Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0010000

Sequence Length

2018 nt

GC Content

0.4574

AUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-617.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -657.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 353.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.(((.(((((.((((((((......(((((..((((((.....(((((((((..((((((.(((((((((((((((((.((......((((((((((.(((.(((((((.........(((((((((..((((.((((((((..(((.(((....(((....................))).....))).)))....)))))...))).))))(((((((.......(((.(((.((((((((............((((((((((((....)))))..)))))))...........))))).))).).)).))).......)))))))))))).)))))))))))))).))))))))))((((......((((((((..((....))..))))))))(((.((..((((((((.........))))))..))..))))).((((((....((((.(((....(((..(((((((.......)))))).)..)))))).)))).....)))))))))).)).)))))))))))))))))..(((....)))....((((.......))))..))).))).)))))))))..((((((((((((((((.(.........).)))))))..(((........))))))))..))))(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).((((((.((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))....))))))((((((((....((......(((((........))))))).))))))))........((((.((((((.....((........))......(((((.....)))))..((((....(((((...))))).....))))((((((....))))))..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))).)))).)))))))))))))))))))...........(((((......)))))...((((......))))....))))).)))..)))))))(.((.((......(((((((..............)))))))....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.(((,({,{{.((((((((......(((((..((((((...,,(((((((((..((((((.(((((((((((((((((.({.,,...((((((((((.({{{(((((((.,,.({{,...||||.((((,,,,.||||((((,,(((.(((....{{{..,,.........,|,,...))),....))).))).,..)))),...||,{{{||(((((((....,,,(({.{(({((({{{{{.....,.,....((((((((((((....))))}.,)))))))}))},},.,,.))))).))),).}}.}}}.......))))))))))).)},..)))))))))).)))))))))),{||...,..((((((((..(,....)),.)))))))){{{|{{..{{((((((.........))))))..,}.,,},,}{{(((({....((((.{{{...{{{{..,((((((.......)))))).,,.}))))).)))).....})))))),,,.}).)))))))))))))))))..{((....}}}....((((.......)}))..)))}})).)))))))))..{(({,,,,,(((((((.(.........).)))))))..(((........))).,,,,..}))}(((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),....{,,{{((((({{{{{{..{{.{{{(((,{(((({....,{...{({{(,,,,.,.|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}}}.}}..}),))))}|}},((((..,.(((.((.......)).))),.))))....((((((...{{{{.,.........}}}}...))))))...,,((({,,{{((((((((.{(,.......}},}}.},,})).)))))))).,((((((........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).}..))).))).))))))).((((((.((((((((.((((..........)))|(((........}}}}.,.....((((((.((((.....)))).)))))).))))))))....))))))((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))........{(((.((((((...,,((,,......}}.,{{..(((((.....)))))..||,{....(((((...)))))..,,,}}})||{{{|....)}}}},..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..((({....{{{{...}}}))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((.{({.((({...})))}}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...,,...........})))))))))))).....)}).)))).)).)))))).))).)))|(((((...)))))}...((.{((((.,....(((((.((.....)).))))).....),}))).))((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))).)))).)))))))))))))))))))....,,,},.,((((({{,..,|,,,,,,.{|{|}}}}}}),,}....}}}},.})}..))))))),,(({(,......(((((((..............)))))))....)))))