Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FOXO3_0001000

Sequence Length

2571 nt

GC Content

0.4597

UACUUCAACUCUGCUAAGAAGUUGCUGGGAAGUGGCAAAUUUGAUGUGGGGCAUGGCUUGGAGCUAGCCUUUAACUCUCUGCAGAUCAUUUUGAGCUUGCUUUGGAGAUGCAAAACCACCGUACCAUGGCUCCUGUGGAUUGGGUCUGUUUGGGAGAAGCUUUGGUUUUCCAAGCUCCACCUGGAUUAGAUAGAGCACAUCUUUGGCCCUGGACUGAUCUGGGAUCCCCAGUUCUGUCUCCCAGGGCCUGAUGUAGAUCUGGCCUUCCUCUGGAGUGGAUGUGGAGCCUUGAUGCCACUGACUCAUCUGUAUUACUUGUUGCCUAAAACUCAGAACUAAAAGAGAUCUUAAAGAUCAUCUAACUACCUUAUUUUGCAGGUGAGAAACAUGCUAGGACUAUGUGAGUGACUGGGUUCAGGGUUCCACAGCUAGUAGGGGUGGAGUAACGGGUGUGUCCAGUCAGUGCAGUGGUUCAUGCCUAUAAUUUUAACACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGAGGAUUGCCUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAACAAAGUGAGACCUCGUCUCUACCAGAAAAAAAGAAAACUAGGCCAGGUGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCCAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUUACCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAGUACAAAAAGCUAGCCGGGCAUCGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUAGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGUGCCGUUGCACUCCAGCCUGGGUAACAAGAGCGAAACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAUUAGCUCUGUUGUGGUGGUGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUGCUUGAGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCCCUUAAUCCCAGGAGUUUGAGACUGCAGUGAGCACGACUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGAUGACAGAGUGAGACCCUCUCUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGCGUGUGUUCAUACCACUGUACUGUAGUGUCUACUGCCUACCAUUGUGGUUUCACAGCUGUUCAUCUCAGUGCUGUUUGCCUCAAGUUCUUCAAGCUCUUCACUUGCUGUCUUCUGCUUCUCCUCCCCUCUUCUAGGCUAGCUCGCACUGGAGUCGCUGUGUUUCUCCUUUUGUGUUCUCCAUCAGCACUCUCUACUUACCUUGCUAAAUGCCUUUUCUUUCAACGCCACCUUACCCUGCCCACCCCAUGGCUGCUACCUGUUUAUUUUGUCAUUUUGCUAAGACUGUUGAAUAUUUUUAAGCACAGUAUAAGAGGCUUUAAAUUAGGGAAUGUGUCUGCCAGACAAAUAAGUGUUUCUAAUAUUUGGAGCUGCUUUUUGGAUUUUAUAAUCAACCCAUAUGGAUAGCCUUAGUUCUGGGGCUGUGACUCUGAAAGGGGCUGAUGUGACUCAGGAGUGAGCUGGUGUCAUGAGUGGAGUCUUUUGGAUACUUGCAGCUCUGAAGGUGGCAUCAGCUUUAGACCUCCUAGCAUCGAUGUUGAUGUGAUGUGGUGUAAAUGUGAGAUGAUGCUGUGCUAUCUGGGGUUUCUUGCAGUGCCUUGUUACCCAAUGCAUAAGUCUCUGAAAACUCCAUAAGUGUCCAUCACUACUUACCACAGAAACUGAAGGAAGCCUGAUCUUGGGAUGACCUUGUUGCAUUAAGAGAAAAAGGAAAUGAAGUUUGCCAUCUGUAUGUAAACCCGCUAUUUGUAUCAUCAACAUGCAGUGUCGAGAAAGUCACCAUAGAAUUGUUUUGCCUAAAGUUUAUUUUACUCACUUUUAGGAACAAAGCUGUUAUGUAAAGCCUUAGUUGUUUGUAAUGUUCUGCAUUUUGGGGCAGAAGUCCCAAAUGUACUUCAAGUUUUCUGUCCAUGGAUUGGGAAAUAGAAGUCAUGUAUGAAAGGAGAGGAGAUAGCAGACAGUCUUUGAGAUGAACUAUUUCAAGGACCAGUCUGCAGUUCUUCCAAGUUAGAGUUCUGAAUAUGUGGUUAGGCUAGUGAUGAUGAUAGAACACCCCAGUUCUGACUGCAUCAUUGCCCAGACAGACCCAGUAUCUUUCACCAUUUUAUUCCUGACCAAACAACGUUCAUUUCCCAGUAUCUUAGUCUCUCCUAAAGGAAAAAGAACUACGGUAGCUGGCAUCCAUAGAGUACUGUGAUGUACCACUCUUGGUAAAACGGAAAUGUCUGAUUGGAGUGUGUUUCAAGCCAGGCUUUUCUAUAAUUCGCUUGUUCCACUUUUCACUCCUGAGUUUUUGAGGUUUUAAUCUUGAGACUUUUUCUCUGCAGUGCCUCAGUUACUACUAUGGAAUAACAUAAUAAGCGAAGAGGAUGACUUCUCUGCUGGGCUGUGGUUCUUCUAGUAAUUCCGCUACUCCUGGGUCAUUGCCUGGGGUGAGGAGGCCAGGUUAUCUUCUGGAGGCUCACCACACCUUGGUGUCCAGAUGUGCCCUAGGACUGCAGUGGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-834.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -882.15

