Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FAM120A_0002900

Sequence Length

1800 nt

GC Content

0.5406

GUUGCACAGAGCAUUGAGGAUCACCAUCAGGAAGUGAUUGGUUUCUGCAGAGAGAAUGGUUUCCAUGGCUUGGUUGCGUAUGACUCUGAUUAUGCACUGUGCAACAUCCCCUACUAUUUCAGUGCCCAUGCCCUAAAACUGAGCCGGAACGGGAAAAGUCUCACCACAAGCCAAUAUCUGAUGCAUGAAGUUGCCAAGCAACUGGACCUGAAUCCAAAUCGUUUUCCUAUUUUUGCUGCUCUCUUAGGAAAUCACAUUCUGCCUGAUGAAGAUCUGGCUUCCUUUCACUGGAGUUUACUUGGUCCAGAACAUCCACUAGCCUCACUAAAGGUCCGGGCCCACCAGCUGGUCUUGCCACCUUGCGACGUAGUGAUCAAAGCCGUUGCUGACUAUGUACGCAACAUUCAGGACACCUCUGACUUGGAUGCCAUAGCUAAAGAUGUUUUCCAGCAUUCACAGUCUAGAACAGAUGACAAAGUUAUUCGAUUUAAGAGAGCAAUUGGAUAUUAUUCAGCGACUAGUAAGCCUAUGUCAUUUCAUCCACCACAUUACUUAGCAGCCAGACCCGGUCCGUUUGGAAUGCCUGGGAUGGUGCCGCCGCAUGUUCCUCCUCAGAUGCUCAACAUUCCGCAGACCUCUCUGCAAGCAAAGCCCGUGGCCCCACAGGUGCCCAGCCCAGGGGGCGCCCCGGGCCAGGGUCCAUACCCGUACAGCCUCUCUGAGCCAGCACCUCUCACUUUGGACACGAGCGGGAAGAAUCUGACGGAGCAGAACAGCUACAGCAACAUUCCUCACGAAGGGAAGCACACGCCGCUGUAUGAGCGGUCCUCGCCCAUCAACCCGGCCCAGAGCGGCAGCCCCAACCACGUGGAUUCCGCCUACUUCCCUGGCUCUUCUACAUCGUCAUCUUCCGACAACGACGAGGGCAGCGGAGGGGCGACAAACCAUAUCAGCGGGAACAAGAUUGGCUGGGAGAAGACGGGAAGCCACUCAGAGCCUCAGGCACGAGGAGACCCAGGAGACCAAACAAAGGCAGAAGGCUCGUCCACUGCCUCUUCAGGAAGCCAACUAGCCGAAGGCAAGGGAAGCCAGAUGGGCACUGUCCAGCCAAUCCCGUGCCUCCUGUCGAUGCCCACCAGGAACCACAUGGACAUCACCACACCUCCCCUGCCCCCCGUCGCACCUGAGGUGCUGAGAGUGGCCGAGCACAGGCACAAGAAGGGGCUGAUGUACCCCUACAUCUUCCAUGUCCUGACGAAGGGUGAAAUCAAAAUUGCUGUUUCUAUUGAAGAUGAAGCCAACAAGGACCUGCCUCCGGCCGCUCUGCUCUAUAGGCCAGUUCGUCAGUAUGUUUACGGAGUCCUGUUUAGUUUGGCAGAAAGCAGAAAGAAAACUGAGAGACUUGCUUUUAGAAAGAACAGACUUCCACCAGAAUUUUCACCAGUGAUCAUUAAAGAAUGGGCAGCUUACAAAGGAAAGUCUCCUCAAACCCCGGAACUGGUUGAAGCUCUUGCCUUCAGGGAGUGGACCUGCCCCAACCUGAAGAGGCUGUGGUUGGGUAAGGCGGUAGAGGACAAGAACCGCAGGAUGAGGGCCUUCCUGGCCUGCAUGAGGUCGGACACCCCAGCCAUGCUCAACCCUGCCAACGUGCCCACUCACCUCAUGGUGCUCUGCUGCGUCUUACGGUACAUGGUGCAGUGGCCGGGAGCACGCAUCCUUCGGCGUCAGGAGCUAGAUGCCUUCCUGGCUCAGGCGCUGUCCCCCAAACUCUACGAGCCUGAUCAGCUCCAGGAGCUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-583.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -616.22

