Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDKN2B-AS1_0005600

Sequence Length

1077 nt

GC Content

0.4308

UAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGUCUCUCCAAUGAACGCCUUCACUGAUAUCCAAAGCAUGAAGGACACACCAGGGAAAAACAUAGACCUAACACAGGACAAAUGGAAUUAUUAGAAACAUUUUCUAGCAGAAGAACACUAUUCUGUUGCCAUUUGAAUCUUUGCUUCUUUCUAGGUUUGACAAUGAGCCUAUCAUAUAAGCCCAAAUGUAAACAGAAAGAGGUUGAAUCAGUCACGAUAAGCCCAAUUAUGCUGUGGUAACAAACAACCUCAAAAUCUCAUUGGCUUAAAAUAUACAGAAUUAUUCUUACUCAUGGCACAUAUCCAUCUAUCAUCUGCAGGGGAUCUGCUCACUGAAGUCACUUAGGAACUUGGACUGAUGGAACGGCCACUUUUUGGUCACUAUAUGUAUUAAUCUGUUUUAAUCCUGCUGAUAAAGACCCAAAAUUGGGAACAAAAAGAAGUUUAACUAGACUUACAGUUCCGCAUGGCUGAGGAGGCCUCAGAAUCAUGGUGGGAGGCGAAAGGCACUUCUUACAUGGUGGCAGCAAGAGAAAAAUGAGGAAGAAGCAAAAGCGGAAACCUCUGAUAAACCCAUCAGAUCUUAUGAGACUUAUUCCACUAUCAAGAGAAUAGCAUGGGAAAGACUGGCUCCCAUAAUUUACCUCCCUCUGGGUCCCUCCCUCAACAUGUGGGAAUUCUGGGAGAAACAAUUCAAGAUAUGACACAUUCAUAAUUUAAACAGAAGCCUACGAAGAACUCAUAAAUUAAAAGAAGAUAAUCUUUUCACAAGGUGAUGGAGGCUUUUUAUUUUGCCACAAAACCACUGGUGACGUUGCCUGUGGCCACCUUGGAGAAGACACUGGAGGCCUGGGACAUGGAGACUGCUUUUCUGCAGAAACCACAUCCCUUGGAGUAAUGAGCUACACCUACCUCAAUUAUUCAGUGCAGUACAACACUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-283.4 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -303.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 178.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((.(((((..((((...((((((((...)))))..........)))...))))..).)))).)))(((((((....(((((.((((..((((((((......)))))).((((..((((((((..........))))))...))..)))).....))..))))..)))))((.((((.((..(((((..........(((.....))).(((((((......((((((...))))))((((((........))))))..)))))))....(((((((((((((((((((......))))))......((((((..((((.....(((..(((((((.....((.((.(((.((........))))).)).))...)))))))....)))))))))))))....(((((........((......((((.....((((((..((....((((.....))))((.((((......)))))).....))..))))))...))))......))........)))))......(((((..((.(((((........(((....(((((((......((((((....))))))...))))).)))))((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..))))).)))))))))))))...((...))((((((......))))))((((.(((..............))).)))).....((((((.........))))))........))))).)).)))).)).........(((((..(((((...(((....)))....(((((.....))))).......))))).)))))............................(((((((.(((((((.((..(((..........))).))...((((.(((......))).)))).))))))))))))))....))))))).((((..(((...((((......))))...)))..))))(((((((..((.(((.(((................))).))).))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((.(((((..((((...((((((({...})))}..,.....,})))...))))..).)))).)))(((((((....(((((.((((..({((((((......)))))).((((..{,((((((.,........))))))...,,..))))....,})..))))..))))){{.((({.,.{{((((,..........(((.....))).(((((((......((((({...})))))((((((........))))))..)))))))....(((((((((((((((((((......)))))),.....((((((..((((.....{{{..(((((((.....((.((.((,{((........))))).)).))...)))))))....}}}))))))))))......,,{{,....,|||,.,...((({.....((((((..((,...((((,...,)))),,.{||{{{{,..,,}},,....,)),,))))))..{||||.....}}|||.,|||..}}|,,|,.,,|{{{{..((.(((((.......|{{{....||(((((......((((({....})))))...))))).}}}}}((((((...)))))).((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..))))).))..}}}}},))))))))))))).,.({...,,((((((......)))))){{{,.,||,..,,,{{||.,,.,...},))}}},.((((((.........))))))........}}})),)))))}}.))}.,,....,(((((..(((((,{,{,.....})).{{.(((((.....))))).}},...))))).)))))}......,,...................(((((((.(((((((.,{..(((..........))).},...((((.(((,....,))).)))).))))))))))))))...,))))))).((((..(((...((((......))))...)))..)))){((((((..((.(((.(((................))).))).))..))))))}