Frequency: 0.0000

Diversity: 601.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(......)(((((((((((...((((((((((((((...((((..(((((((.(((((...))))))))......(((((((((.(((...)))..))))...))))).......))))....((((((...))))))((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((((..(((((.((((.((((((...((((((((((.((.(((((...))))).)).))...)))))))).))))).).)))).((((((...)))).)).(((((((((((((..(((.(.((((((((((((...((.((((((..((............((((((((...))))).)))............))..)))))).))..)))).))......)))))).).)))..))))))))))))).)))))..)))))))))...(((((((.(((.(......).)))..)))))))..............))))))))))))))).((((((((((((.((((..((.........)).))))))))))....(((((((...))))).))((.((((..(((((((..((((.((((((..(((....))).....((((((....))))))(((((((((((.....))))))).))))...(((..(((((.((..((((((...))))))....))))))).)))............(((((((((((......(((....)))......)))........((((((..(((((((((((...(((((((.((..((((((((....(((.((((........((((....))))(((((.((((((((((.((((..............................))))))))((((((((((((((((((((((((..((((((.((...)).))))))..))...(((.......))).......))))))))...)))....))))))))))))).)))).)))))....((((.((((.....)))).)))).................(((.((((.....(((((.((...((((.((.....)))))).)).)))))..)))))))......)))).)))..)))))))).))...))))))).............))))))))))).))))))........)))))))))))))).).)))...)).)))))..)))).)))))))).((((.(((((..((((.....(((.....(((((((((((((((....(((......((((..((((((........((((((....(((..........)))...))))))......(((((((((((((.((((((((((..((((((((((((...)))))......)))))))...)))))))))).)))....((((....))))...((....))(((((((((....)))))))))..((((...))))((((((((.(((..(((((..((.((((((..(((......)))...)))))).)).)))))...))).))))))))((((.(((.(...((((((....))))))...).))).)))).........))))))))))...(((((((((..((.((((.(((.....))).))))..))....).))))))))..((((.....)))).......(((((((((((((....(((..((((..((((.(......)))))..))))...)))...(((..((((.((.((((((((......((.....)).......)))))))))).))))....)))..((((..(((((...(((((((..............))))))))))))..)))).(((((.(((.(((........))).))).)))))((((((((....))))))))....)))).)).)))))))))))))..))))......)))...))).)))))))))))).....((((((.((((((((((((...))))))))))))..)))))))))......)))).))))).))))....((......))((((((((....((((((......))))))....))))))))))))))))))))))))........................))))....).))))))))))))))))))))...(((....)))..((((((((((((..(((((...(((((....)))))...(((((....)))))....(((((.(((((.(((((......)))))..))))).))))).....(((((((((.....(((((......(((..(((((((.........((((.....))))......)))))))..)))....)))))......)))))))))((((((....))))))))))))))))))))))).........(((((.((((((((.(((...((((((((((....(((((......)))))...))))))((((....))))))))