Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EPHB4_0002400

Sequence Length

614 nt

GC Content

0.6515

CCUGUGCCCAGGGCACCUUCAAGCCCCUGUCAGGAGAAGGGUCCUGCCAGCCAUGCCCAGCCAAUAGCCACUCUAACACCAUUGGAUCAGCCGUCUGCCAGUGCCGCGUCGGGUACUUCCGGGCACGCACAGACCCCCGGGGUGCACCCUGCACCACCCCUCCUUCGGCUCCGCGGAGCGUGGUUUCCCGCCUGAACGGCUCCUCCCUGCACCUGGAAUGGAGUGCCCCCCUGGAGUCUGGUGGCCGAGAGGACCUCACCUACGCCCUCCGCUGCCGGGAGUGCCGACCCGGAGGCUCCUGUGCGCCCUGCGGGGGAGACCUGACUUUUGACCCCGGCCCCCGGGACCUGGUGGAGCCCUGGGUGGUGGUUCGAGGGCUACGUCCUGACUUCACCUAUACCUUUGAGGUCACUGCAUUGAACGGGGUAUCCUCCUUAGCCACGGGGCCCGUCCCAUUUGAGCCUGUCAAUGUCACCACUGACCGAGAGGUACCUCCUGCAGUGUCUGACAUCCGGGUGACGCGGUCCUCACCCAGCAGCUUGAGCCUGGCCUGGGCUGUUCCCCGGGCACCCAGUGGGGCUGUGCUGGACUACGAGGUCAAAUACCAUGAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-246.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -255.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 173.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((.((.((((((.(((((...((.......)).)))))))))))...)))).)((((((..((((((.........(((((((.((((..((((.((..(((.((((((((..((((((((...((((........((((((((...)))))).))..(((..((((...(((((((((((....(((((.....((((((.....((((((.....)).))))......)))))).)))))..(((.....)))..))))))..))))).)))))))))))...))))))))..)))).))))...))).)).))))))))........(((((...)))))....(((.((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((((((((((..........))))))))...........)))))))))))...))))))((((((((((........(((((...((((((.(((((...(((......)))...)))))..)))))).))))))))).)))))))))))))..))))..)))..(((((((......)))))))..)))))))))))))))))).((.((.(((.....))).))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.((.((.((((((.(((((...{{.......)).)))))))))))...)))).)((((((..((((((.........(((((((..{{(,.,{(({(({{,{(((,((((((({(((((((((,{((.(((((.((.((((.((({{{.,,|{{{{..((((..((,,..}|,||}|,||||}.....(((.....}}|{{(..,..,,....}},..)).)))).)))}.)).)))))}})|||{.{{{{......,,,.,}}}}))})),)))))))))))}}}),))){||{{{||,{|||....))).))))),))),,........(((((...)))))..|,|||}|{((.(((((((((((((.(((((.(((.(((((((((((..........))))))))...........))}))))))))...))))))((((((((((........(((((...((((((.(((((.,.({(,,....)))..,)))))..)))))).))))))))).)))))))))))))..)}}}..))),)(((((((......)))))))..)))))))))))))))))).{{.((.(((.....))).))}}..)