Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0022300
Sequence Length
1730 nt
GC Content
0.3867
AUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAGGCAAGAAGAUGAAAAUUUUAACAGCCUUUUACAAAAUGGAGAUAUUUUAAACAGUUCAACAGAGGAAAAGUUCAAAGCUCAUGAUAAAAAAGAUUUUAACUUACCUGAAUAUGAUUUGAAUGUUGAAGAGCGAUUAGUUCUAAUUGAGAAAAGUGUUGACUCAACAGCCACAGCUGAUGACACUCACAAAUUAGAUCAUAUCAAUAUGAAUCUUAAUAAACUUAUAACUAAUGAUACAUUUCAACCAGAGAUCAUGGAAAGAUCAAAAACACAGGAUAUUGUGCUUGGAACAAGCUUUUUAAGCAUUAAUUCUAAAGAGGAAACUGAGCACUUGGAAAAUGGAAACAAGUAUCCUAAUUUGGAAUCCGUAAAUAAGGUAAAUGGACAUUCUGAGGAAACUUCCCAGUCUCCUAAUAGGACUGAACCACAUGACAGUGAUUGUUCUGUUGACUUAGGUAUUUCCAAAAGCACUGAAGAUCUCUCCCCUCAGAAAAGUGGUCCAGUUGGAUCUGUUGUGAAAUCUCAUAGCAUAACUAAUAUGGAGAUUGGAGGGCUAAAAAUCUAUGAUAUUCUUAGUGAUAAUGGACCUCAGCAGCCAAGUACAACCGUUAAAAUCACAUCUGCUGUUGAUGGAAAAAAUAUAGUCAGGAGCAAGUCUGCCACACUGUUGUAUGAUCAACCAUUGCAGGUAUUUACUGGUUCUUCCUCAUCUUCUGAUUUAAUAUCAGGAACAAAGGCAAUUUUCAAGUUUGAUUCAAAUCAUAAUCCCGAAGAGCCAAAUAUAAUAAGAGGCCCCACAAGUGGCCCACAAUCUGCACCUCAAAUAUAUGGUCCUCCACAGUAUAAUAUCCAAUACAGUAGCAGUGCUGCAGUCAAAGACACUUUGUGGCACUCCAAACAAAAUCCCCAAAUAGACCAUGCCAGUUUUCCUCCUCAGCUCCUUCCUAGAUCAGAGAGCACAGAAAAUCAAAGUUAUGCUAAACAUUCUGCCAAUAUGAAUUUCUCUAAUCAUAACAAUGUUCGAGCUAAUACUGCAUACCAUUUACAUCAGAGACUUGGCCCAGCAAGACAUGGGGAAAUGUGGGCCAUCUCACCAAACGACCGACUUAUUCCUGCAGUAACUCGAAGUACAAUCCAGCGACAAAGUAGUGUGUCCUCCACAGCCUCUGUAAAUCUUGGUGAUCCAGGCUCUACAAGGCGGGCUCAGAUUCCUGAAGGAGAUUAUUUAUCAUACAGAGAGUUCCACUCAGCGGGAAGAACUCCUCCAAUGAUGCCAGGAUCACAGAGACCCCUUUCUGCACGAACAUACAGCAUAGAUGGUCCAAAUGCAUCAAGACCUCAGAGUGCUCGACCCUCUAUUAAUGAAAUACCAGAGAGAACUAUGUCAGUUAGUGAUUUCAAUUAUUCACGGACUAGUCCUUCAAAAAGACCAAAUGCAAGGGUUGGUUCUGAGCAUUCUUUAUUAGAUCCUCCAGGAAAAAGUAAAGUUCCUCGUGACUGGAGAGAACAAGUACUUCGACAUAUUGAAGCCAAAAAGUUAGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-385.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -420.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 519.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..(((((......)))))))))(((((.((......(((((.((.............)).)))))....)).))))).((.(((((((((((((..........))))).....))).)))))))..(((...(((((((((.(....((((......((((((...((((.....((((...(((((....)))))....)))).........))))))))))......)))).....(((((((((((.((((.((...........))))))))))).((((..((((((((....(((((((.(..(((((((.(((((((((...(((((((.(((.((((....)))).)))...((........)).....)))))))...))))))).....)).)))))))....).)))))))...))))))))...............)))).....(((((((((((.(((((((...(((((...(((..(((((....(((((((((.((..(((((..(((((......)))))...))))).......(((..(((((..((((((((..((((((((((((((..(((((((((.((.((((((..((((((((((.((((.(((((..............((((.(........).))))......(((((....)))))((((((((....))))))))..........((((...(((((((((.........((((((..((.((.....(((((.(((((((..........................)))))))