Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FNDC3B_0022300

Sequence Length

2242 nt

GC Content

0.4946

GGUGUAUGCCAUGUACAAUUCCGUAAAGGGAUCCUGCUCCGAGCCUGUUAGCUUCACCACCCACAGCUGUGCACCCGAGUGUCCUUUCCCCCCUAAGCUGGCACAUAGGAGCAAAAGUUCACUAACCCUGCAGUGGAAGGCACCAAUUGACAACGGUUCAAAAAUCACCAACUACCUUUUAGAGUGGGAUGAGGGAAAAAGAAAUAGUGGUUUCAGACAGUGCUUCUUCGGGAGCCAGAAGCACUGCAAGUUGACAAAGCUUUGUCCGGCAAUGGGGUACACAUUCAGGCUGGCCGCUCGAAACGACAUUGGUACCAGUGGUUAUAGCCAAGAGGUGGUGUGCUACACAUUAGGAAAUAUCCCUCAGAUGCCUUCUGCACCAAGGCUGGUUCGAGCUGGCAUCACAUGGGUCACGUUGCAGUGGAGUAAGCCAGAAGGCUGUUCACCCGAGGAAGUGAUCACCUACACCUUGGAAAUUCAGGAGGAUGAAAAUGAUAACCUUUUCCACCCAAAAUACACUGGAGAGGAUUUAACCUGUACUGUGAAAAAUCUCAAAAGAAGCACACAGUAUAAAUUCAGGCUGACUGCUUCUAAUACGGAAGGAAAAAGCUGUCCAAGCGAAGUUCUUGUUUGUACGACGAGUCCUGACAGGCCUGGACCUCCUACCAGACCGCUUGUCAAAGGCCCAGUUACAUCUCAUGGCUUUAGUGUCAAAUGGGAUCCCCCUAAGGACAAUGGUGGUUCAGAAAUCCUCAAGUACUUGCUAGAGAUUACUGAUGGAAAUUCUGAAGCGAAUCAGUGGGAAGUGGCCUACAGUGGGUCGGCUACCGAAUACACCUUCACCCACUUGAAACCAGGCACUUUGUACAAACUCCGAGCAUGCUGCAUCAGUACCGGCGGACACAGCCAGUGUUCUGAAAGUCUCCCUGUUCGCACACUAAGCAUUGCACCAGGUCAAUGUCGACCACCGAGGGUUUUGGGUAGACCAAAGCACAAAGAAGUCCACUUAGAGUGGGAUGUUCCUGCAUCGGAAAGUGGCUGUGAGGUCUCAGAGUACAGCGUGGAGAUGACGGAGCCCGAAGACGUAGCCUCGGAAGUGUACCAUGGCCCAGAGCUGGAGUGCACCGUCGGCAACCUGCUUCCUGGAACCGUGUAUCGCUUCCGGGUGAGGGCUCUGAAUGAUGGAGGGUAUGGUCCCUAUUCUGAUGUCUCAGAAAUUACCACUGCUGCAGGGCCUCCUGGACAAUGCAAAGCACCUUGUAUUUCUUGUACACCUGAUGGAUGUGUCUUAGUGGGUUGGGAGAGUCCUGAUAGUUCUGGUGCUGACAUCUCAGAGUACAGGUUGGAAUGGGGAGAAGAUGAAGAAUCCUUAGAACUCAUUUAUCAUGGGACAGACACCCGUUUUGAAAUAAGAGACCUGUUGCCUGCUGCACAGUAUUGCUGUAGACUACAGGCCUUCAAUCAAGCAGGGGCAGGGCCGUACAGUGAACUUGUCCUUUGCCAGACGCCAGCGUCUGCCCCUGACCCCGUCUCCACUCUCUGUGUCCUGGAGGAGGAGCCCCUUGAUGCCUACCCUGAUUCACCUUCUGCGUGCCUUGUACUGAACUGGGAAGAGCCGUGCAAUAACGGAUCUGAAAUCCUUGCUUACACCAUUGAUCUAGGAGACACUAGCAUUACCGUGGGCAACACCACCAUGCAUGUUAUGAAAGAUCUCCUUCCAGAAACCACCUACCGGAUCAGAAUUCAGGCUAUAAAUGAAAUUGGAGCUGGACCAUUUAGUCAGUUCAUUAAAGCAAAAACUCGGCCAUUACCACCCUUGCCUCCUAGGCUAGAAUGUGCUGCUGCUGGUCCUCAGAGCCUGAAGCUAAAAUGGGGAGACAGUAACUCCAAGACACAUGCUGCUGAGGACAUUGUGUACACACUACAGCUGGAGGACAGAAACAAGAGGUUUAUUUCAAUCUACAGAGGACCCAGCCACACCUACAAGGUCCAGAGACUGACGGAAUUCACAUGCUACUCCUUCAGAAUCCAGGCAGCAAGCGAGGCUGGAGAAGGGCCCUUCUCAGAAACCUAUACCUUCAGCACAACCAAAAGUGUCCCCCCCACCAUCAAAGCACCUCGAGUAACACAGUUAGAAGGAAAUUCAUGUGAAAUUUUAUGGGAGACGGUACCAUCAAUGAAAGGUGACCCUGUUAACUACAUUCUGCAGGUAUUGGUUGGAAGAGAAUCUGAGUACAAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-689.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -733.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 612.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...(((((((..(((((.....)))))..((((((.....(((((((((.......(((....)))(((....))).............)))))))))....))))))...............)))).)))...)))))..(((((...(((((.......(((((.(((((..(((((((...(((((((....(((((....)))))...((((((((((..((...)))))))))))).(((((.....)))))..(((.....((.(((((((.(((.(((((((((((.(..((.......))..)))))))..)))))..)))...))))))).)).....)))....)))))))((((((..(((.((((....)))).).))..))))))(((.(((((((.((.(((((((...((((....)))).)))))((((((..(((......))).))))))....(((((.((((((((((((....((((((((............)))))))).(((((((((((((.(((...........(((((((..((((..........))))..)))))))....(((((((((...(((.....)))....)))))((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).))))))))))))))))).(((...))).((((((((((.((((((.....))))))....(.((((((....(.(.(((((((((((.((.(((((...(.(((.....))).)(((((((.....))))))).......