Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FBXL5_0001600

Sequence Length

1864 nt

GC Content

0.4040

UCUUUGUAUGCUACUUUCAAGGAGUUCAAAAUGCAUGAGCAGAUUGAAAAUGAAUACAUUAUUGGUUUGCUUCAACAACGCAGCCAGACCAUUUAUAAUGUACAUUCUGACAAUAAACUCUCCGAGAUGCUUAGCCUCUUUGAAAAGGGACUGAAGAAUGUUAAGAAUGAAUAUGAACAGUUAAAUUAUGCAAAACAACUGAAAGAGAGAUUGGAGGCUUUUACAAGAGAUUUUCUUCCUCACAUGAAAGAGGAAGAGGAGGUUUUUCAGCCCAUGUUAAUGGAAUAUUUUACCUAUGAAGAGCUUAAGGAUAUUAAAAAGAAAGUGAUUGCACAACACUGCUCUCAGAAGGAUACUGCAGAACUCCUUAGAGGUCUUAGCCUAUGGAAUCAUGCUGAAGAGCGACAGAAGUUUUUUAAAUAUUCCGUGGAUGAAAAGUCAGAUAAAGAAGCAGAAGUGUCAGAACACUCCACAGGUAUAACCCAUCUUCCUCCUGAGGUAAUGCUGUCAAUUUUCAGCUAUCUUAAUCCUCAAGAGUUAUGUCGAUGCAGUCAAGUAAGCAUGAAAUGGUCUCAGCUGACAAAAACGGGAUCGCUUUGGAAACAUCUUUACCCUGUUCAUUGGGCCAGAGGUGACUGGUAUAGUGGUCCCGCAACUGAACUUGAUACUGAACCUGAUGAUGAAUGGGUGAAAAAUAGGAAAGAUGAAAGUCGUGCUUUUCAUGAGUGGGAUGAAGAUGCUGACAUUGAUGAAUCUGAAGAGUCUGCGGAGGAAUCAAUUGCUAUCAGCAUUGCACAAAUGGAAAAACGUUUACUCCAUGGCUUAAUUCAUAACGUUCUACCAUAUGUUGGUACUUCUGUAAAAACCUUAGUAUUAGCAUACAGCUCUGCAGUUUCCAGCAAAAUGGUUAGGCAGAUUUUAGAGCUUUGUCCUAACCUGGAGCAUCUGGAUCUUACCCAGACUGACAUUUCAGAUUCUGCAUUUGACAGUUGGUCUUGGCUUGGUUGCUGCCAGAGUCUUCGGCAUCUUGAUCUGUCUGGUUGUGAGAAAAUCACAGAUGUGGCCCUAGAGAAGAUUUCCAGAGCUCUUGGAAUUCUGACAUCUCAUCAAAGUGGCUUUUUGAAAACAUCUACAAGCAAAAUUACUUCAACUGCGUGGAAAAAUAAAGACAUUACCAUGCAGUCCACCAAGCAGUAUGCCUGUUUGCACGAUUUAACUAACAAGGGCAUUGGAGAAGAAAUAGAUAAUGAACACCCCUGGACUAAGCCUGUUUCUUCUGAGAAUUUCACUUCUCCUUAUGUGUGGAUGUUAGAUGCUGAAGAUUUGGCUGAUAUUGAAGAUACUGUGGAAUGGAGACAUAGAAAUGUUGAAAGUCUUUGUGUAAUGGAAACAGCAUCCAACUUUAGUUGUUCCACCUCUGGUUGUUUUAGUAAGGACAUUGUUGGACUAAGGACUAGUGUCUGUUGGCAGCAGCAUUGUGCUUCUCCAGCCUUUGCGUAUUGUGGUCACUCAUUUUGUUGUACAGGAACAGCUUUAAGAACUAUGUCAUCACUCCCAGAAUCUUCUGCAAUGUGUAGAAAAGCAGCAAGGACUAGAUUGCCUAGGGGAAAAGACUUAAUUUACUUUGGGAGUGAAAAAUCUGAUCAAGAGACUGGACGUGUACUUCUGUUUCUCAGUUUAUCUGGAUGUUAUCAGAUCACAGACCAUGGUCUCAGGGUUUUGACUCUGGGAGGAGGGCUGCCUUAUUUGGAGCACCUUAAUCUCUCUGGUUGUCUUACUAUAACUGGUGCAGGCCUGCAGGAUUUGGUUUCAGCAUGUCCUUCUCUGAAUGAUGAAUACUUUUACUACUGUGACAACAUUAACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-527.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -562.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 313.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.(.((..((((((((((........((.((((((..(((..((((..(((((((((((((((((.(......).)).)))))))...))))))))))))..((........))..)))..)))))))))))))))))))).))).))))).((((((...((........((((((...((.(.((.((((((...((((((((((.(((((((....)))).(((((((((((........)))))))))))(((((((((..((((....)))).............)))))))))...................(((....))).....((((((.....(((((..((((..((((((((((.((..((((((((((((.((..((((((((.......)))))))).))))))))).(((((....((((((((((((((((((((......(((((((...(((...))).......(((.(((((....((((........)))).........))))).)))((((((...(((......))).))))))...((((((...(((((....((((((((((.((....(((((((.(((........)))..))))))).....)).))))))))))........(((((..(((..(((((((((((((((((((..((((.(((((((((((((((((.(((((((..(((.((((..(((((....((((((...((((.((...)).))))...)))))).)).)))..)))).)))