((((.....((((((.(((..(((....)))....)))))))))......))))(((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....................((((....)))).......)))))))))............((((........))))....)))))))............)))))....)).)).))))))........))))((((((((((((...)))....)))))))))...................................)))))....))))..))))).))))))))))......))))..))))))....((((.((((...(((((..........)))))......((((((....(((((((..............((((..((((((......((((......))))))))))))))...........((.....)).))))))).))))))..................)))).))))........((((.((((...(((((....)))))...)))))))).)).))))..))))).))))))))..............((((...))))...))))))...)))))...((((......))))((((((....))))))................)))..)))))..))).........)).)))))))))..))))).................(((.((((.(((.((.((((((....)))))).)).))))))).))).....)))...)))))))))))).))))))))))).(((((((...(((....)))...))))))))))))).).)))))))))....))).((((((....)))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((,..(((((......)))))))))|((((.{(,,....{{{{|.{|....,,,,.,,..}}.})))),.,.)}.)))}}.((.(((((((((((((..........))))).....))),}))))))..{((...(((((((((......,{{(,,,,,,((((({...((((.....((((...(((((....)))))....))))..,......)))))}))}}......}}}|,..,.{((({{{((((.{{{,{{,.{........,},})},}}))}..||,..{{{{{{{{,,.,((({{((,(,.{{{{||||{{{{({{{,...((({{{,.(((.((((....)))).))),.,|},,...,,,}||||||}}}})))}}.}}}}}},.....}}.,}}}}}|,,..,.}})))}}...}||||}}}...,),,,.......,{(((....((((((((((...,,,|}}}})))||,.,,}}}..,(((({{{(((,((((((({...,{({{..||||{.,,,..}}}}),,.|||||......,,,..,||||,.{(((((((,..,,{,,(((((({{{..,,||||||,.{{,(,,{{(,|||,{{,|||||||{,{{{,((,....}}..,,,,}||||,|,,......}}))))},..,{{{((|,,{{{{.,.((((((((....))))))))...}}},,.||||{{{{(((((((((....{{{{{,,,,,{..,,,,},,.}}}}}({((((((((..,{,....................,)))))))),||.....((((((.(((,.(((....}))....)))}}))}}......}},,{((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....,{,..........,||{({{....})},.......)))))))))..........{.((((.,....}.)))),...))))))}...........}))))))))},.{{{{........)))}.|}.{.(((((((((({{...},,...,))))))))).,........,,.}}}....},}}})))))))}}}))))....{((({{{{...,,,.}}.)))).|||||,,,,,.,||},,}|,.....|}}}}....{{(({.{,.....,,))))}..,,{{((((((,,,,({(((((..............((((..(((((({.,....(,,......,))))))))))))).......,...{{,,...||,|}}}))|,}}}}||{{.,.....,{,{{{{.,||..{{||,,...}}}.((((.((((.,.(((((....))))).,.))))))))||||||,|,,|||||.}}}}},,,...,|{{{,...{,((((((..{{|...))),.))))))))}..,|||||{,,|||||,{{|||,,,,,||||||......,.......,,,{{,||||}....||||},.....,}.}}})))}|)}})|)))}}...}|......}}|||||.|{{{.|||.||,{((((|,...,})))),)},))}})))|||||....,,,...,}))}}))}))))))))})))))),(((((({...(((....)))...}))))))}))))},),)))))))))....})}.((((({....)))))).................
Back