Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0003300

Sequence Length

629 nt

GC Content

0.4754

GUAGGAGAAGAUUCUCGACAUGCAGGACCACCAGUUCUUCCCAGGCCAUCCAGUACAUUCAAUACAGUCAGUAGGCCACAGUACCAGGACAUGGUUCCAGUGGCUUACAAUGACAAGAUUGUUGCAUUUCUACGUCAACCCAAUAUCUUUGAAAUUCUACAGGAGCGUCAACCUGAUCUUACCAGGAAUCACUCACUCAGGGAGAAGAUCCAAUUUAUCCGAACUGAAGGGACUCCAGGAUUGGUGCGCCUUUCAAGCGAUGCAGACCUUGUUAUGUUGCUGAGCUUAUUUGAAGAAGAGAUAAUGUCGUAUGUGCCUCCACAUGCCUUACUCCACCCCAGCUACUGUCAGUCCCCACGUGGCUCUCCCGUGUCAUCUCCUCAGAACUCGCCAGGUACCCAGCGUGCCAAUGCCCGGGCUCCAGCCCCUUACAAGCGGGAUUUCGAAGCCAAACUGAGGAACUUUUACAGGAAGUUAGAGACUAAAGGAUAUGGACAAGGCCCAGGGAAGUUAAAGUUAAUUAUCCGAAGAGAUCACUUACUAGAAGAUGCUUUUAAUCAGAUUAUGGGCUACUCCAGAAAAGACCUGCAGAGAAAUAAGCUAUAUGUCACCUUCGUUGGGGAGGAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-152.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -168.27

Frequency: 0.0000

Diversity: 150.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((...((...((((((..(((..((((((((((((((.(((..(((.(((..(((((....(((((((((((((...((((.....))))....)))))))))..))))......(((((........).)))).........)))))....))).)))..)))..((((.......))))..........(((((((..((((...)))).)))...)))).))))....))))))))))..)))((((.((((((((.....)))...)))))))))..(((((.......)))))))))))...))..))))...)))(((..(((.(((((((...((((.((((.....(((((((((.(((.....(((((((..(((((..(((((.....))))).......((((....)))).......)))))..............))))))).....))).))).....))).)))..))))...)))).((((((.((((((((....))))).))).((((((((...........))).)))))..........)))))).((((((.......)))..)))......................))))))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((...,,...((((((..(((.,((((((((((((((.(((..(((.(((..{(((,....(((((((((((((.,.((((.....))))....)))))))))..)))),((({,((((,.,......}.,)),.}}},}))}))))}....))).))),.)))..((((.......))))..........{({((((.,{,,,....}}}.)))...)))).))))....)))))))))).,))),((,{(((((((({....}))...)))))))}},{({{{{.......})}}})))))).,,,}..))))...)))(({..(((.(((((((..,(({,,((({.,,.,{((({,({(,(((.....(((((((.....((..(((((.....)))))..,}}..|(((,,..}|||{......}.))).....,.,}}}...))))))).,,,.}}}.))}}}},,},},}},..}}}}.{{||,..((((((,(({(((((....))))).))).{(({({{{.||....,|,,}}}.)))))..........)))))).,||||{....,,,}}},,},|......||.....)),...,,,))))))).)))}))