Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0001600

Sequence Length

1328 nt

GC Content

0.4111

AAAAUACAGUAGCAGCCAUGAUAGAAGACAAAGGACCAAGAGUGACAGACUACUUUGUCGUAGCUGGUCUCACUGACACAUCUACUCUUUUGGAUCAAGAAAUAAAUCGUUUAGAUACUAAGUCAACUGGACCUAAAGCUCCAAUUACAGACAUUGCCAUUAUUAUCAAAUCAGCUGGAGAAACAGUACCUGAAGGUUACACCUGUGUAGAAGCCACUCCAUCAGCUCUCCAAGCAAACUUGAACUAUGGAAGUCUGAAAAGCCCAGAACUUUUCCUCUGUUAUAAGAGAGGGAGAGAUAAACCACCGCUUACAGAUAUUGGAGUUCUAUAUGAAGGGAAAGAACGGCUUAUUCCAGGAUGUGAAGUGAUCCUAGCCACACCCUAUGGUCGCUGUGCCAAUGUCAACAAUAGUUCAACUACUUCACAAAGAAUCUUUAUCACUUAUCGAAGGGCUCCUCCAGUUCGACCCCAGAAUUCCUUGGCUGUAACUGAUAUCUGUGUUAUUGUAACCAGUAAAGGAGAAACUCCUCCUCAUACCUUCUGCAAAGUUGACAAAAACUUAAAUUGUGGAAUGUGGGGUUCCAGCGUGUUUCUGUGUUAUAAGAAGUCUGUACCUGCUUCAAAUGCAAUAGCAUAUAAGGCUGGUUUAAUUUUUAGAUAUCCAGAAGAGGACUAUGAGUCAUUUCCACUCUCAGAAUCAGAUGUACCUCUUUUCUGCCUUCCUAUGGGAGCUACUAUUGAGUGCUGGGAUCCUGAAACCAAAUAUCCACUUCCAGUUUUUUCAACUUUUGUCUUGACAGGUUCUUCAGCCAAAAAGGUAUAUGGAGCUGCCAUUCAGUUUUAUGAACCUUACUCUCGGGAACUUCUAUCAGAGAAACAGCUUAUGCACCUGGGCUUGUUGACGCCUGUGGAGAGAAAAAUGGUCUCCAAAUCCAUCAAUACAAACAAAUGCAUUUGUUUACUCUCACACUGGCCUUUUUUUGAAGCUUUUAGGAAAUUUCUUAUGUUUAUCUACAAACUUUCUGUGUCUGGACCACAUCCUCUUCCCAUUGAAAAGCACAUUUCACAUUUUAUGCAAAACAUCCCUUUUCCUUCACCACAAAGACCGAGAAUCCUUGUCCAGCUGUCAGUCCAUGAUGCAUUAAUAUUAUCACAGCCAGUUUCUACACCUUUACCACUAAGUGGAGCCAACUUUAGCACCUUGCUAAUGAAUCUGGGUCCUGAGAAUUGUGCAACACUGCUGCUCUUUGUUUUACUUGAGAGUAAAAUUCUGCUGCAUUCUCUUAGGCCAGCUGUCUUGACUGGGGUAGCUGAAGCUGUUGUAGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-323.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -352.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 366.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((((((((..........((((..(((((.(((((((.((((((....))))))((((.(((((.....))).)).)))).)))))))...((((........((((((((((...((((((((((........))))....(((((.((.((((.....((((....((((((((........((((.(((((((....)))))........)).)))).))))).)))....))))...)))))))))))..((((((((..((((((((((........)))))))))).................((((..(((.((((...(((((.....((((((((......(((((........)))))))))........((((......))))............)))).....)))))...))))))).)))).....(((((.((.....))..)))))(((.(((.....(((((((.....((.((((((.((((((....))))))(((((......)))))..........((((((((((.(((((((......(((((.((((((((((((((...((((((.(.(((.((((((.((.(((.((((...((((....))))...)))).))).))))))))..))).)))))))..((((...)))).......(((((((((.((((...........))))..)))...))))))..(((....))))))))))))))........))))))))....)))))))))))).)))))....))))))))..))))))).(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..))).)))...((((.....))))...((....))..))))))))))))))(((.((((((((....((((.........))))......(((((((....))))))).))))).))).)))((((....))))....(((((....)))))(((......)))........)))))))))).......)))).....(((((......)))))..................)))))..))))........(((.(((....))))))((((((((((((.((((((......)))))).((((((((.(((.....((((((......))))))......((((((...)))))).))).)))((.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))).)))))...))))))..))))))..)))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

....(((((({(({{{..{{{{{(..({{{{{(({(((((((.((((((....))))))((((.(((((.....))).)).)))).)))))))....,{{......,,{((((({{{{...(((({(((((......|.)))}....(((((.{{.((((.....((((.,..((((((((...,{,..{||,.(({,,|,,||{{{,|{..,...},,},,}}}.)))))}}))....))))...))))}})))))..(((({{{(..((((((((((........))))))))))..........,,,|{{{{{{{{,{{||{{{{...{{(((((((((,..{(,,....,,((((({{{,{{{{|||,||||,....,}},.))),}}|{{||....{{,{{{,.,{||...,,,},|||,.,..},.,}},,.,,.,,,.|{{{||||,},,.,|,{||}}}.{({((......||||{||.}}}}||}||||||}((((((....)))))}(((((......)))))....,.....((((((((((.(((((((......(((((,((((((((((((((,..,{((((.(.{{(.{(((({.,,.(((.((((...((((....))))...)))).))).,,,)))))..))).}))))|{{((((..{{{|||.......,,,.{{||,,||{{.,,.,,))}.,)}}}.{{{{{...)))))..,{,....}}))))))))))))........})})))))....))))))))))))))}})}...|},}|||||,,,||}},,.(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..{||.}|||,,,},,.}}})))}....((....))..))))))))))))))(((.((((((((....((((.........))))......(((((({....})))))).))))).))).))),{{{....|||}....{((((....}}}}}.(({,....},},,,.,,..))}}}))))}.......},,,.....,|||{.,,...}}))},,,,...,,..........}}||||}}||........||..|||,.,}))))))..{||||||,....{((((.......}})))}},|,{{((,{{{..,..,,,,,(,,,...))))}}......((((({...}))))).)},.}))}{,(((((((...(((((.((.,..(((((((.{,...,,..)))))))......)).)))))..)))))))}|{|{|||{{|,,,,))))))))))..))))))))}...