..))).)))))))..).)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(......)((({(((((((...((((((((((((({....,{{,.{{(((((.(((((...))))))))}.....{{(((((((.(({...,)}..}}))...||}||,{,....,,,,.|,.(({(((,..}}}}}}((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((((..(((((.((((.{(((((...((((((((((.((.(((((...))))).)).)),..}))))))).))))).}.)))).((((((...)))).)).(((((((((((((..(((.(.(((((({{((,{..,,(,(({{{{..{{...,,.......((((((((...))))).)))....,,{|....,,..)))))}.,},,}})}.}).,....)))))).).)))..))))))))))))).)))))..)))))))))...(((((((.(((.(......).)))..)))))))..............))))))))))))))).(((((({(((((.((((..((..,......)).)))))))))}....{{(((((...))))).}}{{.((({..(({{{{{..((({,{(((((,.(((....}}},....((((({....})))))(((((((((((.....))))))).))))..,{{,..(((((,((..((((({...})))))....}}))))),|||...,,},.....(((((((((((,,{{{.{{{,.,,)))}|....}}}.,.},,..((((((..(((((((((((...(((((((.{{..(((((((({,.,((({((,(,...,.,,((((|,,|))})|{{((,(((((,,{{,{((((..............................}}}}}}}|((((((((((((((((((((((|{{{(({((({,(.,,}|{|||,|},.|,.}.})}},.})}))))}},},).)))))))),,.)))....)))})))))))),})|||,|||||,{{.((((.((((...,,))}),))}}.................(((.((((.....(((((.({...(((({,...}}})),}}}.}..)))))..))))))),.}}}})}))},))),}))))))).,)...))))))).............))))))))))).)))))).......,)))))))))))))),}.},}}},,,})))))..)))).))}))))).((((.(((((..((({.....{{,....,(((((((((((({{(....(((......((((..((((((........((((((....(((.,......,.)))...))))))......(((((((((({((.(((((((((({{{((({{,(((((...)))))......,,})))),,.,})))))))).)))....((((....})))..,((....||(((((((((....)))))))))..{|||...,)))((((((((.(((..(((((..((.((((((,.(((......))).,.)))))).)).)))))...))).)))))))){(((.(((.,...((((({....})))))...}.))).)))}.,,,,,,..))))))))))...((((((((,..{(,((((.(((.....))}.))))..},....),}))))))).,((((.....}}})|||,,..(((((((((((((....{((..((((,{({((,{.,,.,,||||}..}}}}...}||...{{{..{(((.{{.((((((((......((.....)).......)))))))))).)))}...,))},|{{{|..,.((((((((((((((...........}))))))))..)))))).|}}|||...{{{.||,.,,...,,))),}}..{((({((((((((....)))))))))))})))),,)}}}}))))))))))..))))......))),..})).)))))))))))){{{..((((((.((((((((((((...))))))))))))..)))))).,,},},..)))).))))).))))...,||||,,,|||||((((((....{(((((......)))))).,,,)))}))},)))))))))))))))).,,..,,,,...........,},.,,,,....},})))))))))))))))))))...(((....)))..((((((((((((.,({{(((,.(((((....))))),,,|((({....))))}....(((((.(((((.(((((,....,)))))..))))).))))).....(((((((((.....,(((.......(((..(((((((.........((((.....))))......)))))))..))).....))))......)))))))))|(((((....))))))))))}))))))))))))........,(((((.,(((((((.(((...((((((((((....(((((......)))))...))))))((((....))))))))..))).)))))))..}.)))))))))