Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EIF2D_0001000

Sequence Length

1641 nt

GC Content

0.5119

UGUACACGCUGUGGUCCUAUCCUGAUCUUCUGCCAACCUUUACAACAUGGCCUCUGGUGCUCGAGAAACUGGUAGGGGGAGCAGAUUUGAUGCUGCCUGGACUGGUGAUGCCCCCUGCUGGUCUGCCUCAGGUACAGAAGGGCGACCUCUGUGCCAUUUCUUUGGUGGGGAACAGAGCCCCUGUAGCCAUUGGAGUUGCAGCCAUGUCCACAGCUGAGAUGCUCACGUCAGGCCUGAAGGGAAGGGGCUUCUCUGUGCUCCACACUUACCAGGACCACUUGUGGCGGUCUGGAAACAAGUCCUCUCCACCUUCCAUUGCUCCACUGGCCCUGGAUUCAGCAGAUCUCAGUGAAGAGAAGGGGUCUGUCCAGAUGGACUCCACCCUGCAGGGAGACAUGAGGCACAUGACCCUGGAGGGGGAAGAGGAGAAUGGGGAGGUUCACCAGGCACGUGAAGACAAGUCUCUCUCAGAAGCCCCAGAAGACACCAGCACCAGGGGCCUGAACCAAGACUCCACAGAUAGCAAAACGCUUCAAGAACAAAUGGAUGAGCUGUUACAGCAAUGCUUCUUACAUGCCUUGAAGUGCCGAGUCAAAAAGGCUGACCUCCCUUUACUCACCAGCACUUUCCUUGGCAGCCACAUGUUCUCCUGCUGCCCUGAAGGACGACAACUGGACAUAAAGAAGUCAAGCUACAAAAAGCUCUCUAAGUUCCUGCAGCAAAUGCAGCAGGAGCAGAUUAUACAGGUGAAGGAGCUGAGCAAAGGGGUGGAGAGCAUUGUGGCUGUGGACUGGAAACACCCGAGGAUUACAUCUUUCGUCAUACCCGAGCCCUCCCCGACCUCCCAGACUAUCCAGGAGGGUAGCAGGGAACAGCCCUAUCACCCUCCAGAUAUAAAACCCCUCUACUGUGUCCCAGCCAGCAUGACCCUGCUCUUCCAGGAGUCUGGCCACAAGAAGGGGAGCUUUCUGGAGGGCAGUGAGGUCCGAACGAUCGUCAUUAACUACGCCAAGAAAAAUGACCUGGUUGAUGCAGACAACAAAAAUCUUGUGAGAUUGGAUCCCAUCCUAUGUGACUGCAUCUUAGAGAAAAAUGAACAGCAUACAGUCAUGAAGCUUCCAUGGGACAGUCUUCUGACCAGGUGUUUGGAAAAAUUACAGCCUGCCUAUCAAGUGACCCUUCCCGGACAAGAGCCCAUUGUGAAGAAAGGGAGAAUCUGUCCAAUUGACAUCACCCUAGCACAAAGAGCGUCUAAUAAAAAGGUGACCGUGGUCCGGAACUUGGAGGCCUAUGGUCUGGACCCAUACUCAGUGGCUGCCAUCCUUCAGCAGCGAUGCCAGGCUAGCACCACCGUCAAUCCUGCCCCUGGGGCCAAGGACAGCCUUCAGGUGCAGAUCCAGGGAAACCAGGUCCACCACCUCGGCUGGCUAUUGCUUGAAGAGUAUCAGCUCCCUCGAAAACACAUCCAAGGUCUAGAAAAGGCCCUCAAACCUGGCAAGAAGAAGUGACAGACUCUUUUGUCUCACGUGGUGGAUCCGGUGGAAAUCCAAGCUCUGGGCUGGUAAUUUUUAUGAGCAUUUUCAGCUUUUGCAAAUACAAAAUAUAAUUCUUUACAAAAAUAAAUUUUUAUUCUAAUCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-537.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -570.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 511.15

