Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIAT1_0002000

Sequence Length

807 nt

GC Content

0.4374

CCUCAAGGAAUAGGUUCUCCUAGUGUCUAUCAUGCAGUUAUCGUCAUCUUUUUGGAGUUUUUUGCUUGGGGACUAUUGACAGCACCCACCUUGGUGGUAUUACAUGAAACCUUUCCUAAACAUACAUUUCUGAUGAACGGCUUAAUUCAAGGAGUAAAGGGUUUGUUGUCAUUCCUUAGUGCCCCGCUUAUUGGUGCUCUUUCUGAUGUUUGGGGCCGAAAAUCCUUCUUGCUGCUAACGGUGUUUUUCACAUGUGCCCCAAUUCCUUUAAUGAAGAUCAGCCCAUGGUGGUACUUUGCUGUUAUCUCUGUUUCUGGGGUUUUUGCAGUGACUUUUUCUGUGGUAUUUGCAUACGUAGCAGAUAUAACCCAAGAGCAUGAAAGAAGUAUGGCUUAUGGACUGGUUUCAGCAACAUUUGCUGCAAGUUUAGUCACCAGUCCUGCAAUUGGAGCUUAUCUUGGACGAGUAUAUGGGGACAGCUUGGUGGUGGUCUUAGCUACAGCAAUAGCUUUGCUAGAUAUUUGUUUUAUCCUUGUUGCUGUGCCAGAGUCGUUGCCUGAGAAAAUGCGGCCAGCAUCCUGGGGAGCACCCAUUUCCUGGGAACAAGCUGACCCUUUUGCGUCCUUAAAAAAAGUCGGCCAAGAUUCCAUAGUGCUGCUGAUCUGCAUUACAGUGUUUCUCUCCUACCUACCGGAGGCAGGCCAAUAUUCCAGCUUUUUUUUAUACCUCAGACAGAUAAUGAAAUUUUCACCAGAAAGUGUUGCAGCGUUUAUAGCAGUCCUUGGCAUUCUUUCCAUUAUUGCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-210 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -228.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 266.1

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...(((((.((((((...(((((.((((((.((((....(.(((......))).)....)))).((((..((......))..))))...)))))))))))...).))))))))))..........(((....))).))((.....((((((.(..((((..((....))..))))..(((..(((((.((((((.(((.(((((.(((((((((.............(((((....)))))............)))))))...((.(((((.((((((((....(((.(((((((....((((((((.....((((......((((.........)))).((((((((.......))))))))..)))))))).))))..))))))).)))...((((((((((((((((...)))))).))........)))))))).(((..((((....(((((((.((((((...((((.((((((((((((.......)))))(((((.....))))).((((.......)))).....(((((.(((...(.((((.........)))))))))))))((((((((((......)))))))))).))))))).))))..)))..............))).)))))))))))...))).)))))))).))))).)).......((((........))))((.((........)).))..........)).))))).)))............)))))).)))))..)))((.......))).))))))(((.............)))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({{((((((((.......((((,((((((((..(({(((.((({......(((({........{(((({(...(((.((((((....{((((((((..,,,..{,,,{,,((({,,,,,{.,,.{{{,..,|||.,,,....|,,,}||}||..||||,,|{.,,,}}..}}},.{,(({{{{..,{{{||.},.....}})))),}}))))}.,,,.........))))))))}.)))))}..)))...)}.))))))))))....)))).))).))).))))))))}))}..},,}....,}))))))))))))((..(((((((({{{{({{{{{{((((((((.......)))))))}.,}},||}}|,,.|||||(({,.,(({{{..(((((((({{((((({...}))))).}}........)))))))).,,...,|||}},..,|||(((((.,,....((((.(((((((,(((({((,...|||}|((((({.{{,|||||{({{(,......,,,}...}}|||||.||{||,||.|||},,}},}..,,.}}))))),)}{(((((((({......}))))))))}.))))))).))))..,,)))))......,|||}}|{|||{{|,|||{.,{,((((({{{{{{({{.{{{.{.{{{,.{((((........))))}.}||}.......,,.}},,,,,,{,,,...||....,},..,}}},|.{{{{....))))))).))))),},,..,}))))).})))),,.,}}},},.,,)))))).))