..)))))))...........)))))))...)))))............((((((((((((...((....))...)))))))))))).(((((((.((((((((((......))).)).))))).))))))).((((((...((((((((.(((((...(((..(((((((((((((....(((.(((((.(((((..((((((((......)))((((((.((((((((((((......(((...((((((.....))))))....)))....(((((((.((((((.....)))))).)))....)))).((((((.....)))))).((((((((((...............(((((((((................)))))))))....(((((((.....)))))))..............(((.....))).(((((((((((.....(..((....))..).....)))))))))))(((((......)))))......))))))))))))))))))))))))))))........)))))))))).))))).)))....))))))))...)))))..)))...(((((.((((...........)))))))))..))))).))))))))..))))))..((((((..(((.((.((((.(((((...))))))))))).))).)))))))))).).))))....))))))).)))))))).))))..)))..))))).....)))))(((((((((((...(((((((...))))))).....((((........)))).((((........))))......))))))))))).............))))))))).))))))))))))))))....))))))))...)))))((((((.......))))))..)))))..))))))..))))))..))))..)))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))).((((....))))((((.((.......)).))))(((((.....)).))).....((((....))))))...))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((,.{.((..((((((((((,,,,,..,((.{{{|||..|||},,,,(,.(((((((((((((((((.(......).))}}))))))...))))))))}}))|.,,.......,||..,)),.}}}}}})}))))))))))}),},}.)))),,((((((...{{........((((((...,,.{.,..((((((...((((((((({{(((((({....}}}}.,((((((((((........))))))))))|(((((((((..((((....)))).............)))))))))}..................(((....}}}..,,,|((((,{{,,,{(,{,..((((..(((((({{(((((..((((((((((((.((..((((((((.......)))))))).))))))))),(((((....((((((((((((((((((((,.....{((((((,..(({...,,).......(((.(((((,,,,((((........)))).....,...))))).))){(((((...(((......))}.))))))...{(((({...(({{,....((((((((((.{(....(((((((.(((........)))..))))))).....}}.))))))))))........(((((..(((..(((((((((((((((((((..((((,{((((((((((({,.,|,}}}}}||,.((({((((..(((((((({((((((...((((.{(...)}.))))...)))))},)...)))))))),|,|..|((({.......,...}})))})).....,,,,..))))}}}),.((((((((((((...((....))...)))))))))))).(((((((.((((((((((......))).)).))))).))))))).((((((.{.((((((((.(((((..{(((..(((((((((((((....(((.(((((.(((((..(((((,{,...{{.,|,(((((({((((((((((((..{{{{({,.{{(({{{{...,,))))))}}..|||,,,.(((((((.((((((.....)))))).)))....)))).{{{{||.,,,,,}}}},.((((((((((.,.............(((((((((.............}}.)))))))))...,{({,,,,.,{{{|||||||..........,.,,},.})))))))}(((((((((((.....(..({....})..}.....)))))))))))(((((......)))))......)))))))))))))))))))))))))))).}..,,,.)))))))))).))))).)))....))))))))...)))))..).)))}((({{{((((...........)))))))))..))))).))))))))}.))))))..((((((..(((.((.((((.(((({...})))))))))).))).)))))))))).).))))....))))))))))}))))).))))..)))..))))).....,}}},(((((((((((...(((((({...})))))).....(({{........)))),|{((........)))}......)))))))))))....,,|......))))))))).))))))))))))))))....))))))))...)))))((((((.......))))))..}))))..)))))),.))))))..)))),,),))))))))}))))))))))))))))))).,}.,,,)))})),|{{{....}))|((((.((.......)).))))|{{{{.....}}.}},.....{{{{....))}},,.,.))))))