Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIF1A_0003100

Sequence Length

654 nt

GC Content

0.3838

GUGAUUUGGAUAUUGAAGAUGACAUGAAAGCACAGAUGAAUUGCUUUUAUUUGAAAGCCUUGGAUGGUUUUGUUAUGGUUCUCACAGAUGAUGGUGACAUGAUUUACAUUUCUGAUAAUGUGAACAAAUACAUGGGAUUAACUCAGUUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUGGCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-137.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -152.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 189.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..(........((((((.(((((((((.........)))))))))......((((.....((((((....((((((.........(((((.(((((.((((((((......))))))))(((((((((.(..((....(((((......)))))))..).)))))))))............))))).)))))((((((.(((((((((.((((.....((....))(((((.......)))))....................)))).)))))))))......((((((.....(((..(((.(..(((.((..........)))))....).)))..)))..))))))((....))....((((((.((..(.(((((((((.........(((..((((..........))))...))).))).)))))))..)).))))))....)))))).((((((((...(((.(((((.((((.((((.((((.((((.((((.(......).))))....))))...)))).))))..)))).)))))..))).))))))))....))))))..))))))...))))...((((..(((((......)))))..)))).......))))))........)..)))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((,,(...,,{,.{(((((,(((((((((.....,...})))))))).,,,.,((({..,,.|||{{{....((((((,,,,,,,,|{((((.(((((.((((((((......)))))))}{{{{{{({(,(,.....,|(((((......}}}}}}...),))}}))))),...........))))).))))|((((({.(((((((({.((((.{.,.{,....||(((((,,,....}}|||.................,.,)))).))))))))}...,{.((((((...,.{((..(((.(..((,,((.,........)))))....).)))..)))..)))))).}}..|}},.,.{{{{{(,{{..,,|||,,.((((,,((((..,(({.(((({{........,,)))}})},.})).))))))))),,.})))},..,.)))))),((((((((...{{(.(((((.((((.((((.((((.((((.{(((.(......).)))),...))))...)))).))))..)))).)))))..}}}.))))))))....)))}}}.,}}}}})})}})))...||||..{{{||...,,,))})).,))}}....,}.)))))),,})),,.,,,))))),,,,