Frequency: 0.0000

Diversity: 420.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((......))).(((((((((..(((((((.((....((((((((..((((((.((((...))))(((((((((((((((((......)))))).....))))).((((...((..((((((..............))))))..))...))))............))))))....((........))((((((...))))))(((......))).......................))))))..))))))))....)).)))))))..))))(((((((((.((.(((((.(......).)))))...........((((.(((...)))..))))(..(((((((((((((...((((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).))))).............((((((((((((((...(((.......))).....))))))).)))).)))..((((((((.((.(((((((((.........))))))))).......((.........)))).)))))))).((((((...........(((.((((((.......))))))..))).((((..(.((((((.((.(((((((((((((((.((.........(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))).....(((((....((....((((.........))))....))......))))).)).)))))).))))..)))))))....((....(((((......)))))))....((((((.....))))))....(((.........))).....)))))).))))).....))))))..((((..((((((((.(((((.....((((..((....))..)))).)))))))).)))))))))...............))...)))))))))))))..)..)).)))))))))(((.((((.((((((.((.((((.....((.(((........((((((........((((.(((((((((((..((......)).(((((((((((..(((.....)))..((((((.........(((..(((((...........)))))..))).))))))....((((((((...(((........)))...)))))).))((((((((((((..((((.......(((((........))))).(((((((.(((((((.....)))).(((((((....))..)))))))).)))))))...((.....)).)))).)).))))))))))..((((.((((.((((..(((((...(((.(......(((((......)))))......).)))...)))))..)))).)))).)))).........((((.(((((...((((...(((..(((((....)))))...))).....((((.....))))........))))))))).))))))))))))))).(((.((......)))))..))))))))))).)))).((((((.(..(((((.((....((...(((((.((.(((...(((.(((((.....))))))))..))))).)).)))))..)))))))..).))))))..((((....)))).))))))((((((..((((.(((......)))))))..)).)))).......((((((..(((((((........))))))).))))))))))).....)))).)).))))))...))))...)))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,,...,|||.(((((((((..(((((((.((.,..((((((((..((((((.{(((...}}}|(((((((((({(((((,......,,,|||,..,,|},||.{{((...{{..{(((((,.....,,......))))))..)).,.)))}...}}..,,,,.})}))),...,,....,,,.},{(((((...)))))}(((......})),....,,..,,,.......,,..))))))..)))))))).,},)}.)))))))..))))(((((((((.((.(((((.(......).))))).....,,....((((.,,,..,)))..)))}{..(((((((((((((...{{((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).))))}....,{{{.....{({(((((((((((...(((.......))}.....))))))).)))).))}..{(((((((.{{,(((((((({.........}}))))))}...,,..{{...,,|,..,,)).)))))))}.{(((((...........(((.((((((.......))))))..))).{{({.{({,((.(((((.(((((((((((((((.((.........(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))).....(((((...,((....((((.........))))....)).,..,.))))).}).)))))).))))..)))))||....||....(((((......))))}},....((((((.....)))))}..,,||{,........)))...,.))))).}),))).}}..)))))}..((((,.((((((({{(((({.....((((..((....))..)))).)))))))).))))))))).....,,........)),..)))))))))))))..)..)).)))))))))|||,|{|{.|{{{||,|{.{(((..,,.((,(,{........|{{{{,,{{{,,,.((((.(((((((((((..((......}}.(((((((((((..(((((.((((,.,{(({({..,..,,{.(((..(((((..{.....,..)))))..}}).}))},,...,{{((((((...(((........)))...)))))).})(((((((((({(..((((,......(((((........))))).(((((((.{{{,(((.....)))|,(({{,{,....,}.,}))))}}}.)))))))...{{.....)}.)))).))}))))))))))..((((.((((.((((..(((((.,.(((.,.,..,.(((((......)))))....}.,,))....)))))..)))).)))).))))..{,..,{,{{{{,....{,....||...,||}.{{,,,....,,)))},}},,.....,|||,,,,,)}}).....}}})...))))),....))))))))))).(({.({|.....}))))..))))))))))).)))).((((({.{..(((((.((....{{...(((((.((.(((...{{(.(((((.....)))))))}..))))).)).)))}}..)))))))..}.}))))}..((((....)))),}}}}}|((((((,.((({.({{....,.))))))).})).))))}.,...{((((((..(((((((........))))))).)))))))}},},....}}}}.)),))))}}...)))),.,)}})))},.