Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0002800

Sequence Length

1016 nt

GC Content

0.4724

GCAUUCUUUGUGGACCACAACUCCCGCACCACCACUUUCAUUGAUCCCCGGCUCCCACUUCAGAGCAGUAGACCCACAAGUGCGCUGGUUCAUCGGCAACACCUGACAAGGCAACGCAGCCACAGUGCGGGUGAGGUAGGAGAAGAUUCUCGACAUGCAGGACCACCAGUUCUUCCCAGGCCAUCCAGUACAUUCAAUACAGUCAGUAGGCCACAGUACCAGGACAUGGUUCCAGUGGCUUACAAUGACAAGAUUGUUGCAUUUCUACGUCAACCCAAUAUCUUUGAAAUUCUACAGGAGCGUCAACCUGAUCUUACCAGGAAUCACUCACUCAGGGAGAAGAUCCAAUUUAUCCGAACUGAAGGGACUCCAGGAUUGGUGCGCCUUUCAAGCGAUGCAGACCUUGUUAUGUUGCUGAGCUUAUUUGAAGAAGAGAUAAUGUCGUAUGUGCCUCCACAUGCCUUACUCCACCCCAGCUACUGUCAGUCCCCACGUGGCUCUCCCGUGUCAUCUCCUCAGAACUCGCCAGGUACCCAGCGUGCCAAUGCCCGGGCUCCAGCCCCUUACAAGCGGGAUUUCGAAGCCAAACUGAGGAACUUUUACAGGAAGUUAGAGACUAAAGGAUAUGGACAAGGCCCAGGGAAGUUAAAGUUAAUUAUCCGAAGAGAUCACUUACUAGAAGAUGCUUUUAAUCAGAUUAUGGGCUACUCCAGAAAAGACCUGCAGAGAAAUAAGCUAUAUGUCACCUUCGUUGGGGAGGAAGGGCUGGAUUACAGUGGGCCUUCUAGAGAGUUUUUCUUCCUGGUAUCCAGAGAACUCUUUAACCCAUAUUAUGGCUUAUUUGAAUAUUCAGCCAAUGACACAUACACAGUACAAAUAAGUCCUAUGUCUGCUUUUGUAGACAAUCACCAUGAAUGGUUCCGAUUCAGUGGUAGGAUCCUUGGUCUUGCACUAAUACACCAGUAUUUGUUGGAUGCCUUCUUCACACGGCCCUUUUAUAAGGCUCUUCUCAGAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-269 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -290.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 305.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((..(((((..........)))))..........((((((....(((...(((.(((((((((((..((......))..))).)))).(((((((((..((((((((((.(((.((......))((((((.((((((((....))))...((((((((...((...........))...)))........((((...(((((((((((((...((((.....))))....)))))))))..))))...)))).)))))..)))).)).))))...((((((....((((..(((((.(....((((.......))))...).))).))..))))))))))...............(((((((...(((....)))....))))))).))).)))....))))))))))))))))(((((((((............(((.(((((((..((((...(((((..(((.(((((((...((((.((((.....(((((((((.(((.....(((((((..(((((..(((((.....))))).......((((....)))).......)))))..............))))))).....))).))).....))).)))..))))...)))).((((((.((((((((....))))).))).((((((((...........))).)))))..........)))))).((((((.......)))..)))......................))))))).)))))))))))).....(((((.....(((((((((((.....((((...))))))))))))))).)))))....(((((.((......))..)))))....))))))))))...)))))))))....(((((((....))))))).......)))))))..)))..))))))((((((((...))))))))((.(((((....))))).)).)))))).((((......((((.........))))......)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((..{((((..........}}}}|{,,,{{{{,....,(,{{..{,(({(........}}}}.,..}}.....})))).}|))),...(((((((((..(((((((({..,(({,{....,}))((((((.((((((((....))))...,{({((({,,.,{.|,||,.....||,..|}}.{{,....(({{...(((((((((((((.,.((((.....))))....)))))))))..))))...}}}},|}},}..)))).))}})))..,|{{{{{||,....,..,|||{,{||,,((((,,,,,..|}||,..,.,,,..|,,||||,}||,},,...,,.}}|...,|||{|||,..{||}}.})))}},.))))))},}|}}}},.,.)))))))})))))))))(((((((((.........,..(((,(((((((..,{||,,,||{{,..(((.(((((((..,{({,,((({.,,.,{(({{,{{{,{{{.....(((((((.....({..((({(...,,)))))..,}}..|(((,,..}|||{......},))).....,.,}}}...))))))),,,,,}}}.)))}}},,},},}},..}}}}.{{||,,.((((((,(({(((((....))))).))).{(({({{{.||....,|,,}}}.)))))..........)))))).,||||{....,,,}}}.,},|......||.....))}...,},))))))).)))}))||||||....,(((((,,...(((((((((((.....((((...))))))))))))))).})))}....{((({,||,.,...}}},)))),..),))}}}}}}}}.,.)))))))))....(((((((....)))))))..,(({,{{{{{,|...}.))))))))||{{{{{{...)))))))){(.{((((....))))).)).)))))).((((......((((,({....))))))......)))).