((.((((((.((((((((...)))))).))...))))))))..(((((((.......((((((((.(((..((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....))))))))).)))).))))..)))))))..(((.(((((((......)))))))))).....))))).)).).))).)))))))))..)))))).)..........))))))))))....))).))))))))))))).((((((............))))))....)))))).))))(((.......)))...((((...(((.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))))))...))))(((((((((((..((.....))..))))))).))))((((((....)))))))))))))..((((((((.((..((((((.((.((((...(((((((((.(((((.....(((((...(((((.(.((((((((.((..(((((.(((.((((......)))).))).......((((((.......((((((((((((((.((((((...(((((.........))))).)))))))).....)))))).................))))))...((((.........))))....((((((.((......))))))))....))))))......((......))((((((((((((..((((..(.((((.(((.....(((((((((((.((...((....(((((.........)))))))...)).))).)))))))).....))))))).)..))))))))).......)))).)))....(((........)))..)))))...))..))))))))))))))..(((.(((.............))).)))))))).))))).)))).).)))).((((((....)))))).................((((........))))...................)))).))..))))))..)).........((((........)))))))))))).........)).)).))))))))))......))))))).)))))))))).......)))))...)).)))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({,,{,,,{{{..,{{((.....|||}|..||{({{,{({{({{{,(({{{,{{{{{,.{,{{,({(,(({{{{((({,,,,,,,{{,,...({{{{,{,.{((((((....)))).))}.,{,||||||||,,,|}|)}..|||,|...|||{{.....{{,(({,{({{{{..,||||||}},|{{{|||....(((((....))))).,.((((((((((..({...)}))))))))))},{(((,,,..}}}})})}}|}))..,|}||{{{||}|||.(((((((((((.(..{(.....,.)}..,)))))),.}))))..}}}}}})))}))},},,,...}},....)))))),((((((..(({.((({....)))).},))..)))))){{{.||{{{{{.{|,{,|||{,,..{(((....)))).,}}}}((((((..{{{......))).))))))...,(((((.{{,,,,,.,,,,....((((((((.,,....,,,.,||}||||}.{{(((((((((((.(((...........(((((((..((((..........))))..)))))))....{((((((({...(((.....)))....))))}(((((((((,.{(((((((((((((((((........))))...))))))),((((((.{(......}}...))))))..((((....(((....)))....)))).,{{((.(((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...{{{(((((..{{{{||,||.,,,,||.||}}}).{{,......,}}.)))))},},.,,}))).)))))))))))))}}}).{{,...}}}.((((((((((,((((((.....)))))),,..{.((((((....,,(.(((((((((({.((.(((((,..,.{{|,,,..|||,|(((((((.....))))))).,.....,{.((((({.((((((((...}))))).))...})))))||,{(({{{{||,.,||.((((((((.{{{..((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....)))))},}}.)))).)))){{|||||})|}|{{,{(((({{.,....))))))}}}}.},..))))).)),,.))).)))))))}},.)))))).)..........))))))))))....))).))))))))))))|{{((((,...({{,,,...}|,,,.....))}))),)){{(((.......)))}}.((((...{{(.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))})))...)))}(((((((((((..({....,|}..))))}))))))){(((({....))))))))))))}..{(((((((.|{,,((((((.((.((((,{{{((((((((.{((((.....{{{{{...{((((.{.((((((((.{(..(((((.(((.((((......)))).)))....{{,((({{{......,(((((((((((((,,((((((.,.,((((......}}}),,)).))))))})...,.)))))).................))))))}..,{{{,{,,.....||},.,,.(((((((((......))))))))....,}})},......((......}},,,{((((((((..((((..,.((((.(((.,...(((((((((((.((...((....(((((.........)))))))...)).))).))))))))...,,))))))).}..))))))))).,,,...}}}}.})},....,,..,,,...,}}}|)))))...,,..))))))))}))))}.{(((.(((.............))).)))),,}}.))))).)))).).)))).((((((....)))))).,.,..,....,,},,.((((........)))).................,.)))).))..})))))..)}..,{,,.{{{.,|.},,.,,,},,})))))))),,,{.,...,,..,})))}))}}}}.....,)}})))},))))))}))}}}},,,,),,))}}})).,...}})