Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0000900
Sequence Length
2270 nt
GC Content
0.5106
GACCUAUAUCCAGACUUUGCCUGACACUGCAGGGUCCAAGAGAAUUAAAGAAAUAUGGAAUGACAUGAAGAAGAUUAGUUAAGGAUUAUAGGCUUUGAGGGCAAACACCUCAGUGAAGUGAAGCACAGGCAAGCUCCUGAGCUGUGGUUUGGAGGAGCCGUGUGUUGGAAGAAGAUGGCAGAUCCAGGAAUGAUGAGUCUUUUUGGCGAGGAUGGGAAUAUUUUCAGUGAAGGUCUUGAAGGCCUCGGAGAAUGUGGUUACCCGGAAAAUCCAGUAAAUCCUAUGGGUCAGCAAAUGCCAAUAGACCAAGGCUUUGCCUCUUUACAGCCAUCCCUUCAUCAUCCUUCAACUAAUCAAAAUCAAACAAAGCUGACACAUUUUGAUCACUAUAAUCAGUAUGAACAACAAAAGAUGCAUCUGAUGGAUCAGCCGAACAGAAUGAUGAGCAACACCCCUGGGAACGGACUCGCGUCUCCGCACUCGCAGUAUCACACCCCUCCCGUUCCUCAGGUGCCCCAUGGUGGCAGUGGUGGCGGUCAGAUGGGUGUCUACCCUGGCAUGCAGAAUGAGAGGCAUGGGCAAUCCUUUGUGGACAGCAGCUCCAUGUGGGGCCCCAGGGCUGUUCAGGUACCAGACCAGAUACGAGCCCCCUACCAGCAGCAGCAGCCACAGCCGCAGCCACCGCAGCCGGCUCCGUCGGGGCCCCCUGCACAGGGCCACCCUCAGCACAUGCAGCAGAUGGGCAGCUAUAUGGCACGUGGGGAUUUUUCCAUGCAGCAGCAUGGUCAGCCACAGCAGAGGAUGAGCCAGUUUUCCCAAGGCCAAGAGGGCCUCAAUCAGGGAAAUCCUUUUAUUGCCACCUCAGGACCUGGCCACUUGUCCCACGUGCCCCAGCAGAGUCCCAGCAUGGCACCUUCCUUGCGUCACUCGGUGCAGCAGUUCCAUCACCACCCCUCUACUGCUCUCCAUGGAGAAUCCGUUGCCCACAGUCCCAGAUUCUCCCCGAAUCCUCCCCAACAAGGGGCUGUUAGGCCGCAAACCCUUAACUUUAGUUCUCGGAGCCAGACAGUCCCCUCUCCUACUAUAAACAACUCAGGGCAGUAUUCUCGAUAUCCUUACAGUAACCUAAAUCAGGGAUUAGUUAACAAUACAGGGAUGAAUCAAAAUUUAGGCCUUACAAAUAAUACUCCAAUGAAUCAGUCCGUACCAAGAUACCCCAAUGCUGUAGGAUUCCCAUCAAACAGUGGUCAAGGACUAAUGCACCAGCAGCCCAUCCACCCCAGUGGCUCACUUAACCAAAUGAACACACAAACUAUGCAUCCUUCACAGCCUCAGGGAACUUAUGCCUCUCCACCUCCCAUGUCACCCAUGAAAGCAAUGAGUAAUCCAGCAGGCACUCCUCCUCCACAAGUCAGGCCGGGAAGUGCUGGGAUACCAAUGGAAGUUGGCAGUUAUCCAAAUAUGCCCCAUCCUCAGCCAUCUCACCAGCCCCCUGGUGCCAUGGGAAUCGGACAGAGGAAUAUGGGCCCCAGAAACAUGCAGCAGUCUCGUCCAUUUAUAGGCAUGUCCUCGGCACCAAGGGAAUUGACUGGGCACAUGAGGCCAAAUGGUUGUCCUGGUGUUGGCCUUGGAGACCCACAAGCAAUCCAGGAACGACUGAUACCUGGCCAACAACAUCCUGGUCAACAGCCAUCUUUUCAGCAGUUGCCAACCUGUCCUCCACUGCAGCCUCACCCGGGCUUGCACCACCAGUCUUCACCUCCACACCCUCAUCACCAGCCUUGGGCACAGCUCCACCCAUCACCCCAGAACACCCCGCAGAAAGUGCCUGUGCAUCAGCAUUCCCCGUCGGAGCCCUUUCUAGAGAAACCAGUGCCGGAUAUGACUCAGGUUAGUGGACCGAAUGCUCAGCUAGUGAAGAGUGAUGAUUACCUGCCAUCAAUAGAACAGCAGCCACAACAAAAGAAGAAGAAAAAGAAAAACAACCACAUUGUAGCAGAGGAUCCCAGUAAAGGUUUUGGUAAAGAUGACUUCCCUGGUGGGGUAGAUAACCAAGAACUAAAUAGGAACUCACUGGAUGGGUCCCAAGAAGAAAAAAAGAAAAAGAAAAGGUCAAAGGCAAAAAAAGACCCGAAGGAACCGAAAGAACCCAAGGAGAAAAAAGAGCCCAAGGAACCCAAGACCCCGAAAGCCCCUAAGAUUCCCAAAGAGCCAAAGGAAAAGAAAGCAAAAACUGCCACGCCAAAACCCAAAUCCAGCAAAAAGUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-637 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -684.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 478.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......))(.((((((..(((..((((..((((((.....((((((.....((((......)))).......))))))..........((((.(((((.......)))))((((.((((((.((..((((((((.(((((((((((..((((((((....((((((((..(((((((.((.((((((.((.((.......(((((.(((.(((((....)))))(((..((((((.((((((((((..(((...)))..))))....((((((...((((.((((((((...(((((.(((((....((((.((......)).))))......(((((((.((.......................(((((..((((..(((((((.....................)).)).))).))))..))))).....)).)))))))(((.....((((((((((((((.(((..........))))))............))))))).)))))))(((((((((.(((.((.((((((.((((((.((.......(((((((.((...((((((((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((((.(((((((((.(((.....))).)).)).))))).......((....))......((((((.((....)).).))))).....))))))))..((..((((...))))..))))))).))).(((((((.(((....(((((((((((......((((((....))))))...((((...(.((((.((.((.(((((((((.(((((.....)))))......)))))).......)))))))))))..)...))))......)))))))))))......((((....(((.((......)).)))...))))((((((..(((((....(((((.....(((((((((....((((((((.(..((.....))