Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIF1A_0003600

Sequence Length

2103 nt

GC Content

0.4004

GUGAUUUGGAUAUUGAAGAUGACAUGAAAGCACAGAUGAAUUGCUUUUAUUUGAAAGCCUUGGAUGGUUUUGUUAUGGUUCUCACAGAUGAUGGUGACAUGAUUUACAUUUCUGAUAAUGUGAACAAAUACAUGGGAUUAACUCAGUUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUGGCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUAUGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-462.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -503.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 527.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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