Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0007700

Sequence Length

859 nt

GC Content

0.4075

GUUUAAUUUUUAGAUAUCCAGAAGAGGACUAUGAGUCAUUUCCACUCUCAGAAUCAGAUGUACCUCUUUUCUGCCUUCCUAUGGGAGCUACUAUUGAGUGCUGGGAUCCUGAAACCAAAUAUCCACUUCCAGUUUUUUCAACUUUUGUCUUGACAGGUUCUUCAGCCAAAAAGGUAUAUGGAGCUGCCAUUCAGUUUUAUGAACCUUACUCUCGGGAACUUCUAUCAGAGAAACAGCUUAUGCACCUGGGCUUGUUGACGCCUGUGGAGAGAAAAAUGGUCUCCAAAUCCAUCAAUACAAACAAAUGCAUUUGUUUACUCUCACACUGGCCUUUUUUUGAAGCUUUUAGGAAAUUUCUUAUGUUUAUCUACAAACUUUCUGUGUCUGGACCACAUCCUCUUCCCAUUGAAAAGCACAUUUCACAUUUUAUGCAAAACAUCCCUUUUCCUUCACCACAAAGACCGAGAAUCCUUGUCCAGCUGUCAGUCCAUGAUGCAUUAAUAUUAUCACAGCCAGUUUCUACACCUUUACCACUAAGUGGAGCCAACUUUAGCACCUUGCUAAUGAAUCUGGGUCCUGAGAAUUGUGCAACACUGCUGCUCUUUGUUUUACUUGAGAGUAAAAUUCUGCUGCAUUCUCUUAGGCCAGCUGUCUUGACUGGGGUAGCUGAAGCUGUUGUAGCUAUGAUCUUUCCAUUUCAGUGGCAAUGCCCAUAUAUUCCCCUUUGUCCUCUUUCACUGGCUGCAGUGCUUAGUGCACCUUUACCAUUUAUAGUUGGAGUUGACUCAAGGUAUUUUGAUCUUCAUGACCCACCACAAGAUGUUGUUUGCAUUGACUUGGAUACGAACAUGUUAUAUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-196.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -214.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 179.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((........(.((((((((((((((.((((((..((((((.(((((((((.((((...........))))..)))...))))))......(((((.(((((((...((............)).)))))))...))))).((((.((((.((((((((..(((((...(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..((((..((.......)).))))....((....)).....))).))..)).)))))).)))).))))((((.........))))......(((((((....)))))))...........(((.(((....))))))....))))))..))))))....((((...((.....))...)))).....))))))))....(((((......)))))......((((((((((((.............((..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...(((..((((((((.............((((((((((((((((...((((((...))))))......)))(.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))((((((((((....)))))))))).(((((...))))).......)))))))).)))))(((.................))).........))))))))..))).)))))))).)......))).))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))..))))))).....)))))))))))((((...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((........{.((((((((((((((..,((((,.,,,{{{,|,|,(((({.{(((......||,.,}}}}.,{{{{..,}}|||......,{(({.(((((((...{(,..............)))))))...}}}},.{(((.((((.((((((((..(((((...(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..((({,{{,...,,,.,,,)))}...,((....}}...,})))},)..)).)))))).)))).)))}((((.........))))......(((((({....})))))).,,,,,..,,.|||,{{{....)}))}}..,|)))}},..)))}}{{,,....|,}.,,..,,})||,.}}}},,,..))))))))....(((({......})))}....,.((((((((((((.............{{..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...({{..((((((((.............(((((((((((({{({.,.((((((...}))))).|....}}|{.(((((((...(((((.((.,..(((((((.,,...,,..)))))))......)).)))))..)))))))}(((((({(({....}))))))))).(((({...})))).......,))))))).))))).,,.,.......,........}}.........))))))))..))).)))))))).,......})}.))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))}.,)))))).,,..)))))),})}){{||...}}))