..).)))))))).................((((((((((.(((((..(((...........)))..))..))).))))).)))))...................))))))))).....((.(((((.((((((......(((..((............(((.(((.(((.(((.............................))).))).))))))))..))).......)))))))))))))..........)))))...)))))..))))))))).))))))).......((((.(((.((....)).))).).)))......)))....)))))).....))))).))))))))))))...))..)))))))..(((.......))).(((.(((((((.....((((...((........))..))))..))))))).)))....(((....((((..(......)..))))...))).)).)))))).))).)))))))).)))))))))....((((.((((.......((..((......))..))..)))))))).))))).)))))...)).))).))).))))....)))))).((((.(((.(((....))).))).)))).)))))).)))))))))........(((......)))...))).))))))).))))))))))....)))))))))))))))...)).......))))))))))))).))))...)))))))).......)))))))).).)))...(((.((((.(((..((((((..(.(((((.....(((..((..((.((.((((((((.((((((((....)))........))).)).)))))............))).))...)).))..)))..))))).)...))))))))).)))).)))(((((.........)))))..........))))..........................((((.....))))......))))))))))...(((((((((.........((((.(((((((((....................((.(((((.....))))).))........................((((...(((..........((...((...........))...))..........)))...((...))..))))......)))))...............))))..))))......(((.....)))...)))))))))......)))...))))))..)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,{{{{,{||(.((((((((,,,.....|}}|||||,.....,{{{,,.....{(((......)))}.......}}}}}}..}}}},}}}|||({(((((.......)))),((({.((((((.{{.{((((((((.((((((((((,.,(((((({{....(((((({,{((((((((.(,.((((({,((.((.......(((((.(((.{((((,...}))).(((..((((((.(((((({(((.,{{{...}}}.,)))}....{(((((,{,((((.((((((((...(((((.(((({....((({.{|,.....,,.}))).....,(((((((.{{{{.....{{{{{{{{....,.....|},...|}}}}}}|.......{((((.{({..,.......,.},))))))))|{.,,,,}}}}..}).)))))))|,,.....((((((((((((((.(((..........))))))............))))))).))))}),(((((((((.(((.((.((((((.((((((.((.......(((((((.{(...((((((((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((((.(((((((((.(((.....))).)).)).))))).......({....}}.||...((((((.((....)).)},)))).....)))))))).,((..((((...))))..))))))).))).(((((((.(((....(((((((((({......((((((....))))))...((({...{.{(((.((.(({((,((((((.(((((.....)))))......)))))}.,,,...,,,)))})))}.})..,))))......}))))))))))......((((....(((.((......)).)))...))))((((((..(({(({...(((((.....(((((((((....((((((((.(..({.....)}..}.))))))))..,..............{(((((((((.(((({..(((...........)))..}),.))).))))),)))}}...................))))))))).....({.(((({{((((((.{{{..,{.,,|{,,,.{{,......,.,{({,(((|({,..,}}}},.,,,...........,,....}}}.},,,}}},|,....},}.......))))))))))),,..........)))))...)))))..))))))))).))))))).......(((,.(((.,,....,,.))).}.)}}......)))....))))))}....})))).))))))))))))...}}..)))))))..,,,,......,||.(({.(((,,{,,{{((((((({,{(........))..)))},)))))))),)))},..(((.,..((((..{......}..)))).,.))).)).)))))).))).)))))))).)))))))))....((((.((((....{{.{{..,,......}},,,,..)))))))).))))).)))))...)).))).))).)))).}}.)))))}.{(((.(((.((,....})).))).)))}.)))))).))))))))).....,,.(((......)))...))).))))))).)))))))),,....)))))))))))))))...}).......)))))))))))))},)))...)))))))).......)})))))).).}))...(((.((((.(((..((((((..(.(((((...,,,,,..,{.....,{,(((({{((.(({(((((....)))},,.....})).)}.}})))}...,...,,..||},}}...,,.}}..))),.))))).}...)))))}))).)))).))){{{{(.....,,,,}}}}}...,....}}}}|..,........................,{{,.....}))).,}.,||},|||},},...({(((((((.....,,.,{{(({,,,{}}|||.....}}},,,..}}...,.}},.|}}.||{|,{((({.,.........................((((.............)))),...{{...,........},..|}.,........}}),..))..,},....,},.....},,||{..,.{{{,....},}.,..,)),.......(((.....)))...}}},,,)))....,,)}),...,,})),,)
Back