Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HDAC9_0011600
Sequence Length
1445 nt
GC Content
0.4927
UGGAUGUGAAGUCAGAAGUUCCUGUGGGCCUGGAGCCCAUCUCACCUUUAGACCUAAGGACAGACCUCAGGAUGAUGAUGCCCGUGGUGGACCCUGUUGUCCGUGAGAAGCAAUUGCAGCAGGAAUUACUUCUUAUCCAGCAGCAGCAACAAAUCCAGAAGCAGCUUCUGAUAGCAGAGUUUCAGAAACAGCAUGAGAACUUGACACGGCAGCACCAGGCUCAGCUUCAGGAGCAUAUCAAGUUGCAACAGGAACUUCUAGCCAUAAAACAGCAACAAGAACUCCUAGAAAAGGAGCAGAAACUGGAGCAGCAGAGGCAAGAACAGGAAGUAGAGAGGCAUCGCAGAGAACAGCAGCUUCCUCCUCUCAGAGGCAAAGAUAGAGGACGAGAAAGGGCAGUGGCAAGUACAGAAGUAAAGCAGAAGCUUCAAGAGUUCCUACUGAGUAAAUCAGCAACGAAAGACACUCCAACUAAUGGAAAAAAUCAUUCCGUGAGCCGCCAUCCCAAGCUCUGGUACACGGCUGCCCACCACACAUCAUUGGAUCAAAGCUCUCCACCCCUUAGUGGAACAUCUCCAUCCUACAAGUACACAUUACCAGGAGCACAAGAUGCAAAGGAUGAUUUCCCCCUUCGAAAAACUGCCUCUGAGCCCAACUUGAAGGUGCGGUCCAGGUUAAAACAGAAAGUGGCAGAGAGGAGAAGCAGCCCCUUACUCAGGCGGAAGGAUGGAAAUGUUGUCACUUCAUUCAAGAAGCGAAUGUUUGAGGUGACAGAAUCCUCAGUCAGUAGCAGUUCUCCAGGCUCUGGUCCCAGUUCACCAAACAAUGGGCCAACUGGAAGUGUUACUGAAAAUGAGACUUCGGUUUUGCCCCCUACCCCUCAUGCCGAGCAAAUGGUUUCACAGCAACGCAUUCUAAUUCAUGAAGAUUCCAUGAACCUGCUAAGUCUUUAUACCUCUCCUUCUUUGCCCAACAUUACCUUGGGGCUUCCCGCAGUGCCAUCCCAGCUCAAUGCUUCGAAUUCACUCAAAGAAAAGCAGAAGUGUGAGACGCAGACGCUUAGGCAAGGUGUUCCUCUGCCUGGGCAGUAUGGAGGCAGCAUCCCGGCAUCUUCCAGCCACCCUCAUGUUACUUUAGAGGGAAAGCCACCCAACAGCAGCCACCAGGCUCUCCUGCAGCAUUUAUUAUUGAAAGAACAAAUGCGACAGCAAAAGCUUCUUGUAGCUGGUGGAGUUCCCUUACAUCCUCAGUCUCCCUUGGCAACAAAAGAGAGAAUUUCACCUGGCAUUAGAGGUACCCACAAAUUGCCCCGUCACAGACCCCUGAACCGAACCCAGUCUGCACCUUUGCCUCAGAGCACGUUGGCUCAGCUGGUCAUUCAACAGCAACACCAGCAAUUCUUGGAGAAGCAGAAGCAAUACCAGCAGCAGAUCCACAUGAACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-414 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -441.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 276.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((..((.((((((((((((...((((((((................(((.(((.....))).)))....(((.(((..(((((..(((((((((..((((((((.((((.(....).)))).))))))))...))))))).........((((((...))))))...(..((((((((.........)))).))))..)..))...))))))))))))))))))).(((........))).)))))))))))).))...................(((((.....)))))(((...)))........(((((......((((....(.(((((...((........)).))))))))))((((((((((......((((........(((((((.(...((((.(((((.........)))))..((((((...((((.....))))....)).....))))......((((((.......))))))((((...........))))..)))).).))))))).(((........)))..........(((((......))))).(((((...((((....(((.....))).)))).....)))))....(((.....)))..)))).......))))))))))........((((((((((.(..((((....(((((((((((((((.((.((.((.(((((.((((.(((.((.(((..........((((((((((..((.........))..))))))))))(((..((((.(((((((((.(..(((((....(((.((((.............))))))).)))))).)))))))))...))))..)))(((...))).))).))))).((((...((...((......))))...)))).....((((((.......)))))).((((...(((((.((((.(((.(((((((((((((.......)))))((.....))((((...((..(((.....)))..))...))))))))))..)).))).)))))))))))))..((((((((((((....))).))))))))))))).)).))).)).))))(((........)))...))).))))))))).(((((((..(((((....((.((((....)))))).(((..((((((.((........)).))))))..)))....((((......)))))))))..)))))))..........((((.(((........))).)))).........((((.....((...))......))))..(((...)))..))).....))))..).))))))))))))))).((((......)))).((((((.........((..(.((((......)))).)..)).........))))))..)).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((..((.((((((((((((((((((((.((.{{{(,,..,.,.,..{((.(((.....))).))).,)}}),{({({(((,{{....(((((((..((((((((.((((.(....).)))).))))))))...)))))))...,.....((((((...))))))....,.{(((((((,......,.))))}}))),.))))))})).)))))))).{{..{..|{||...,,..}.,)).)))))))))))).}}.........,{..,,....(((((.....))))),,,...|||...,.,..((((({,....(((,,{.,(.(((((...((........)).)))))))}}}((((((((((......((((..{,({..(((((((.(...((((,(({{{.,,,,....)))),..(((({{...((((.....))))....},..,..}})}......((((((.......)))))){|{{...........)))),.)))).).))))))).,,,..{{{{.{||,{{{...{{{{(((((......))))}.,,,,{...{{{{....((,.....}}}.,)))}}....))),}}}.,||}}.,}))}.,)))).......))))))))))........|{((((((((.(..((((....{{{((((((((({{(,((.((.((.(((((.(((((((((((,{(({.,,......((((((((((..((.........))..)))))))))){{{..((((.(((((((((.(..(((((....(((.((({{{{.....,},..})))))}.)))))).)))))))))...))))..}))(({...}}}.,,.,|,{{{..((({{{((.,{(({{{.....,.}}}.)))}....{(((((.......)))))}.((((...((({{{((((.(((.{((((((((((((.......)))))((.....))((((...((..(((.....)))..))...)))))))))),.}).))).)))))))))))))..||||,|||||||.,,})))}))))))}},}))).)).))).)).)),,(((........)))..}))).))))))))).(((((((..(((((....{(.((((....))))}}.(((..((((((.{{........)}.))))))..)))....((((......)))))))))..)))))))..........((((.{((,....,,,}}),)))}.........((((...,.((...,}.,....))))..{{,.,,|,,..))).....))))..).))))))))))))))).((((......)))).((((((..,.,....{{...,||||,....,}))}.,..|}....},...})))))..)).)))))..........
Back