Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIF1A_0005100

Sequence Length

1636 nt

GC Content

0.4095

GCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUAUGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-345.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -380.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 417.3

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((...((((((.....................(((((.(((...))).))))).))))))..........(((((.((((...........((((.((..(((..(((((.((((((....((..((......((((...)))).....))..)).....)))))).((((.((((((...((..(((((((.(((((.((((((((((....)))..((((((((((((...(((.(((((.((((.((((.((((.((((.((((.(......).))))....))))...)))).))))..)))).)))))..))).))))))))...)))).((((.((....(((((..(.((((..(((((......)))))..)))).)))))))).))))..............((((.(((((......))))).)))).....((...(((..(((.((((((((((...((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).............((((((((...)))).))))(((((.((((((..(((......))).)))))).))))).......(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....(((.....))).....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................)))))))).)).)))..)))...))((......))....((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))....))))))).)))))...))).))))..))...)))))).))))))))))))..))))))..........)))).)))))((((...(((((((((((.((((((.((.(.((...)).).)))))))).))))...(((((((.(((.((.((((...(((..((((((((.((((((((((((((..((((((((...........)))))))).....))))))))).........))))).))))))))(((((.((....))))))).(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))....)))..)))).))))).))))))).............)))))))..)))).))))...........(((((((((..(((((.............((((.(....((..((...((..(((........)))..))...))..))....).))))..)))))))))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((....((({(.................,,...|||||||||,|.,...},|||||}}}}}.|{{..{{|,{|,{{,,{{.,,.......|||||{...|,|||..|||..||||||,}},}})){.,,,....,,...}},|||.....}}......|{{{{(({((((((,{((({{...((..(((((((.(((((.((((((((((,......,,,{,.((((((((...{{(.(((((.((((.{(((.((((.((((.{(((.(......).)))),...))))...)))).))))..)))).)))))..,}}.))))))))...{({(((,{({....,})}.}}}.},}||..,{{((({{{,,{({(((.{{(((..{{.{,,,.,}.)}}))}}...,,.)))))))))))}}.}}}}}})}},}}}},|,,.||.,.|{{..(((.((((((((({...((((,{(((((..,(((((....,,,.,)}}}}...}}}}}}..}}}}...,,,,,,|,..{(({{{{{..,))}},))}}|{{{,.((((((,,{({....,.})).))))}).)))}}},,.,..,||......,,|,.((((((.,,...({(,..((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..)))))))))....,,.))))))....|||.....}}}.....{((((.{{{,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))..........................}))))))).)).)))..))),,.,}||,},...}}....((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))....}}})))}.})))}...))).)))}..))...}))))}.,,}}))),,,}),})}.}|},,.,,....{|{||.|{{{{..,})}}|,|||||{(((.((((({,((.(,,.....),,.)))))))).)))|{(((((((((.{,({(({.((({{..{,{{{({..{{{,,,,|{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}|..,.,.}},,,,||..(((((((((.,,....,,,.,,,,{{{{|,,{((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...))))))))),.))}},.,,,,,,,.............,,}))))}}.)))}}..))))))}))),.(((((((({..(((((...{,,.....,{,((,,(....((.{((...,...,||}.......)))..)),..,,.,)}}}..,,)),,..))))))))))))))....)