Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0006400

Sequence Length

901 nt

GC Content

0.5272

ACUGGGAGGCACGCAUUGACAGCCACGGCAGGAUCUUCUACGUGGAUCACGUAAACAGAACCACGACGUGGCAGCGACCGACAGCUCCCCCAGCCCCGCAGGUGCUGCAGAGAUCUAACUCCAUACAGCAAAUGGAGCAGCUGAACCGGCGAUAUCAGAGUAUCCGCAGAACCAUGACCAAUGAGAGGCCUGAGGAAAAUACCAAUGCUAUUGAUGGGGCAGGGGAGGAAGCUGACUUUCACCAAGCCAGUGCAGAUUUCCGACGGGAGAACAUCCUGCCUCACUCUACCUCCAGAUCCAGGAUCACGUUGCUGUUACAGUCUCCCCCCGUGAAGUUCCUCAUCAGCCCAGAGUUCUUCACCGUGCUGCAUUCUAACCCUAGUGCCUACCGCAUGUUUACAAACAACACGUGUUUGAAGCACAUGAUCACCAAAGUCCGGAGGGACACCCACCACUUUGAACGCUACCAGCAUAACCGCGACCUUGUGGGAUUCCUCAACAUGUUCGCGAACAAACAGCUAGAGCUGCCGCGGGGAUGGGAAAUGAAACAUGAUCACCAGGGCAAGGCAUUCUUUGUGGACCACAACUCCCGCACCACCACUUUCAUUGAUCCCCGGCUCCCACUUCAGAGCAGUAGACCCACAAGUGCGCUGGUUCAUCGGCAACACCUGACAAGGCAACGCAGCCACAGUGCGGGUGAGGUAGGAGAAGAUUCUCGACAUGCAGGACCACCAGUUCUUCCCAGGCCAUCCAGUACAUUCAAUACAGUCAGUAGGCCACAGUACCAGGACAUGGUUCCAGUGGCUUACAAUGACAAGAUUGUUGCAUUUCUACGUCAACCCAAUAUCUUUGAAAUUCUACAGGAGCGUCAACCUGAUCUUACCAGGAAUCACUCACUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-254.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -272.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 207.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.(((...........((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....))))))(((........))).((((.(((((((.((((((((...........(((((.......))))))))))...))).))...((((((((((((.(((..((((.....)))...)..))).))).........)))).)))))))))).)))).(((((((((((..(.....)..))).))).)))))...((((((((.((((((.((...(((((((..((((...))))..(((((((...............((((((...(((.........)))..)))))).(((..(((((........))))).)))..(((((((.((((((.....)))))).)).))))).....((((((..((.(((...))).))))))))...(((...)))..(((((((..((((((((...........((((....))))..((((....))))...(((((((.(...((((((..((.......(((........(((....)))........))).......)).))))))).)))))))((((........))))......))))))))..))).))))...)))))))(((((((..(((......)))...)).))))))))))))((((....))))))...))))))......))))))))...))).))))))............(((((((((((((...((((.....))))....)))))))))..))))....((((.(.(((((....................))))).).))))(((.(....((((.......))))...).)))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.(((.,((((((...((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....)))))).{.,,..,.((((((((((.(((((((,(((,((((.,....,,..{(((((.......)))))),,||{{.,,)}))...{{{{{{{{{||{,|{{..||.{.....,},...},.))}.}}}.....,,..}))).)))}))))))..))).))|})))).}..}}.....,.))))))...,,,,,...((((({{{.((((((((((((({{{.{,..{{{{..,))}}..(((((((.....,.........((((((...(((.........)))..)))))).((({{(({{{........})}}}.....}|{(((((.((((((.....)))))),))})},}}.....((((((..((.(((...))).))))))))...(({...)))..{((((((..((((((((.....{{.,,.{(((,..,|},,..((((....))))...(((((((.{,..((((({..,{.......(((...{{...,|,,{{{||..,.,....})),......,,.))))))).)))))))((((........)))).},.}})))))))).,))).))))...})))))).{|||....||{...,..}}}...}))}))))))))))))|{,....}}}},....},}|||......)))))})),.,))).))))))............(((((((((((((.,.((((.....))))....)))))))))..)))),{{{{,((((,.,,.....,.,}},.|||.,,},},},....{,..,{(((.(....((((.......))))...).))).,,..}