Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0013100

Sequence Length

1312 nt

GC Content

0.4444

AUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-374 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -400.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 330.6

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((.((((.((((((((((((((((..((..(((.((((.(((.(((((.((((.((.((............)).)).)))))))))....))).))))))).))..)))).)))))).(((((((.....(((((((((.....(((.((........)).)))....((((((....((((..((((.(((.(((((((((..(((((...((((((....(((((...((((((.................((((((((((((....)))))..))))))))))))).....)))))))))))((((..(((........(((..((((.......))))..)))(((((((.(.(((...(((.((((((((..((....))..)))))))).)))((((((((((((.........)))))).........)))))).......))).).))))))).....((((((.......)))))).)))..))))....))))))))))..(((((((......))))))).(((.....)))..))))))))))).)))).))))))......)))))).)))...)))))))...(((((((.(.........).)))))))..)))))).))))..........(((.(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).)))....((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..((((((((((((((((....((......(((((........))))))).))))))))..........(((((....)))))((........))..((..(((((.....)))))..))......(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

......(((((.{(((,((((((,,,,.,,,,({(({..,{{.,,...,|{((((((((..((((((.(((((((((((((((((.{{.,,...((((((((((.({{{(((((((,,,.{{{{.,.||||,((((,,,,.||||((((,,(((.(((....{{{..,,..,......,||,...))),....))).))).,,.)))),...||,(({||(((((((....,,,(({.{(({((({{{{{.....,.,....((((((((((((....))))}.,)))))))}))},},.,,.))))).)}},).}}.}}}.......))))))))))).)},..)))))))))).)))))))))),{||...,..((((((((..(,....)),.)))))))){{||{{..{{((((((.........))))))..,,..,,,}}|{{{{{{....{(({.{{{..,{{{{..,((((((.......)))))).,,,,}}))}.}}}},,...}}))))),,}.}).)))))))))))))))))..{((,...}}}.,,,{{((......,)}})..}}),})).)))))))),..)))))....(((((((.(.........).)))))))..)))))}.)))}.||,,.....||{.{((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),....{{,{{((((({{{{{{..{{.{{{(((,{(((({....,{...{{|{(,,,,.,.|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}}}.}}..)),))))}}}},((((..,.(((.((.......)).))),.))))....((((((...{{{{.,.........}}}}...))))))...,,((({,,{{((((((((.((,.......}},}}.},,})).)))))))).,{(((((........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).}..))).))).))))))}.|||{{{.((((((((.((((..........)))|{((........}}}|.,,....((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..,,||||||((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))..........,,.(((((((((((.(,........,...,...,}}.))))))))))).{{{{....(((((...)))))..}}}))))|(((((....)))))...)))))