Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0006500

Sequence Length

2764 nt

GC Content

0.5420

AUCUUAGGGCAGUUGGGCUAAAGAAAGGGAUGUUCUUCAAUCCUGACCCUUAUCUUAAGAUGUCAAUUCAGCCAGGAAAGAAGAGCAGUUUCCCCACCUGUGCCCACCACGGGCAGGAGAGACGGUCUACUAUCAUCAGUAACACCACCAAUCCAAUUUGGCACCGAGAGAAAUAUUCCUUUUUUGCACUUCUUACUGAUGUCUUAGAAAUUGAAAUUAAAGACAAAUUUGCCAAGAGCCGUCCCAUCAUCAAGCGUUUUCUGGGGAAACUAACCAUUCCAGUCCAGAGGCUGCUGGAGCGACAAGCCAUCGGUGAUCAAAUGCUCAGCUACAACCUUGGCAGAAGGCUCCCAGCUGACCACGUGAGUGGGUACCUCCAGUUUAAAGUGGAGGUUACGUCUUCUGUUCAUGAAGAUGCCUCUCCAGAAGCUGUUGGCACAAUACUUGGAGUCAAUUCUGUGAAUGGAGACUUAGGUAGCCCUUCCGAUGACGAGGACAUGCCAGGGAGCCAUCACGACAGCCAGGUGUGCUCUAAUGGGCCAGUUUCUGAGGACAGUGCUGCCGAUGGAACCCCCAAGCAUUCAUUCAGGACUAGCUCCACUCUGGAAAUAGACACAGAGGAAUUAACCUCUACGUCUUCAAGGACCUCACCUCCCAGAGGACGUCAGGAUUCACUCAAUGAUUACUUAGAUGCUAUCGAACACAAUGGCCACUCCAGGCCGGGGACAGCGACCUGCUCUGAGAGGUCCAUGGGUGCCUCUCCGAAACUGAGGAGUAGUUUUCCCACUGACACAAGACUCAAUGCCAUGCUUCAUAUUGAUUCAGAUGAAGAAGAUCACGAGUUCCAGCAAGACCUGGGUUACCCAUCUUCCUUGGAGGAGGAGGGAGGCCUGAUCAUGUUUAGCAGGGCAUCCAGAGCUGAUGAUGGAAGCCUGACAUCUCAGACAAAGCUGGAGGACAACCCUGUUGAGAAUGAGGAAGCCUCCACACACGAAGCUGCUUCCUUUGAGGAUAAGCCAGAAAAUCUUCCAGAGCUUGCAGAGAGCUCCUUACCUGCAGGCCCAGCCCCAGAGGAAGGUGAAGGCGGCCCAGAGCCUCAACCCAGUGCUGACCAGGGCAGUGCUGAACUGUGUGGCUCUCAAGAGGUAGAUCAGCCCACAAGUGGCGCAGACACAGGGACUUCCGAUGCAUCAGGAGGAAGCCGAAGAGCCGUCAGUGAGACCGAGUCUCUCGAUCAGGGCUCUGAGCCUUCCCAGGUGUCCUCUGAAACAGAACCCAGUGAUCCUGCCAGGACAGAGAGUGUGAGCGAAGCCAGCACCAGGCCUGAGGGAGAGAGUGACCUGGAAUGCGCUGACAGCUCCUGCAAUGAGAGUGUGACCACGCAGCUGUCCUCUGUGGACACACGGUGCUCCUCUCUUGAGAGCGCACGGUUUCCUGAAACCCCAGCCUUUUCUUCUCAGGAGGAGGAAGACGGAGCCUGUGCAGCAGAGCCCACCAGCAGUGGCCCUGCCGAAGGGUCGCAGGAAUCCGUGUGCACUGCUGGUUCUUUACCUGUGGUACAGGUGCCCAGUGGGGAGGAUGAAGGGCCAGGGGCAGAAUCGGCCACUGUACCUGACCAGGAGGAGCUGGGGGAGGUCUGGCAGCGGAGGGGGAGCCUGGAGGGAGCUGCAGCUGCUGCCGAGAGCCCACCGCAAGAAGAAGGCAGUGCUGGGGAGGCCCAAGGCACCUGUGAAGGGGCAACUGCCCAGGAGGAGGGCGCUACUGGAGGUUCUCAAGCCAACGGCCACCAGCCACUGCGAUCACUACCUUCAGUGCGCCAGGAUGUUAGCCGGUACCAGAGGGUGGACGAGGCUCUCCCACCAAACUGGGAGGCACGCAUUGACAGCCACGGCAGGAUCUUCUACGUGGAUCACGUAAACAGAACCACGACGUGGCAGCGACCGACAGCUCCCCCAGCCCCGCAGGUGCUGCAGAGAUCUAACUCCAUACAGCAAAUGGAGCAGCUGAACCGGCGAUAUCAGAGUAUCCGCAGAACCAUGACCAAUGAGAGGCCUGAGGAAAAUACCAAUGCUAUUGAUGGGGCAGGGGAGGAAGCUGACUUUCACCAAGCCAGUGCAGAUUUCCGACGGGAGAACAUCCUGCCUCACUCUACCUCCAGAUCCAGGAUCACGUUGCUGUUACAGUCUCCCCCCGUGAAGUUCCUCAUCAGCCCAGAGUUCUUCACCGUGCUGCAUUCUAACCCUAGUGCCUACCGCAUGUUUACAAACAACACGUGUUUGAAGCACAUGAUCACCAAAGUCCGGAGGGACACCCACCACUUUGAACGCUACCAGCAUAACCGCGACCUUGUGGGAUUCCUCAACAUGUUCGCGAACAAACAGCUAGAGCUGCCGCGGGGAUGGGAAAUGAAACAUGAUCACCAGGGCAAGGCAUUCUUUGUGGACCACAACUCCCGCACCACCACUUUCAUUGAUCCCCGGCUCCCACUUCAGAGCAGUAGACCCACAAGUGCGCUGGUUCAUCGGCAACACCUGACAAGGCAACGCAGCCACAGUGCGGGUGAGGUAGGAGAAGAUUCUCGACAUGCAGGACCACCAGUUCUUCCCAGGCCAUCCAGUACAUUCAAUACAGUCAGUAGGCCACAGUACCAGGACAUGGUUCCAGUGGCUUACAAUGACAAGAUUGUUGCAUUUCUACGUCAACCCAAUAUCUUUGAAAUUCUACAGGAGCGUCAACCUGAUCUUACCAGGAAUCACUCACUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-975.