Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FAM120A_0008300

Sequence Length

856 nt

GC Content

0.5584

CCAUAUCAGCGGGAACAAGAUUGGCUGGGAGAAGACGGGAAGCCACUCAGAGCCUCAGGCACGAGGAGACCCAGGAGACCAAACAAAGGCAGAAGGCUCGUCCACUGCCUCUUCAGGAAGCCAACUAGCCGAAGGCAAGGGAAGCCAGAUGGGCACUGUCCAGCCAAUCCCGUGCCUCCUGUCGAUGCCCACCAGGAACCACAUGGACAUCACCACACCUCCCCUGCCCCCCGUCGCACCUGAGGUGCUGAGAGUGGCCGAGCACAGGCACAAGAAGGGGCUGAUGUACCCCUACAUCUUCCAUGUCCUGACGAAGGGUGAAAUCAAAAUUGCUGUUUCUAUUGAAGAUGAAGCCAACAAGGACCUGCCUCCGGCCGCUCUGCUCUAUAGGCCAGUUCGUCAGUAUGUUUACGGAGUCCUGUUUAGUUUGGCAGAAAGCAGAAAGAAAACUGAGAGACUUGCUUUUAGAAAGAACAGACUUCCACCAGAAUUUUCACCAGUGAUCAUUAAAGAAUGGGCAGCUUACAAAGGAAAGUCUCCUCAAACCCCGGAACUGGUUGAAGCUCUUGCCUUCAGGGAGUGGACCUGCCCCAACCUGAAGAGGCUGUGGUUGGGUAAGGCGGUAGAGGACAAGAACCGCAGGAUGAGGGCCUUCCUGGCCUGCAUGAGGUCGGACACCCCAGCCAUGCUCAACCCUGCCAACGUGCCCACUCACCUCAUGGUGCUCUGCUGCGUCUUACGGUACAUGGUGCAGUGGCCGGGAGCACGCAUCCUUCGGCGUCAGGAGCUAGAUGCCUUCCUGGCUCAGGCGCUGUCCCCCAAACUCUACGAGCCUGAUCAGCUCCAGGAGCUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-282.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -299.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 244.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((...........))))))((..(((.....((....)).(((.((((.((((((.((.((((.....((.(((........((((((........((((.(((((((((((..((......)).(((((((((((..(((.....)))..((((((.........(((..(((((...........)))))..))).))))))....((((((((...(((........)))...)))))).))((((((((((((..((((.......(((((........))))).(((((((.(((((((.....)))).(((((((....))..)))))))).)))))))...((.....)).)))).)).))))))))))..((((.((((.((((..(((((...(((.(......(((((......)))))......).)))...)))))..)))).)))).)))).........((((.(((((...((((...(((..(((((....)))))...))).....((((.....))))........))))))))).))))))))))))))).(((.((......)))))..))))))))))).)))).((((((.(..(((((.((....((...(((((.((.(((...(((.(((((.....))))))))..))))).)).)))))..)))))))..).))))))..((((....)))).))))))((((((..((((.(((......)))))))..)).)))).......((((((..(((((((........))))))).))))))))))).....)))).)).))))))...))))...)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((..((..((((.....(({{,{(((((((((...{(((((,,.{((((.((((((((..((({(.(...((((.({.........(((((..((({..{((.,,{,,,...,,))}}}}}..)}.))){,(((((.((((.((..,.(((((...)))}}}}...)))).)))))||{({,{(((.{{,...|,.....).)}),))}}...,....}}.))))...,,).)))..)))))))).)))||(((((((({(..((((,......(((((........))))).(((((((.{{{,(((.....)))|,(({{,{,....,}.,}))))}}}.)))))))...{{.....)}.)))).))}))))))))||..((((.((((.((((..(((((.,.(((.,.,..,.(((((......)))))....}.,,)),...)))))..)))).)))).))))..,....}.))))).,.....))))).))))),))).........|(((.{((((......}.))),})}))},...))))}}..)))((..((((((((,(((((((..(.((.....,)))..)))))))||{{{({(((((((,..,(((((,,.,,......,}}||((({((.((({,.,,{.|||||,{,,,,|||,||...,))},,)),}|}|,..|||,||{..{.{({{{{..,(((....||||{..,,,,|||||,..,}}}...}}).))}))))),)))}),},,))}))}.{((((((..(((((((........))))))).))))))),,.)}},,..,)))),,)))).....,,,,)))))))),.))