Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DLGAP4_0005400

Sequence Length

750 nt

GC Content

0.5947

GUUGACUGCAUUCAGCCAGUGCCAAAAGAGGAGCCCAGUCCCGCUACCAAAUUCCAGUCCAUCGGGGUUCAGGUAGAGGACGACUGGCGAAGCAGCGUCCCCUCUCACAGUAUGUCCUCCCGACGGGACACAGACUCGGAUACCCAGGAUGCCAAUGACUCAAGCUGUAAGUCAUCUGAGAGGAGCCUCCCGGACUGUACCCCUCACCCCAACUCCAUCAGCAUCGAUGCCGGUCCCCGGCAGGCCCCCAAGAUUGCCCAGAUCAAGCGCAACCUCUCCUAUGGAGACAACAGCGACCCUGCCCUAGAGGCGUCCUCGCUGCCCCCACCCGACCCCUGGCUCGAGACCUCCUCCAGCUCCCCAGCAGAGCCGGCACAGCCAGGGGCCUGCCGCCGAGACGGCUACUGGUUCCUAAAGCUACUGCAGGCAGAAACAGAGCGGCUGGAAGGCUGGUGCUGCCAGAUGGACAAGGAGACCAAAGAGAACAACCUCUCUGAAGAAGUCUUAGGAAAAGUCCUCAGUGCUGUGGGCAGUGCCCAGCUACUGAUGUCCCAGAAAUUCCAGCAGUUCCGGGGCCUCUGUGAGCAAAACUUGAACCCUGAUGCCAACCCACGCCCCACAGCCCAGGACCUGGCAGGGUUCUGGGACCUGCUACAGCUGUCCAUCGAGGAUAUCAGCAUGAAGUUCGAUGAACUCUACCACCUCAAGGCCAACAGCUGGCAGCUGGUGGAGACCCCCGAGAAGAGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-261 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -273.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 195.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((......)))))(..........((((.(..((((((..(((((.((((((........))))))..))))).(((((.(((......))))))))(((((((.....((((((......))))))((..((.((....))))..))...((((((.........)))))).)))))))........))))))..).)))).......((((((((((......((((.((..(((((((((((...((((.....))))..........(((((...)))))...((((((...((((.....))))...))))))................((((((((.....)))..(((....))).)))))(((...))).)))))))))))..))..))))..(((((((((..((((...(((((........((((.(((((((..(((((...)))))..(((((..(((((...(((((......)))))......))))).(((....)))(((((((((.((......)))))).))))))))))......))))))).)))).(((((....((..(((...............)))..))....)))))....((((((((((....)))))))))).)))))...))))........)))).))))).....(((((...))))).............((((.....)))).))))))))))....((.......))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((......)))))(..........((((.(..((((((.,(((((.((((((........))))))..))))).(((((.(((......))))))))(((((((.....((((((......))))))((..((.((....))))..))...((((((.........)))))).)))))))........))))))..).)))).......((((((((((.....,((((({..,||||(((((((...{.((((,,.......).)))).,(((((...)))))...((((((...((((.....))))...))))))...........,{{{(((((,(,(.{{..|||..(((....))).))),,))|.,})))}))))}||||||{{{...))))..,{({{{,,...,((|...||,||},}.....((((.((((((({{((((({{{{{{.,,,({(({..(((((...(((((......)))))......))))){(((....)))}{{{|{|{{,{|||,,.})))))),}|||,.}},}}}}...})))))).)))).|||||,,|,|{|,({,...,,,{,,,,,,..}}|||,|....||,,}...}{((((((((|....)))))))))).,}))},.|||||{{|{,|,,{|},..|||},.,|,,{|||,,,)}))},..,,,,|,...}|{{,...}}))))}))))))))))..,{{(.....}.))..)