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1021.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 602.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.....(((.(((((((.(((.(((((((.((((((((..(((((...((((((....)))).......)).)))))..))))))))(((((((..((((((.....))))))..)).)))))(((((((....((((((((.....((((......))))...(((((((........)))))))......))))))))(((((.((........)).))))).....((((....(((.(((((((.((..(((.(((((((((((........))))...))))))).((((((((((..........((((((((..((((..((((......)))).((.(((((((.((...((((....))))(((((((((........)))))).)))((((((.((.(((((((.((((((((((...((.((((((.(((...)))..))))))...))...))))))....))))...))))..)))))))))))..))..))))))).))....((((..((((.(((((...((((......((((((((((((..((((((.....((((..((.(((((((....(((..((((...))))..)))....(((((......)))))((((((((..(((.......)))..)))))))).(((...((((((..((((.((((((.((..(((.......(((((......))))).......)))...)))))))).))))..)))))))))((((........)))).....(((((((((......(((((..((.....((((((.(((...))))))))).....)).)))))((((......))))(((..((.(((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((((((..(((((..((((.((((.........))))))))......)))))......)))))))))).))))((..((((.(((...........(((((((((.((....(((.(((....)))..((((((.....))))))..........)))....)).)))))))))))).))))..))))).)))))....((((((((.......))))))))(((((((((.(((((((((((.......((((....).)))((((......((.(((((............)))))))...((((.(((((((...((((.((((((..(((((.(((((..(((...((((.(((..(((..........))).)))))))..))).))))).((((..((...))..))))....)))))..)))))).)....)))....))))))).)))))))).......(((((.(((((.((.....)).))))).)))))((....))))))))))))))))))))))..(((......)))))))))))))).)))))))))..)))((.((((((((.((((.....(((((((((((((((.....)))))((((.(....).)))))))))))))).......)))).)))))))).))))))))))))))))))..))..))))....)))))))))))).)))...)))((((((((((((((((.(((((((((((...(((..(((((((...((.((((.((((((.....................)))))))))).))..(((...)))..((....))((((....)))).((((((((((((.(((((((((......((....(((.....)))...)).......)))))))))))))(((((((((((((.((.(((.....)))))..))))((((((......))))))....((((((...((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....))))))...((..(.((((((((((.(((((((.((((((((...........(((((.......))))))))))...))).))...((((((((((((.(((..((((.....)))...)..))).))).........)))).))))))))))..))).)).))))).)..)).......))))))....((((....))))))))))))))))).)))).))))))).)))....)).)))))).....))))))))))).....))))))))....)))))))))....))))..)))).............((((.....)))).....((((((.....)))))).))))..))))))))(((((..((.(((...))).)))))))...)))).))))))....(((((.(.((((((....))).))).).)))))......((((....)))).))).)))))))))..(((.......)))....)))..))))......)))))))...............)).))))).)))...))))))))))..(((((((..((.(((....((((((((((......))))..((((((((..(((......)))...)).)))))).(((.((.(((((..........((.((....)).)))))))))..)))............((((...(((((((((((((...((((.....))))....)))))))))..))))...))))