Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0001500
Sequence Length
422 nt
GC Content
0.3934
GAUAAGUUCUGAACGUCGAAAAGAAAAGUCUCGAGAUGCAGCCAGAUCUCGGCGAAGUAAAGAAUCUGAAGUUUUUUAUGAGCUUGCUCAUCAGUUGCCACUUCCACAUAAUGUGAGUUCGCAUCUUGAUAAGGCCUCUGUGAUGAGGCUUACCAUCAGCUAUUUGCGUGUGAGGAAACUUCUGGAUGCUGGUGAUUUGGAUAUUGAAGAUGACAUGAAAGCACAGAUGAAUUGCUUUUAUUUGAAAGCCUUGGAUGGUUUUGUUAUGGUUCUCACAGAUGAUGGUGACAUGAUUUACAUUUCUGAUAAUGUGAACAAAUACAUGGGAUUAACUCAGUUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-102.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -110.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 128.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((....(((.((((((....)))((((((........))))))((...(((((((((.....)))))))))..))....((((((((..(((.((((.((((.(((((((..((....((((.(((((((......)))))))...)))))).))))))))))).)))).....)))..))))))))))).))).....)))....(((((((((.........)))))))))...((((((......)))))).......((((((....(.(((((.(((((.((((((((......))))))))(((((((((.(..((....(((((......)))))))..).)))))))))............))))).))))).).....))))))....)))))..((......))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,({(((({...,((....,||....|||((((((........))))))((...(((((((((.....}))))))}}..}},...((((((((..(((.((((.(((,,(((((((..((....(({(.(((((((......)))))))...)}}})).))))))))))).)))).....)))..)))))))),,,,},,.,,...,,,}|}(((((((((.........)))))))))...{(((((......)))))|.{{{{,,{({(((,,..{,(((((,({(((.((((((((......)))))))}{{{{{(({(,(,.....,||{{{(.,,,,.}||||}...),))}}))))),.....,.,,,,}}))).))))),).,...))))}}.,,.))))},.{,}},,,.)}
Back