCCAUCCAAUGCAAGGAAGGACAACACCAAGCCCAGAGGACAGUUCCUGGACUGAUUUCUUCAACCCAAUCUCACACCCCAUGGGACGAGGUCAUCAAGCAGGAAGAAGGAUGGAUAUGGACUCCAGUCAUAGUAUAACGCUUCAGCCUACUGCAAAUCCAAACACAGGUUUGGUGGAAGAUUUGGACAGGACAGGACCUCUUUCAAUGACAACGCAGCAGAGUAAUUCUCAGAGCUUCUCUACAUCACAUGAAGGCUUGGAAGAAGAUAAAGACCAUCCAACAACUUCUACUCUGACAUCAAGCAGUAAGGAUUAUAAAACCUAGUUGGCUUCAGCUAUUGAUAAGAAUCAAUCAAUUAUGGGUACUUUUGCAGUGUCUUUGGUGGAGGUGCAUCCAUUAGCUGCCGUUACACUGUUACUUUUAAUCAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-252.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -273.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 329.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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