..))))))....))).)).......)))))))..)((..(((((.(....((((.......))))...).))).)).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..{{{(((.,((((((.,.,.({{(((({((((((((..(((((,,.{{((,,..,,),,},.......|.}))))..)))))))}(((((((..((((((.....))))))..)).)))))((((((({..{{(((((({.....((((......))))...,((((({.......}))))})},.....}))))))|(((((.{{........}}.})))),...,((((..{{(((,(((((((.,{..(((.,((((((((((........))))...))))))}.((((((((((.,,,,.....((((((((..((((..((((......)))).((.(((((((.{{...((((....))))(((((((((.,....,.))))))},))((((((.{,{(({((((.{({{((((((...({.((((((.({{...}))..))))))...))...))))))....||||...|||}..,}}},))))}).,)),.))))))).))..,.((((..((((.((((,..{((((,,,...|||(((((((((..((((((.....((((..((.(((((((.,{.(((..(((,...|)))..))).,..(((((......)))))((((((((..(((.......)))..)))))))).{{{...((((((..((((.((((((.((..(((....,..(((((......)))))..,....)))...)))))))).))))..))))))}}}((((........))))..,..(((((((((......(((((..{{.....((((((.{((...))})))))).....}}.)))))((((......))))(((..((.(((((((.(((((((((((((((({({.((((.{(((((((((,.(((((..((((.((((.........))))))))......))))).,....)))))))))}.)))){{..||||,|{{.........,,(((((((((.((....,,..({....,}}}..{.((((((((.|||...,,,..))))))))....}),)))))))))||}.||||..}}}}}.))))}.,,.((((((((.,....,))))))))((((((((,{(((((((((((.,{,,{.((((....}.)))((((,(((.(((.{(((,{,.{{{{{.,{.||{{(,{..(((((({({.(.(((((...))))).),.}.,.))))))..).}))))).})))}}.||{|,..,}),.}}).))).},}))){{,|.(((.((((((.((((...((((((({...((....))...).)))..))))....)))).))},)))))),..,,...(((((.(((((.((.....)).))))).)))))||,.,}}}})))))))))))))))))))..(((......)))))))))))))).)))))))))..)))((.((((((((.((((,{...(((((((((((((((.....)))))((((.(....).)))))))))))))).......)))).)))))))).))))))))))))))))))..))..))))....)))))))))))).)))...,,,((((((((((((((((.(((((((((((,,.(((.,(((((((.,,((.((((.((((((....,{.....,,........)))))))))),|}..(({,..))).,||....,,((((....)))).((((((((((((.(((((((((......((....(((.....)))...)).......)))))))))))))(((((((({{(((.{(.(((...,,))}}}..)))}((((({......))))))||.,(({(((...((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....)))))).,.{{..,.((((((((((.(((((((,(((,((((.,....,,..{(((((.......)))))),,||{{.,,)}))...{{{{{{{{{||{,|{{..{|,{.....,},...},.))}.})}.....,,..}))).)))}))))))..))).))}})))).}..}}.....,.}}))))...,((((....))))))))))))))))).)))).)))))}}.)))..,.)).)}))))},,..))))))))))).....))))))))....))))))))}....))))..))))}............|(((.....))}|{,,..((((((.....)))))).))))..)))))))),,{((,,{{.{||,,.}}}.}},})))}..)))).))))))....(((((.(.((((((....))),,)}.}.)))))......((((....)))).})),||)))))}}.,{({,...,,.,,....{||}.,||,..,,,,|||||},}......,}},,....,}.,)))),)),,,,)}))}}}},,...,,.|||},||,}|}}..,,|||{|||{||,,,.,|}|},.{{{(({{{..(((......)))...))})|||||,|{{,{({((,,,.}}}}.....{,,|{|,..,,.}})))}}}}.})},..,}.||,,...{{{{...(((((((((((((.,.((((.....))))....)))))))))..))))..,)))).,)}})}})),,.}}..)))}))..))))))...)((..,{(((.(....((((.......))))...).))).}}.))