Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_IARS_0009900
Sequence Length
1658 nt
GC Content
0.4662
GUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-505.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -536.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 500.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...........((((((((..((....))..))))))))((((......((((((.........))))))..)))))))))((.(((..(((.((((......((((..(((((((.......)))))).)..))))((((((((((....))))(((((((......))))))))))))).(((....)))....(((((..((((.(((((....))))).))).)....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........)))...((((.((((((((..((((((((.(((((.....)))))....((((.((((((.......)))))).))))((((.......))))...(((((((((((.((.(((((((.........))).)))).))...))).......))))))))))))))))....((((.(((....(((((.(((((....(((((((.((.(((((((......).))))))))....(((((((((((...............(((.........)))((((((..((((..((((((((((..(.(((((((((....((((......))))......)).))))))).)..))))....))))))..)))).(((((......)))))((..(((((((..(((.....((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..((((((((((((((((....((......(((((........))))))).))))))))..........(((((....)))))((........))..((..(((((.....)))))..))......(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))....((((....)))).))).)))))))..))...))))))...(((((......)))))...((((......)))))))....)))))))))))))))))))))))))......))).))))))))))))))))))))))).))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{({{..,{,.((((((((..(,....)),.)))))))),|||||,.,,((((((.........))))))...}}},|}}}((,(((,,{(({((((,,..,,{{,....{(((((.,...,.)))))},{{{||||((,,,{((((....)))){((((({......})))))}||||||.{({....}},....(((((..,(((,(((((....})))).),)}}....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........)))...,,...(({(((((((,,(((,(({(((((.....))))).,..,{,,.{{(,(({{{.{{{|,,,||{||||((((.......)))),.,{{(,{((((((((({({{..((.{{{{((,,{{{{{..,.,|...{||||...,.|,}}}}||,}}.,},,,,.,}},,)}}}}}.}}.,}}.))))|}}}.((((,{{.{({,((,,,,...}).)})}}))))....{((((({{{(((,.,..........,}|,,.,},,}}..,,,((({{,{{(((({{((,(({{,,,..,}|{||,||||}}.}||||,}}..{||||{.....,,.)))))))((((((......)))))).,)))),||||,}}}},.),,))|{}}|,|||||},,||,,{,.({{{{(((.{(((..........)))|{{{...,....||||.{{....((((((.((((.....)))).)))))).}))}))))..,,||||||((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))..........||.(({{{{{{{{||{|,...,,,,}..,|..{{||,}}}}}))))),.}},|,,.,|((((...})))},,||||}}}|(((((....))))).,,(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(({{....{,{{.,.),)))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,(({(((...((((((.{{.((((..{{{...(((((..((((((.|{{.{{{,...}))),}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...||...........}})))))))))))..,,.}}}.)))).)}.)))))).))).)))|(((((...)))))}...{(.{((((.,..,.(((((.((.....)).))))).....)},))).)}((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))....{{{|....)))).)}}|}|}}}})}})}........,..,(((((,,,..,|}}},,,.{|||}}}},,},,},,,....}}}})))))))))}}))}}}}|}||,|.||||||{.....}},,,},.,))))))),,,))).))
Back