Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HDAC9_0019800
Sequence Length
481 nt
GC Content
0.4761
AAUGGGUUUGCUGUUGUGAGGCCCCCUGGCCAUCACGCUGAAGAAUCCACAGCCAUGGGGUUCUGCUUUUUUAAUUCAGUUGCAAUUACCGCCAAAUACUUGAGAGACCAACUAAAUAUAAGCAAGAUAUUGAUUGUAGAUCUGGAUGUUCACCAUGGAAACGGUACCCAGCAGGCCUUUUAUGCUGACCCCAGCAUCCUGUACAUUUCACUCCAUCGCUAUGAUGAAGGGAACUUUUUCCCUGGCAGUGGAGCCCCAAAUGAGGUUGGAACAGGCCUUGGAGAAGGGUACAAUAUAAAUAUUGCCUGGACAGGUGGCCUUGAUCCUCCCAUGGGAGAUGUUGAGUACCUUGAAGCAUUCAGGACCAUCGUGAAGCCUGUGGCCAAAGAGUUUGAUCCAGACAUGGUCUUAGUAUCUGCUGGAUUUGAUGCAUUGGAAGGCCACACCCCUCCUCUAGGAGGGUACAAAGUGACGGCAAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-145.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -152.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 155.6
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((((((....)))).))))((((.........))))..((((((((((((......(((((((((((((((.......(((((((....................)))).))))))))))))..)))))).....(((.(((((.(((.(((.(((((......((((((....)))))))))))...........((((.....))))..))).))).))))).))).)))))))))))).......(((...((((((((....))))...(((((....)))))))))..)))((((((((.......(((((((..(((.((.((.(((.(((...)))))))))).)))....)))))))((((.(.(((.(((((((.((.(((......)))))))))))).))).).))))))))))))..((((((....))))))........)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((((((((((((....)))).)))){{,,.{({{(((.({.,..}||||||||{{{......{((((({((((((({,,,.,,.((((({{.,,,,,,,......,,,,..|||,.,,)))}))))),.,||||||.,{{{(,({((,,,.((({(,({(((((......((((((....)))))))))}}.,,.....{({(((,({{..,,,,.{({{{|,,.,))))})))}.)))))),|{||..{(.((,,{{{.{{{(((||,....,{({{,{{(({....}}})))))...}},|.))))|,}.}}}.}|}}}|)),}|||}||.}}}}|{{((,...}))))},)))}})))}},}||||||{({,.,.{{|.{||||||.{{.|||,,,,,,))})))))))}}.}})}),))}},,)))))},.((((((....))))))........)))))))))..
Back