Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0024100
Sequence Length
1531 nt
GC Content
0.3279
AAGAGAUAGUUAAAUGUUGGUUCUUCAGAGAUUAUUUCAGCAUACAGAAAAAAAUAGAGGCAAUUGAAAAAUCUCAUCUAAGCUACUUAUGUAGAUUUGGGGCAGUCACUUUUCCUUUCAAAGAACACAUAUGCAGAUAAUCCCCACAGGUAAUUCAAUAUUAUUUCCCUCUGAGUGCUAUCAUAAACAUAUGAACUUGGUGUAAGUGUGGGUGAGCAUCUGGGUGUGUGGAUGGGUGUGUAUGUGAUCUUGGGCCCCUUUUAUGUAUGGGUAAGAACUUUAUAAAGGCUUGUUAUACUUCUAAAAAAAUGUUUUUUAUGUCUUAUGUUUUUCCCUGAAAUAGUUAGCUUAUAACACUAAAAUAAGAUUGUAAAAUUUCUAUUAAUUUGCUUUUAAUAGACAAUUUUUUUUUUGCUUUUGGAAGUUAAUUACCUUUUUAAAAAAAGAAUAUCAUUUUUCUACUACAAGUAAAUAUAUAGAUUGAAUAUCAUUAUGCUCGUUAAUUCUGUACAUGUUAUUAGCUUUAGCAGAUAGUUCUAAUAAAAGAGUUCAGUAUGCUCUUUAAAUUUUUUUUUAGAAUUUUCUGUGUUUAUUCAAAUUUAUUGAACUUAAUUAUUUAAUAUAAGAGAACCAAGGAACCACUGAACUUUGAGAACACAACCGAAAUGCUAACUUUAGUGUUUUAUUUGAACUAGUGACUAAAAUUUCUAUGGCAAUAUAUGAAUAUUUUGAGAGGUUAGCCCAAAUUGUAAGAAAUUAAUGGUAAGCUGGCAUGUUUUUGUAGAAAAAAAAUUUGACUACACAUAAUUAUAUUUAGCAGUUUUAAAACUUUUACCUAGAUUCUGUUUACUUGCUGAAGUGGCAGUAUUUUACCAUGUAUAUCAAUCUUUUAAAAUUUCUUAAACAGUUCUUCCAUUUAAGAAGUAACCAAGCCAGGUGCAGUGGCUCACAUCUAUAAUCCCAGCUACUCCAGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCGUUUAAGCCCAGGAGUUCAAGAUUAGCAUGGGCAACGCAAGACCUCAUCUCUAAAAAUCAAAUAAUUUUAAAAAUGAAAUAUAACCCAGUAGAUUUAAACAUGACCCUUACAUUGCUUUUAAAUGUCAUAGACUGAAUAGUUCAGAAAUAAGGGAAAUAAAAGGAAGAAUUUUAAACAUUUCCUGGAAACCUUGUAUAGAGUACAUAUUUCUUGUCCUUAAAAUAUUUGUAUCAUGAGAGUUAAAUAAUAUAGACUUUCAGAUAGCUAGUCAUAUCGUCAAAUAAUUGAGUCCAAAAAUUUACAUAUAUUUUAGUGGGCAGACCUUGAUUGACUAUAGAAAUUCAGAAAAGGACAGCACUGAUGAAAAGCUGAUCCCAUAUUGUGGAGCUACUGUCUGACACGCUCCUAUCUGCUUUCUGCUGGGUCUCACAAACUCCUGUCCCUUUCCAGGCUGGAUUGAUGUCACCUGGGAUGCUGGUGGCUCAAACUCUUACCGUAUGGGCGCAGAAGGAAAAUUUGACCUCAAGCUUGCACCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-326.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -360.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 506.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((...(((((((.....((((((.((((((.(((((((..................))...))))))))))).((((((((((....)))).))))))..(((((((......((((((...(((((((.(((((..((((((((((((((.....))))))...(.((((((....(((((....))))))))))).)....)))))).))..))))).)))))))...((.(((((..(((.((((((....(((((((((.(((((((....((((.(((((...((((.((((((((((.......((((((((((((((((((.....))))).((((.....))))......)))))).)))))))..((((((((.......))))))))(((........))).))))))))))))))..))))).))))...((((........)))).(((.((((.((((((((((((((....((...))....)))).)))))).....)))).)))))))((((.((((((((..(((((((.......)))))))..........)))))))).)))).(((((...........)))))