Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDKN2B-AS1_0004900

Sequence Length

1254 nt

GC Content

0.4195

UGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGUCUCUCCAAUGAACGCCUUCACUGAUAUCCAAAGCAUGAAGGACACACCAGGGAAAAACAUAGACCUAACACAGGACAAAUGGAAUUAUUAGAAACAUUUUCUAGCAGAAGAACACUAUUCUGUUGCCAUUUGAAUCUUUGCUUCUUUCUAGGUUUGACAAUGAGCCUAUCAUAUAAGCCCAAAUGUAAACAGAAAGAGGUUGAAUCAGUCACGAUAAGCCCAAUUAUGCUGUGGUAACAAACAACCUCAAAAUCUCAUUGGCUUAAAAUAUACAGAAUUAUUCUUACUCAUGGCACAUAUCCAUCUAUCAUCUGCAGGGGAUCUGCUCACUGAAGUCACUUAGGAACUUGGACUGAUGGAACGGCCACUUUUUGGUCACUAUAUGUAUUAAUCUGUUUUAAUCCUGCUGAUAAAGACCCAAAAUUGGGAACAAAAAGAAGUUUAACUAGACUUACAGUUCCGCAUGGCUGAGGAGGCCUCAGAAUCAUGGUGGGAGGCGAAAGGCACUUCUUACAUGGUGGCAGCAAGAGAAAAAUGAGGAAGAAGCAAAAGCGGAAACCUCUGAUAAACCCAUCAGAUCUUAUGAGACUUAUUCCACUAUCAAGAGAAUAGCAUGGGAAAGACUGGCUCCCAUAAUUUACCUCCCUCUGGGUCCCUCCCUCAACAUGUGGGAAUUCUGGGAGAAACAAUUCAAGAUAUGACACAUUCAUAAUUUAAACAGAAGCCUACGAAGAACUCAUAAAUUAAAAGAAGAUAAUCUUUUCACAAGGUGAUGGAGGCUUUUUAUUUUGCCACAAAACCACUGGUGACGUUGCCUGUGGCCACCUUGGAGAAGACACUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-331.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -355.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 276.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((((((((.((..(((((((.(((((((((((.....(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).)))).............(((........((((((...........))))))......(((((((((....((....((((((((..........(((((...)))))..........)))))))).(((((((.((....)).(((((......))))).....((((((......)))))).))))))).((((((..........)))))).........((((((.((..........)))))))).......(((............))).........(((((((......((((((...))))))((((((........))))))..)))))))....(((((((((((((((((((......))))))......((((((..((((.....(((..(((((((.....((.((.(((.((........))))).)).))...)))))))....)))))))))))))....(((((........((......((((.....((((((..((....((((.....))))((.((((......)))))).....))..))))))...))))......))........)))))......(((((..((.(((((........(((....(((((((......((((((....))))))...))))).)))))((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..))))).))))))))))))).))....)))))))))...)))))))))....))))).)))))))..))))))))))......((((((.........)))))).......(((((...((((...((((.((...)).)))))))).)))))................))))(.(((((((((((.......................)))))))...........(((((((.(((((((.((..(((..........))).))...((((.(((......))).)))).))))))))))))))...)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.((((((((,{(..(((((((.(((((((((((.....{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....)))))),)))...}}},.{{,..........,,|{((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).))||{{...}},,....{(({,,.{{,.{(((((..,......,,)))))),,....(((((((((....{{.{,{{((((((({..{,,.,,{{{,,{}}}}}))}..,,,,,,.,}}}}}}}},{((((((,((,...}}.(((((......))))).....((((((......)))))).)))))}}.((((({.,......,,))))))........,((((((,({........,,}})))))).,.....|{{............|||.....}}}.(((((((......((((({...}))))}((((((........))))))..)))))))...,{((((((((((((((((((......)))))),.....((((((..{(((.....{{{..(((((((.....((.((.((,{((........))))).)).))...)))))))....}}})))))))))).......,{{,....,|||,.,..,((({.....((((((..((,...((((,...,)))),,.{||{{{{,..,,}},,....,)),,))))))..{||||.....}}|||.,|||..}}|,,|,,,,|{{{{..{(.(((({.......|{({....||(((((......((((({....})))))...))))).}}}}}((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..}}}}},))))))))))))}.}},,..)))))))))...,,,))))))....))))).)))))))..))))))))))......((((((.........)))))).......(((((...{(((,,,{{{{.,....,}.)))),}}}.))))).......,..,,.(((((....,||}}}.|||.....,,...,,..,,.....}}.,,........,,......|||{(((.(((((((.,{..(((..........))).},...((((.(((,....,))).)))).)))))))))))}))}}{.,,.)