Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HDAC9_0013600

Sequence Length

1067 nt

GC Content

0.5061

CCUCUGAGCCCAACUUGAAGGUGCGGUCCAGGUUAAAACAGAAAGUGGCAGAGAGGAGAAGCAGCCCCUUACUCAGGCGGAAGGAUGGAAAUGUUGUCACUUCAUUCAAGAAGCGAAUGUUUGAGGUGACAGAAUCCUCAGUCAGUAGCAGUUCUCCAGGCUCUGGUCCCAGUUCACCAAACAAUGGGCCAACUGGAAGUGUUACUGAAAAUGAGACUUCGGUUUUGCCCCCUACCCCUCAUGCCGAGCAAAUGGUUUCACAGCAACGCAUUCUAAUUCAUGAAGAUUCCAUGAACCUGCUAAGUCUUUAUACCUCUCCUUCUUUGCCCAACAUUACCUUGGGGCUUCCCGCAGUGCCAUCCCAGCUCAAUGCUUCGAAUUCACUCAAAGAAAAGCAGAAGUGUGAGACGCAGACGCUUAGGCAAGGUGUUCCUCUGCCUGGGCAGUAUGGAGGCAGCAUCCCGGCAUCUUCCAGCCACCCUCAUGUUACUUUAGAGGGAAAGCCACCCAACAGCAGCCACCAGGCUCUCCUGCAGCAUUUAUUAUUGAAAGAACAAAUGCGACAGCAAAAGCUUCUUGUAGCUGGUGGAGUUCCCUUACAUCCUCAGUCUCCCUUGGCAACAAAAGAGAGAAUUUCACCUGGCAUUAGAGGUACCCACAAAUUGCCCCGUCACAGACCCCUGAACCGAACCCAGUCUGCACCUUUGCCUCAGAGCACGUUGGCUCAGCUGGUCAUUCAACAGCAACACCAGCAAUUCUUGGAGAAGCAGAAGCAAUACCAGCAGCAGAUCCACAUGAACAAACUGCUUUCGAAAUCUAUUGAACAACUGAAGCAACCAGGCAGUCACCUUGAGGAAGCAGAGGAAGAGCUUCAGGGGGACCAGGCGAUGCAGGAAGACAGAGCGCCCUCUAGUGGCAACAGCACUAGGAGCGACAGCAGUGCUUGUGUGGAUGACACACUGGGACAAGUUGGGGCUGUGAAGGUCAAGGAGGAACCAGUGGACAGUGAUGAAGAUGCUCAGAUCCAGGAAAUGGAAUCUGGGGAGCAGGCUGCUUUUAUGCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-328.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -349.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 276.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..(((..((((....((...............))...)))))))..)))))((((((((((..((.(((.((((((.((.(((......((((((((((..((.........))..))))))))))(((..((((.(((((((((.(..(((((....(((.((((.............))))))).)))))).)))))))))...))))..)))(((...)))..))).)).)).))))))).))..))))..........)).))))..((((((.......)))))).((((...(((((.((((.(((.(((((((((((((.......)))))((.....))((((...((..(((.....)))..))...))))))))))..)).))).)))))))))))))..((((((((((((....))).))))))))).(((((((((((((.((((((((((((((((((((...............(((((((..(((((....((.((((....)))))).(((..((((((.((........)).))))))..)))....((((......)))))))))..)))))))...(((((..((((.(((........))).)))).........((((.....((...))......))))((.((((((.((((..(((....((((((((((...((((((((.(((...(((((....((((.........))))....)))))....))).)))..))))).((.......)).))))((((((((((....((((((.(((...((....))....(((.......)))...(((.((((((((..............)))))))).)))..((((.((........))...)))).(((((((.......)))))))..))).))))))..)))))))))).....))))))....))))))))))))).)).....)))))....)))).)..))..)))))))))((((((((.....))).)))))))))....))))))))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({.(((,.{((,...}}||.}}}.}}}}|.........|||{((({,|(|(({((,(({(((,,,{.(((,(((((,{((,,{{......((((((((((..((.........))..)))))))))){{{..((((.(((((((((.(..(((((....(((.((({{{{.....,},..})))))}.)))))).)))))))))...))))..)))(({...}}).,},,,}}|},.|}}}}}|,.,.,||||..........,),}},...{(((((.......)))))}.((((...((({{{((((.(((,|{(((((((((({.......}))))((.....)){(((...{(..(((.....)))..}}...)))})))))),.,}.))).)))))))))))))..((((((((((((....))).))))))))).{|{{||{|||{({.{{{{((({{{{{{..|||{{,|||.||||,||,,.(((((((..(((((....{(.((((....))))}}.(((..((((((.{{........}}.))))))..)))....((((......)))))))))..)))))))...{{,{(..((((.{((,....,,.}}),)))}...,,{{{{{,{{,,..,|||..|,.,...,||||({.((((((.((((..{((....((((((((((...{{(((,{{.((({..,,,,|}}}.(((({{.......},||....||}}}....,}}}),}..)),)}.||....,,,)).))))((((((((((....((((((.(((...,,....}}....{{{..,,...}}},,.(((.((((({{(..,{.........,)))))))).)))..((((.{{,.,.....),...)))),(((((((.,....,))))))),,))).))))))..)))))))))).....))))))....))})))))))))).)).,,,,)})),,,,,)))).},))).,))))))))|((((((((.....)))},)))))))}...,)|||}}}}}}}))...,}