Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_IARS_0004400
Sequence Length
2698 nt
GC Content
0.4537
GUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAGCUUAUAGGCUUUAUACUGUGGUGCCUCGCCUGGUCAAGUUUGUAGAUAUUCUGACCAAUUGGUAUGUUAGAAUGAACCGCAGAAGAUUAAAGGGUGAAAAUGGGAUGGAGGAUUGUGUCAUGGCCCUAGAAACCUUGUUUAGUGUUCUGCUUUCUCUUUGCAGACUUAUGGCUCCCUACACACCUUUUCUCACUGAAUUGAUGUACCAGAAUCUAAAGGUGCUGAUUGACCCUGUUUCUGUUCAGGACAAGGACACACUCAGCAUUCACUACCUCAUGCUGCCCCGUGUUCGAGAAGAAUUGAUUGACAAGAAAACAGAGAGUGCAGUAUCUCAGAUGCAGUCUGUGAUUGAACUUGGAAGAGUGAUCAGAGACCGAAAAACUAUUCCCAUAAAGUAUCCUUUGAAAGAAAUUGUGGUUAUCCAUCAAGAUCCAGAAGCUCUUAAAGAUAUCAAGUCUUUGGAGAAGUAUAUCAUUGAGGAACUCAAUGUUCGAAAAGUUACACUGUCUACAGAUAAAAACAAGUAUGGCAUUCGGCUAAGGGCAGAACCAGAUCACAUGGUCCUGGGGAAGCGUCUGAAGGGAGCCUUUAAGGCAGUGAUGACGUCCAUCAAGCAGUUGAGCAGUGAGGAGCUGGAGCAGUUCCAGAAGACUGGGACCAUUGUUGUGGAAGGCCAUGAAUUGCACGAUGAAGACAUCCGCCUCAUGUACACCUUUGAUCAGGCCACAGGUGGGACUGCGCAAUUUGAAGCACACUCAGAUGCUCAGGCUUUGGUCCUCUUAGAUGUCACUCCUGACCAGUCAAUGGUAGAUGAAGGAAUGGCUCGGGAAGUCAUCAAUCGCAUACAGAAACUUCGCAAAAAGUGCAAUCUGGUUCCAACUGAUGAAAUCACAGUGUACUAUAAAGCAAAGUCUGAAGGAACAUAUCUGAAUAGUGUUAUUGAAAGCCACACAGAGUUCAUAUUUACCACCAUAAAGGCUCCCUUGAAACCAUAUCCAGUUUCUCCAUCGGAUAAAGUCCUUAUUCAAGAAAAAACACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-798.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -847.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((..((((((((((..((....))..)))))))(((((((((((((((((.........)))))).................))))....)))))))...(((((..((((((....(.((((((((..(((((....((((....))))(((((((......))))))).((((......))))......(((((..((((.(((((....))))).))).)....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((((.(((((((((((.(.(((((.....))))).)))))((((.(((...(((..(((((((((((((((.......))))).(((((((((((....)))))..))))))((((.((((.....((((.((((((((((((((.((.((.(((....))).)).))....(((((.(((((....(((((((.((.(((((((......).))))))))....(((((((((((...............(((.........)))((((((..((((..((((((((((..(.(((((((((....((((......))))......)).))))))).)..))))....))))))..)))).(((((......)))))((..(((((((..(((.....((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..((((((((((((((((....((......(((((........))))))).))))))))..........(((((....)))))((........))..((..(((((.....)))))..))......(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))....((((....)))).))).)))))))..))...))))))...(((((......)))))...((((......)))))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((..............)))))))....((((.(..((((........))))).))))..((((((((((.(((((...(((((((((..........)))))))))....)))))........(((((...(((((.((((..(((((((((((((((((((.......)))))((((((((((.(((.((((...((((.((((((((.(((((((((.....(((...........))).....))))))).))(((((((((((((((..((((..(((((((((...((((((..........))))))....))))))........))).))))..)).)))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.........((((((...((..((((((....))).)))..))......((((.((((((.....))))))))))........(((((((...))))))).(((((..((((.(((.................))).)))).))))).))))))(((.((((.......)))).))))))))))))))))))))))))