Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0020200

Sequence Length

2002 nt

GC Content

0.4426

AUACUUACAAGGAGAUUACGAUUUCGGUUGGAACGUGCACCUGGUGAAACUGCAUUGAUUGACAGGACUGGCAGAAUGUUGAAGAUGGAACCUUUGGCUACAGUUGAAUCUCUGGAACAGUACCUUUUGAAAAUGGUAGCAAAACAGUGGUAUGAUUUUGACCGAUCUUCAUUUGUUUUUGUUCGAAAAUUAAGAGAAGGACAAAAUUUUAUAUUUCGGCACCAGCAUGAUUUUGAUGAAAAUGGAAUCAUUUACUGGAUUGGAACAAAUGCAAAAACUGCUUAUGAAUGGGUAAAUCCAGCUGCCUAUGGACUUGUAGUAGUAACGUCAUCAGAAGGAAGAAAUCUACCUUAUGGCCGCUUAGAAGACAUACUAAGUCGUGAUAAUUCAGCUUUAAAUUGUCAUAGCAAUGAUGAUAAGAAUGCCUGGUUUGCCAUAGAUCUGGGUCUCUGGGUGAUACCAUCAGCAUAUACACUUCGUCAUGCUCGUGGUUAUGGAAGGUCUGCACUGAGAAAUUGGGUUUUCCAGGUAUCCAAAGAUGGACAGAACUGGACUUCUUUGUAUACCCAUGUUGAUGACUGCAGUCUCAAUGAACCAGGGUCAACUGCAACUUGGCCUCUUGAUCCACCAAAGGAUGAGAAACAAGGGUGGAGACAUGUGAGAAUUAAACAGAUGGGGAAAAAUGCCAGUGGACAAACACACUACCUCUCAUUAUCUGGAUUCGAACUUUAUGGCACUGUAAAUGGAGUAUGUGAAGAUCAGCUAGGGAAAGCAGCUAAAGAAGCAGAAGCUAAUCUUAGACGGCAGAGACGUCUAGUACGUUCCCAGGUUCUGAAAUACAUGGUUCCAGGAGCUCGUGUUAUCAGAGGCCUGGAUUGGAAAUGGCGAGAUCAGGAUGGCAGCCCACAGGGAGAAGGCACUGUCACAGGAGAACUACACAAUGGCUGGAUUGAUGUCACCUGGGAUGCUGGUGGCUCAAACUCUUACCGUAUGGGCGCAGAAGGAAAAUUUGACCUCAAGCUUGCACCAGGGUACGACCCUGAUACAGUGGCAUCACCCAAACCUGUUUCAUCCACUGUUUCAGGCACAACGCAAUCAUGGAGCAGCUUGGUGAAAAACAACUGUCCAGACAAGACAUCUGCUGCUGCAGGCUCCUCAAGUAGAAAAGGAAGCAGCAGUUCUGUGUGUAGCGUGGCCAGUAGCAGCGACAUCAGCUUGGGUUCGACCAAAACGGAACGGAGAUCAGAAAUUGUAAUGGAACACAGUAUAGUUUCAGGAGCUGAUGUCCAUGAACCAAUUGUUGUUCUUUCAUCUGCUGAAAACGUCCCUCAAACAGAAGUAGGGUCAUCUUCCAGUGCAAGCACCAGCACCUUAACAGCGGAAACGGGAAGUGAAAAUGCUGAAAGGAAGUUAGGCCCUGAUAGUUCUGUUCGUACUCCUGGGGAGUCUAGUGCAAUAUCCAUGGGAAUUGUCAGUGUUAGUUCUCCUGAUGUUAGUUCAGUAUCUGAAUUAACUAAUAAAGAAGCAGCUUCACAACGACCUCUUAGCUCUUCAGCAAGUAACAGACUGUCAGUGAGUUCUUUGUUGGCUGCUGGGGCCCCUAUGAGCUCUAGUGCAAGUGUACCUAACCUGUCCUCAAGAGAAACAUCUAGCUUGGAGAGUUUUGUAAGGAGAGUGGCAAACAUAGCACGGACUAAUGCCACGAACAACAUGAAUCUAAGCCGAAGCAGCAGUGAUAACAACACUAAUACUUUGGGGAGGAAUGUGAUGAGCACAGCAACUUCUCCUCUUAUGGGUGCUCAGAGUUUCCCUAAUUUGACCACACCUGGUACUACAUCAACAGUGACUAUGUCAACAUCCAGUGUUACUAGCAGCAGCAAUGUAGCUACAGCAACAACAGUUUUAUCAGUUGGUCAAUCUUUAAGUAACACUUUAACCACCAGCCUCACAUCAACUUCCAGUGAGAGUGACACAGGUCAGGAAGCAGAAUAUUCCUUAUAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-576.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -613.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 404.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((.(((((...((((.((((....))))))))..((((((((.((((((.(.(((((((.(((((((.(((.(((........))).))).))..)))))...((((.((..(((.(((((((.(((((.(((.((......)).))).)))))(((((.......(((((.(((((((((((..(((((...........)))))..))))....((((.((((((((.((....))))))))))...))))....))))))).))))).(((((......(((((((........)))))))......)))))......(((((...((((.((....)).))))))))).((((((........)))))).(((((((((........)))))))))((((.((((((.....((((.(((((((((.((((........))))))))).))))...)))).......))))))))))..)))))..))))))))))..))))))...(((.....)))(((((.((((((.(..((....))..).)))))).)))))..))))))).).)))))).)).....)))))).....((((..(((((((((((.((((......)))))))).....(((((..(((..((..(((((...((((((((((.....(..((((........))))..)))))..)))))))))))..))...((((((((((..(((.((((((((..(.((((.(((((((((((.((((((((((....)))....(((((((.......))))))).......(((((((((((...(((((((((...)))).)))))..))))).))))))