Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDKN2B-AS1_0005000

Sequence Length

1469 nt

GC Content

0.4329

UGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGUCUCUCCAAUGAACGCCUUCACUGAUAUCCAAAGCAUGAAGGACACACCAGGGAAAAACAUAGACCUAACACAGGACAAAUGGAAUUAUUAGAAACAUUUUCUAGCAGAAGAACACUAUUCUGUUGCCAUUUGAAUCUUUGCUUCUUUCUAGGUUUGACAAUGAGCCUAUCAUAUAAGCCCAAAUGUAAACAGAAAGAGGUUGAAUCAGUCACGAUAAGCCCAAUUAUGCUGUGGUAACAAACAACCUCAAAAUCUCAUUGGCUUAAAAUAUACAGAAUUAUUCUUACUCAUGGCACAUAUCCAUCUAUCAUCUGCAGGGGAUCUGCUCACUGAAGUCACUUAGGAACUUGGACUGAUGGAACGGCCACUUUUUGGUCACUAUAUGUAUUAAUCUGUUUUAAUCCUGCUGAUAAAGACCCAAAAUUGGGAACAAAAAGAAGUUUAACUAGACUUACAGUUCCGCAUGGCUGAGGAGGCCUCAGAAUCAUGGUGGGAGGCGAAAGGCACUUCUUACAUGGUGGCAGCAAGAGAAAAAUGAGGAAGAAGCAAAAGCGGAAACCUCUGAUAAACCCAUCAGAUCUUAUGAGACUUAUUCCACUAUCAAGAGAAUAGCAUGGGAAAGACUGGCUCCCAUAAUUUACCUCCCUCUGGGUCCCUCCCUCAACAUGUGGGAAUUCUGGGAGAAACAAUUCAAGAUAUGACACAUUCAUAAUUUAAACAGAAGCCUACGAAGAACUCAUAAAUUAAAAGAAGAUAAUCUUUUCACAAGGUGAUGGAGGCUUUUUAUUUUGCCACAAAACCACUGGUGACGUUGCCUGUGGCCACCUUGGAGAAGACACUGGAGGCCUGGGACAUGGAGACUGCUUUUCUGCAGAAACCACAUCCCUUGGAGUAAUGAGCUACACCUACCUCAAUUAUUCAGUGCAGUACAACACUCCAGACAGGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGUAUUGGCAUGAUUACAGCUCACUGCAACCUUGAACUCCCAGGCUCAAACCUGAGCAGCUGGGACUACAGAUGCACCACCAUGCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-413.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -441.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 275.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((((((.((..(((((((.(((((((((((.....(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).)))).............(((........((((((...........))))))......(((((((((....((....((((((((..........(((((...)))))..........)))))))).(((((((.((....)).(((((......))))).....((((((......)))))).))))))).((((((..........)))))).........((((((.((..........)))))))).......(((............))).........(((((((......((((((...))))))((((((........))))))..)))))))....(((((((((((((((((((......))))))......((((((..((((.....(((..(((((((.....((.((.(((.((........))))).)).))...)))))))....)))))))))))))....(((((........((......((((.....((((((..((....((((.....))))((.((((......)))))).....))..))))))...))))......))........)))))......(((((..((.(((((........(((....(((((((......((((((....))))))...))))).)))))((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..))))).))))))))))))).))....)))))))))...)))))))))....))))).)))))))..))))))))))......((((((.........))))))......((.......))(((((((((.((...)).))))...(((((((......((((((.(((((.....)))))............((((..((.....))...................(((((((.(((((((.((..(((..........))).))...((((.(((......))).)))).))))))))))))))......))))..((((..(((...((((......))))...)))..))))...((((((((((.((....)).))).)))))))..((((((...(((((((((...((((..((...))..))))...)))))))))...(((.((....))))).))))))..)))))))))))))(((((....)))))....))))).))).(((((......))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((..((((((((,{(..(((((((.(((((((((((.....{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....)))))),)))...}}},.{{,..........,,|{((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).))||{{...,},,....{(({.,.{{,.{(((((..,......,,)))))),,....(((((((((....{{.{,{{((((((({..{,..,,{{{,,{}},})))}..,,,,,,,,}}}}}}}},{((((((,((,...}}.(((((......))))).....((((((......)))))).)))))}}.((((({.,......,,))))))........,((((((,({........,,}})))))).......|||............|||.....}}}.(((((((......((((({...}))))}((((((........))))))..)))))))...,{((((((((((((((((((......)))))),.....((((((..{(((.....{{{..(((((((.....((.((.((,{((........))))).)).))...)))))))....}}})))))))))).......,{{,....,|||,.,..,((({.....((((((..((,...((((,...,)))),,.{||{{{{,..,,}},,....,)),,))))))..{||||.....}||||.,|||..}}|,,|,.,,|{{{{..{(.(((({.......|{{{....||(((((......((((({....})))))...))))).}}}}}((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..}}}}},))))))))))))}.}},,..)))))))))...,}}))))))....))))).)))))))..))))))))))......((((((.........))))))......,{.,,....||(((((((((.(,...,).))))...(((((((......((((((.(((((.....)))))............((((.{,,.....||...................(((((((.(((((((.,{..(((..........))).},...((((.(((,....,))).)))).))))))))))))))...,,.))))..((((..(((...((((......))))...)))..))))...((((((((((.({....}}.))),,)))))).,((((((...(((((((((.{.((((..({...})..)))).,.)))))))))...(((.((....})))}.)))))}..)))))))))))))(((((....)))))....))))),))).(((((......))))).