..))))((..(((((.....))))).))......)))).))))))).))))))(((((((....)))))))(((....)))...)))))))....))))))).......)))).)))))...))))))))))))))))))).))))))..)))).)))).....))))))))..((.((..((((.(((..((..(((((((....))))..)))...))..))).))))..)))))))))))))).)))))).))))..........(((.....)))))))))))))))((((.((....))))))..........)))))..)))))))).)))))))..)))))))).))))).))).))).(((((..(((........)))..))))).((((((((..(((((............)))))..)).....))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((({,,,.{(((((((..(,....}),.)))))))|((((((,,{{((((((.........)))))).....,,,.,,,,,........}}}}}))))}...{{{{{,,((((((....{,((((((((..(((((...,{(((....))))(((((((......))))))).{{{{..,{{.}}}},.....(((((..,(((,(((((....))))).)}),)....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......((({{{(((((((((({,(.(((((.....))))).))))}((((.(({..,(((..((((((((({{((({.,,,,..,}|||.{{((,((((((({(((({{..((.{(({((,,{((({.....,,..{||{{,,,,,{,|||}|{.||.,|,..,.}}}.,)))))}.}}.,}}.)))))))},{{(({{(.((,,(({{{,...,}.),)}}}}}}|.,..(((((((((((.,,,,..,.....,,({{..,..,...}}}((({{{,,((((,,(({(((({{{..{.(((({{{{{,,.,{|||.,,..,}))),...,.}}.))))))),|,{||,,....))))))..}}}}.(((((......)))))((..(((((((..(((.,,,,({{{{(((.((((..........)))||||........||||.{{....((((((.((((.....)))).)))))).}))}))))..{{{|||||((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))..........,,.(((((((((((,(,.......,,..,,..,|||.}}}}})))))}.,,.,....(((((...)))))..}}}))))}(((((....))))),,.(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..((({....{{{{...}}}))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((.{({.((({...})))}}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...,,...........}})))))))))))...,.)}}.)))).)).)))))).))).)))|(((((...)))))}...{(.{((((.,....(((((.((.....)).))))).....)}}))).))((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))....{{{{....)))).))).))))))),,))........,..,(((((,,,..,|}}},,,.,|||}}}},,},,}}}}.,..)))))))))))))}))))})|)}}},|||{(((({,{,,{({{{{{{..||||{||,...{((||{||{{{{........})}}}|}}}|,{((((((((,..(((((.,.(((((((((,....,,...)))))))))..}.))))}.(((({(((((((...(((((.((((..((((((((((((((((({(.......}}}}}((((((((((((((.((((.,,(({{.((((((((.{{(((((((.....(((.......,...))).....})))))),||((({{({(((((((({,((((..{,,((((((...((((((..........))))))....))))))........))).}}))}.))))))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.....,...,{{{{{...((..((((((....))).}))..)).....,((({{((((((.....))))))))))..,,....(((((((...))))))).|{{{{..((({.{((((,,..........,,.,)).}))).})))}}},,}}}(((.((((.......)))).)))))))}))))))))))))))))..}}}}((..(((((.....))))).)),,,}..)))).))))))).)))))){((((((....))))))|(({....}))}..))))))),...})))))).....,.)))).)))))...))))))))))),))))),}))})))}|||}((,,{((({.,....,)))))))).|||,,|}}}|||,}}..,}},{{{{..,,})||,|}}},,))).,})),})))).,))))))))))))).)))))).))))..,..,,,|.{{,...,}))))))))))))))){{{{.||....))))))..........)))))..)))))))).,}}}))),,)))))})}.}}))).))).))).{{{{|..,{{........,,,..})}}}.((((((((..(((((.||.......,.)))))..)).....))))))..........,
Back