Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND2A_0006400

Sequence Length

1390 nt

GC Content

0.5590

GGUCAAGGUGGAAGGUCCAAGGACUGAGAAAGACCCUCGAAGGCAUCCACUUUAGUCCUCCAUUCCAUUCCUAGAGACUGAUCAGGAGUCAGGCUUCAGAAGGAGUCCCCUGGAAGGCCUCCACAACCUCACGCUAGAGUCAAGAAUGGAUAUGUUCAGCUUGGAUAUGAUCAUCAGUGACCCAGCUGCAGAAGCCAGCAGGGCUGGGAAGAAGCAGCUCAGAGGUGUUCAGAACCCUUGCCCAUCUGCCAGAGCCAGACCCCGGCACAAGUCCCUCAACAUAAAGGACAAGAUAUCAGAAUGGGAAGGGAAGAAAGAGGUGCCCACUCCUGCACCCAGCAGGAGAGCAGACGGACAGGAGGAUUAUCUGCCGUCCUCUACGGUGGAGAGGAGGAGUAGUGAUGGGGUGAGAACUCAGGUCACAGAGGCUAAGAAUGGAAUGAGGCCAGGAACAGAGAGCACAGAGAAGGAGAGGAAUAAAGGAGCAGUGAACGUCGGGGGACAGGACCCAGAGCCGGGGCAAGACCUAAGCCAGCCAGAACGGGAAGUGGAUCCUAGCUGGGGCCGAGGCCGAGAGCCAAGACUUGGCAAGCUACGCUUUCAGAACGAUCCCCUCUCCGUGCUGAAGCAGGUCAAGAAACUCGAGCAGGCUUUGAAGGAUGGGUCGGCAGGGCUGGAUCCCCAGUUACCAGGGACUUGUUACUCCCCACACUGCCCUCCUGACAAGGCAGAGGCAGGGUCCACCCUUCCUGAGAACCUGGGAGGCGGGAGUGGCUCAGAAGUCAGCCAGAGGGUCCACCCCUCGGACCUGGAAGGCAGGGAGCCCACCCCUGAGCUUGUGGAGGACAGGAAAGGUUCAUGCAGAAGGCCCUGGGACCGGAGCCUUGAGAACGUGUAUAGGGGCUCGGAGGGUUCCCCCACAAAGCCCUUCAUCAACCCUCUGCCAAAACCCCGGAGAACGUUCAAACAUGCCGGAGAAGGGGACAAAGAUGGGAAGCCUGGCAUCGGCUUCAGGAAAGAGAAAAGAAAUCUGCCUCCUCUGCCCUCUCUACCUCCCCCGCCUCUGCCCUCCUCUCCCCCACCUUCCUCUGUGAACAGAAGACUGUGGACCGGGAGACAGAAAUCCAGUGCAGACCACAGAAAGUCCUAUGAGUUUGAAGAUUUACUGCAGUCUUCCUCUGAGAGCAGCAGGGUGGACUGGUACGCGCAGACUAAGCUGGGGCUGACACGCACUUUAUCGGAGGAGAACGUCUAUGAAGACAUUCUAGAUCCGCCAAUGAAGGAGAACCCUUAUGAGGACAUCGAGUUACAUGGUCGCUGCCUGGGAAAGAAGUGUGUCUUGAAUUUUCCUGCUUCUCCCACCUCUUCCAUCCCUGACACACUCACCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-493.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -516.68

Frequency: 0.0000

Diversity: 281.2

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.........((((....))))......))))((.........((((.(((.((((((.(((((..(((((((......((((.(...((((((....)))))))))))(((.(((((...............(.((((...((((.((((((((...)))))))).))))...)))).)((((((.....(((((...)))))......))))))..))))).)))....(((((.((((((((.....(((.......)))....((((...........)))).......))).))))))))))..........(((...(((((((.....))))))).)))(((((.((((.......)))))))))))))).))))))).)))))).))).).)))((((((...(((((....(((((.......(((...(((((.(((((....(..(((((((((((((((((.....((.((((.(...(.(((((((..((....((((..((((((........(((..((((...((((......))))..))))))).((((((((..(((((...)))))..((((.((((((.......(((((((((((.((((...((((((......((((..((((.(((..((((.((((.(((.(((((((....)))))..)).((((........))))....((((((((((....))).)).))))).))).)))).))))..))))))).....))))..(((((........)))))(((((.....))))).))))))....(((..(((((....((((..(((...)))..))))...))))).)))..(((((.(((....))).)))))..((((((.....((((..(((((((((....................)))))))))......)))).....))))))...)).))))))).))))))........)))))).)))).))))))))((((...(((.......)))...)))).)))))))))).))))))))))).))))))))))))))......)).)))))))..)......((((((((..(((........))).)).....))))))..(((((((..((((((......(((..(((((((((((((....))).)))).)))))))))....))))))....)))))))(((((((.((((((((((..((((.((((....)))).))))...))))...)))))).....(((.....(((.((.(((.(.....).))).))))))))......))))))).......))))))))))..))))))))......)))))....)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....,....((((....))))......))))((......{{{{{(({.,(.((((((.((((({,{,(((((.((,,{{{{{.|,,.((((((....)))))}})))}|,|}{((((.,,.,((((..,,,.(.((((...((((.((((((({...}))))))).))))...)))).,|||(((.....{{{||.,,||||}......}))))),.))))),},,....(((((.((((((((.....(((.......)))....((((...........)))).......)))},)))))))))......}}}}|((...(((((((.....))))))).)),(((((.((({.......)))))))))))))).))))))).)))))).)))})})),((((((...(((((....(((((.......(((...((((,,(((((....{..(((((((((((((((({....,((.((((.{...(.(((((({.,((....((((..((((({.{......(((..((((...((((......))))..))))))).((((((((..(((({...}))))..((((.((((((.......(((((((((((.(({(((((.{,((.,{...}},}}.)..))))|,{(((..,((((,,(((((((((..,,|}}},,.{{{((((((({{{{{((((.,{.((((((((((....))).)).))))),,|,,..((((((.,.....,.)))))).})))})|||{...,,}}}.,((.(((((.....))))))),))))}..,||{||{|{||..,}||||.,|||,,,)}),,))))...)))}}.}}}..|,|||}}}}.}}}),}.,))))..((((((.....((((.{{((((((({..............,.....}))))))))......)))).....))))))......))))))),,)))))........)))))).)))).)))))))){(((..,({{.......)))...))))})))))))))).))))))))))}.))))))))))))))....,,)),}))))))..}......((((((,(..(((........))).}}.....))))))..(((((((..((((((......(((..((((((,((((((....))).)))).)))))))))....))))))....)))))))(((((((.(((((({(({,,((((.((((....)))).))))...)))},}.)))))).....,{(|,...(((.((.(((.(.....).))).)))))})}...,..))))))).......)))))))))),.))))))))......)))))....)))))).))