............(((..((((..(((((((.((((((((....(((((.((((((((((((((((.((((..(((((((.((((((.((....))))))))))))..)))..)))).((((..((((.......))))..)))).((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....((........)).....))))))).)))))............(((...((((..(((((((((((((((((.......))))...((((((((.(((((((((..(((((..(.......)..)))))..)).)).).)))).))))))))(((((((((((..((((..........))))........(((((((((.((.....)).)))))))))..)))))))))))............)))))).))))))).))))....))).......((((((.(((((((..(((((.((((........)))).....(((((...((.....)).....)))))...)))))...))))))...).)))))))))))).)))))))))).....(((((.(((...))))))))..))).)))))))))))..((((((((((...)))))))))).......((((.((((...............))))))))..............)).)))))..)))))))).)))))))(((((........))))).((((....))))....))))..))).(((......))).(((((((..((.((((.......((((((....(((......))).))))))..)))).))...))))))).((((.(..((((.......))))..).))))(((((((..((((.....))))....))))))))))).))).))))......)))))))..)))))..)))...))))).)))..)))))).)))))))..))))).((((((((.((.(.(((......))).).))................((((((........((((...)))).....))))))(((((...........))))))))))))).)))))))..)))).....))))).))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((.((((({,,{{((.((((....})))))}|..((((((((.((((((.{.(((((((.(((((({,(((.(((,.......}}}.))},)),,|||||...{(((,({..(((.(((((((.(((((.(((.((......}).))).))))){|{{,...,,{{((((({((((((({(({..{{{{{...........))})}..})))}},,((((.((((((((.{(....})})))))))...))))..,,)))))))})}},..(((((,.,...(((((((........))))))).....,)})))}}}...(((((...((((.((....)).)))))))))(((((((..{{{...|||,||{((({((({(,,,,.,,.,||||||||,{{.|||||||,..|,|{|{.|||{|||{|}|{||}.,,,}}}))))))))}.||||,.,||||...,...}}))}))))).}))))},,})))))))))..}|)))}...{{({...}))}(((((.((((((.(..((....))..).)))))).))))),.))))))).).)))))).))}....,)))))},,..((((..(((((((((((.((((......))))}))}.....(((((..((({,((..(((((...((((((({((.....,..((((........))))..,}})).,)))))))))))..))...,,((((((((..(((.{(((((((..(.((((.(((((((((((.((((((((((....)))....{((((((.......))))))|..,,{{{(((((((((((...(((((((((...)))).)))))..)))))}})))))...}},,...,,(((..((((..{((((((.((((((((....(((((.(,((((((((((((((.{(((..(((((((.((((((.({....),))))))))))..)))..)))}.((((.{((((.......}))}.})))}.{{({.{.(((((((((({.(((((.(((((((.,,.,..,,....,)....,,))))))).)))))......,,.....,{{,{((((..(((({({{{({(((({(,......}|||...((((((((.{((({((({..{{{{{..|...,,,,),,)}}})},)}.}).,,))}),)))))))}(((((((((((,{,(((,.||.....,),.),,...,|.(((((((((.((.....)).)))))))))..)))))))))))......,.....)))))),))))))).))))....,,,......,((((((.(((((((,.(((((.((((........)))).....(((((...((.....)).....)))))...))))).,.))))))...}.)))))))))))).)))))}}))}},.,,(((((.(((...)))))))),.)))}}))))))))))..((((((((((...)))))))))).......((((.((((...............))))))))....,,,.....,,)).)))))..)))))))).))))))|(((((......,.))))),((((....))))....))))..))).(((......))).(((((((..,{.,(((.......((((((....(((......))).))))))..,),)}),...))))))),((((.{..((((.......))))..}.))))|((((((..((((.....))))....))))))))))).))).))))......)))))))..))))}..)))...))))}.)))..)))))).)))))))..))))).((((((((,((.(,({{..,}}.))).,.}}.,|,...}}}......((((({........{{{|...)))}..,..))))))(((((...........))))))))))))),)))))))..))))....}))))).)}..