Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DMXL2_0014600

Sequence Length

1419 nt

GC Content

0.3996

AUUUAUCCCUGGAUAGAGAAUCUGAGGCAGGUACAGGAUCAUCAGAACAUGAAGAUGGAGAAAGAGAAGGAAGUCCUAGAACUUACUCACGACUUAGUGUACCAAUGCCACUGCCUACGGUUCUGCUUGAUCGGAAGAUUGAAACGCUGCUAACUGAAUGGAAUAAGAAUCCUGAUAUGCUUUUUACAAUACACCCUGUAGAUGGUACCUUUCUAGUGUGGCAUGUGAAGUAUUUGGAUGAAUAUAAUCCUGGAAUAUUUAGACAAGUUCAGGUUUCUUUUUCUUCUCGGAUUCCUGUUGCAUUUCCCUCUGGUGAUGCAAGCUCUCUUAGUAAAAAUAUCAUGAUGUAUGCCUGUAUAAAUGCGACAAAAGAUUCUCACCACACGCUGUUACACCAGGAGGGGAUGUCUGUAGGCAGUCCUCACGGAUCACAGCCACACUCUAGAUCCCACAGUACACAUAUGAACAUCUUAGCUCCCACAGUAAUGAUGAUCUCUAAACACAUAGAUGGUUCUUUAAAUCAGUGGGCAGUCACUUUUGCUGAUAAGUCUGCCUUUACCACUGUUCUAACUGUAUCUCACAAAUUUAGAUAUUGCGGUCAUCGAUUUCACCUCAAUGACCUGGCAUGUCAUUCAGUUUUACCACUGUUAUUGACAUCCUCUCAUCAUAAUGCUCUAUUGACUCCUGAAUUAGAUUGUCAGUGGGACUCAGACAAUAAAUUAAGUAGAUUAAUGGACCCUGUAAAACAUAUAAAAGGUUCCUCGAAACAACCUCUUAGAAAUGCAGCAACUCGUACAUUUCAUGACCCAAAUGCAAUCUACAGUGAACUUAUUCUGUGGCGUGUAGACCCAAUAGGACCUUUGUCAUACACUGGAGGAGUAUCAGAAUUGGCUCGAAUUAACUCUUUACAUACCUCAGCGUUCUCUAAUGUGGCUUGGCUUCCAACUCUCAUUCCCAGUUACUGUCUAGGCACAUACUGCAAUUCUGCAAGUGCUUGCUUUGUUGCUUCUGAUGGCAAAAAUCUGAGACUCUAUCAAGCUGUAGUGGAUGCAAGGAAAUUAUUAGAUGAAUUGUCAGACCCAGAAUCUUCAAAACUUAUUGGAGAAGUGUUUAAUAUUGUGAGCCAACAGUCUACUGCUCGACCUGGCUGCAUUAUUGAACUCGACGCAAUAACCAACCAAUGUGGCUCAAAUACACAGUUGCUUCAUGUGUUUCAAGAAGACUUCAUUAUAGGAUAUAAACCACAUAAGGAAGAUAUGGAGAAAAAGGAAACAGAAAUAUUUUUUCAGCCAUCACAAGGAUACCGCCCACCACCAUUUUCAGAAAAGUUCUUUCUAGUAGUAAUUGAGAAGGACAGCAAUAAUAACUCUAUUCUGCAUAUGUGGCACCUUCAUCUUAAAUCUGUACAAGCAUGUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-329.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -355.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 369.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((....(((...((((((((...(((.(((((((((((((((((((.(((..(.(((((.((((((((((.(((.((((((...(((......))).......((.((((....))))...))((((((....))))))..((((((((((((((.((................((((.((((((........)))))).)))))).))).))).))))).)))((((((((((((.......))))..))))))))....)))))))))))))))))))))))).).))).)))((((((.((....)).)))))).(((.....))).......)).))))).)).)))))))...)))......)))))))).)))...(((((....((..(((((..((((....)))).)))))..))...)))))........((((......((.((((((((....(((.((.(((((((((((((((((..((((((.....(((((...........((((((((((..((((........)))))))).....)))))).........)))))......))))))......((((((.((.......)).)))))).((.((((((..((((......))))....))))))))..)))))))..))))....((((..............)))))))))))).)))......(((((.....)))))(((.(((..............))).)))................((((((..((.....)).)))))).....((.....((((((((((.((((((.((((((((.((((((((((....))......))).)))))(((.((.(((((.....(((((.(((...............(((.....((((((((((((.((.(((....((((.........))))...))).)).)))))...(((((...((((....))))...)))))(((((.((((((..((((((.......((....((((.....))))..)).....))))))...))))))....)))))(((((((......))))))).(.((((((((.(((.(((((...(((........))).)))))))).)))))))).)((((((..((.((((...((((.........)))))))).))..)))))).........((((.((((.((.......))..)))).))))...)))))))..)))...............)))))))).......)))))...)).))))))....)))))))))))...)).))))..))))....)).(((.((((.......)))))))))))))))))......)))))))))(((.(((....))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((..,,(((.,.(((((((({..(((.((((((({{(((((((,((.{({.,{,((({{{((((((((((.(((.((((((...(((......))).....(((((((.,,,,.(((({..((((((((....))))))...}}.},.}))))...(({.......}}).....((((.((((((........)))))).))))....,,.}),)))))))||,((((((((((((.......))))..))))))))....)))))))))))))))))))))))),|.}}).}}|{(((((.((....)).}))))}.{{,.....,}}.......}}.))))).,}.)))))))...)))..,...}))))))).,,,...|||||....}}}}|{{(({{({{{.,|.|}|}||)),,..|||{{..,|},........})))),...{{.{{{{{{{(..{{((,.,({(,,,,,|||,{,||||{||((((......}|||,||,.........((((((((((..((((........))))))))}....,))))).,.,}}..{{||||.......}})))}},.,.((((((.((.......)).)))))).((.((((((..((((......))))....))))))))..}))))}}..}),},,..|||{},|||...{{{{{{||},,||||,,|,|,,......{{{{{,..,.}}}}}(((.(((.,........,...))).)))...........,,,,.((((((..{{.....}).)))))).,},}}}}...)}))))))|||,{{{{,,.{{{(((((.(({{{{|{{{....)}......))).))))){((,((,(((((.,...(({({.{{{..,|.,,|,|.....|||,,,.,||{{{{{(((((.((.(((....((((.........))))...))).)).)))))...(((((...((({....})))...))))){((((.((((({..((((((...{{{.{{..,{,,|,,.,..})},.}},.....))))))...))))))....)))}}(((((((......))))))).{.((((((((.(((.(((((...(((........))).)))))))).)))))))).}((((((..{{.((((...((((.........)))))))).}}..)))))).......,.((((.{(((.{(.......})..)))}.))))...}))}|}}..}}}.....,,,...,}.,)))}))))......,))}}}..,)),,,,}}|....|||}},}||||{{{||{||,...}})}})))))}|,{.,,,,.......}})))))}}}))))))....,,,,...)))))(((.(((....))).)))