....))))))))))))))))..))))))...)))............))))).))(((((((((....))))))))).))))))..)))))))..(((((((.....(((((....)))))...))))))).(((((.((.((((((.((..(((((((((((.(((.....(((((..(((...)))..)))))..........(((((((((....((((...............)))))).)))))))))).))))...)))))))..))((((((((......((((((((((..(.....)..)))))))))).....((((...((.(((((((...............))))))).))..))))((((((((.(..(((((...(((((..((((...))))....)))))))))..)..))))))))).............((((((....))))))...((((((((((................(((((.......)))))..(((((....((((((...((((.((((......((((((...........))))))(((((...(((((...)))))..)))))((((((((((((((.((((...((((((((..........))))))))((((........)))).((((....))))...........)))).))))))))).)))))..((((..((((..........))))..)))).((((...........)))).)))).))))...))))))..)))))....((........))..))))))))))..........((((........))))..))))))))((((((.((....))))))))......)))))).)).)))))...))))))..))))))))))...((((...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{{(((,,....||}|,,|}|||(,((((((.(((({((,,.............,,,|,...}}}}}}})}))...,,,,((((....)))).||||||{,{{|||.{{{{||||,.......{{{{{{{.{{(({..{(((({{{(({(((.....,}}))}...,,|||||{,,,.{||{{....))))}}|||||,|,,,,|}}}|}.}},.}}}||,}}}}}}|(,(((((((,(((((((((((((((,({,....,...,((((,{{{{,{{{,|{{{(({(((.{,((({{{({(({{,...,,}}}},,{(({{(({(({{,,...{(((((((((((({((,{{,.....,.,{{{{{,..,||,,((((((((.......)))))))),}}}}}},{{{{({{,{{{((,,({{{,..{{{{{{{,,,,,.,|{{{........)))},{{...}}}},,,.(((((({{{(....{,...}}....}}}},})))))..}|||||{||}|,,,(((((.((((((((.{(((((((,.,,...}}}))},.,,,,}}}},)))))))).))))}{{{{.,{({{....,}}}}},.,,,,,,}}}})))})))}.,...,|({{,..|{||..,||||{|||,.|{,..(((((((((....)))))))))..}}),,}||}}}|},,..,,{{|{{||,...}}}}.)}},|||||||||||||}}}}}}}}..}}}}||}|,..{{{||||||||,|{|}},,,,{{{|,}|||...},},,)}}}}..........{{{(({(({....{|||,.......,|,..,,|}}|||||}}}}))))),)))}..,))))))},,)),,))),))))))}}},}))||||||,||{{||||,{,,.,}}}}},..|,||||.,,|,,|{|||||,,},,.,,,...,,|}|))))},}},.})))||||||||}}}}}.||}},.|||||}}.}}}}}})))),.)})),))},},.....})})))),,.............{(((({....}))))}...((((((((((.,,,,,.{{{.......,|,,,..,,}}),|||{,.{(((.,..((((((...((((.((((......((((({...........}))))){((({...(((((...)))))..})))|((((((((((((((.((((...((((((((..........))))))))((((........)))).((({....})))...........)))).))))))))).))))),.((((..{(((.,........)))}..)))).((((...........)))).)))).))))...))))))..)))))))}.((........))..)))))))))).........,.(((({((......((..(((((((.((((((.{{....)})))))))))}..)))..))....))).)))),))}},,}.,))}))}},.)}})))}}})))
Back