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((.(((((.(((.(((((((..((((.............(((((..(.((.(((((((..((((((((((((((((.......))))(((......)))....))))))))))))....))).((((((((.((....)))))))))).((((((....))))))..)))).)).)..))))).(((...(((((((((((((......((((((((......(((((...((((((((((........))(((..........))).((((((.(((((.(((.........((((.(..(((((((..(((((.(((((...((((.(((.((.((((......))))((((((..((((....))))(((.((((.(((((...((((.....)))).))))).)))))))...((((..(((((((((((.......(((.(((((..((((.(((((((..(((((.................)))))))))........(((((((...((((..(((((((((.....(((...(((((((....)))..))))....)))..))))))))).............(((..(((((((((.((((((..((((((((((((((((.............))))))...))))).(((..((........))..))).((((......))))......((((((((.((....)).)))))))).........)))))..))...)))).))))))).))..))).))))..)))))))..((......)))))))))...)))))))).......))).))))))))..)))).....((((..(((((((...((((.....))))...))))))).))))....)))))))).))).))))..)))))((.(((((((......)))).))))).((.......)))))))....)))))))..).))))(((((((...(((........)))............(((((((((((((((...(((..(((((....)))))((((...))))..)))..)))))))..........((((.(........)))))(((((((((...))).)).)))).))))))))))))))).......))).)))))...)))))).)))))))).....)).)))..(((((.....((((.((...((((.....)))))).))))..))))).))))))))...........(((((((((((........).)))).))))))))))).........))))))))..)))....)))).)))..)))).))).))))).)).....((((.((((((((........))).))))).))))..((((((..(((.((((((((((.((((..((((..(((((...)))))..))))..).)))............(((((.....))))).........(((((((.((.((.....)))))))))))....)))))))))).)))((....))...))))))(((.((((...)))).))).......((....))..........................(((((....)))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,.....({.(((((.(((.((((...{(((.((...(((((((,.,{((.((((.{{{{{.{.{,.{{,{((((((((,((((......,,))|}(((((..((((({(({((((({((({(((,....(((((((,{((....))))))))))....,...(((((((,..,{.{||||{{{{{({..,||,}}}}}}}{{{.((((((((((..((((({{.{{,,.{(((({..{{,..(((((.....,,,})))),,.}},.,||||.||,,,|{|||,{{|,{{|,.,,,}},||{{{{{{{{{{{{.,{{(({{|{{{{,|{{|,..,,.,|||,{{{|.,,,..}}}..|||||},(({{....)))){((.((((.(((((...((((.....)))).))))).))))))).|.||{{..,{{({{{{{{{.,,||||{,||||,,,,.{((({...((((..(((((.,.............,.)))))))))....))))|{,,,....,,,....{{{(((({{.....,{{,,.{((({{{....}},..))))}},.),),.)))))}))|,.,{(({.....||,},,}},||||||.|||..{,||,||{((((({((((({{,,{{{{,{{{.}|,}||,..,}}}}.|||..{|,|,,....,,..))).((((......)))).{{{..((((((((.((....)).)))))))),,,.....}}})}),,)).}))))),}),))))))))))))))),,))))))))))}))......,|{{{({|...}}},}}||.......,)}}|||)})))|,,),,.},}},||,,,,))|))}},,.{(((.....)))),))))).)))}).........)))))))))}}})}},}}|||||,,,{{((((......)))).}}}||)).....((((((..((((...((.((((.((((..(((((((....{{((({..,,......,}...}}))||((((({({{{{({.{,{{{..,,{{|,,,,|||||({,(,{{||}|,.||||,|||}|||,.........,|{....,.,,.,,)))))|{||{,{{{,,}))),)),)))),)))))))))))))))....)))).)))).))....))))..)))))),,}}}).}))).))}})))))))...}),}}},..((((.....))))||{||,|.{{....{{,|,,}},.......,}}}}|..{.((((((((.(,(((....)}}.},})))))))},,.....{{.(((((.........))))).))..)))).))).)))))|}}.....((((.((((((((........)))}})))).))))..((((((..{((.((((((((((.((((..((((..(((((...)))))..))))..,,)))............(((((.....))))).........((({{{{{(,,((.....)))))))))))....)))))))))).))){{....)),..))))))(((.({(,...}))).))).......||,,,{|}.....,,,,.........,,},.,..,,,,,....}}},...........