Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0013900

Sequence Length

1212 nt

GC Content

0.4200

CAACAAAAUGCUUCAACAAGUUCCAGAAAACAUAAAUUUUCCUGCUGAAGAAGAGAAAAUCUUGGAGUUUUGGACUGAAUUUAAUUGUUUUCAGGAAUGCUUAAAGCAAUCAAAACAUAAACCAAAAUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-329.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -351.65

Frequency: 0.0000

Diversity: 332.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((......))(((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((....((((.....))))..)))...)))..)))))))..))))))).)))))(((...))).(((((..((((..(((...........(((((.(((((((.((((((((((..((..(((.((((.(((.(((((.((((.((.((............)).)).)))))))))....))).))))))).))..)))).))))))........))))))).)))))........)))..))))...))))).....((((((....((((..((((.(((.(((((((((..(((((...((((((....(((((...((((((.................((((((((((((....)))))..))))))))))))).....)))))))))))((((..(((........(((..((((.......))))..)))(((((((.(.(((...(((.((((((((..((....))..)))))))).)))((((((((((((.........)))))).........)))))).......))).).))))))).....((((((.......)))))).)))..))))....))))))))))..(((((((......))))))).(((.....)))..))))))))))).)))).))))))......((((((.(((.............(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((.(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).))).......))).))))))........))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((......))(((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((....({((.....))))..)))...)))..)))))))..))))))).))))|(({...)))}{(({{..{{({..(({........,..{,,{{,{|(((({{((((((((((,,((..(((.((({.(((.(((((.((((.{(.({.,,,,...,,|.}},}}.))))))))).,,.})}.})))))),)),.)))).)))))}....}}|,||}}}},|)}}||,...,|,.}))..}}}}...})})}..,..((((((....((((..((((.(((.(((((({...|||{((,{{((((((.....,,((,.{((((((({{{(,....,,,,,..((((((((((((....))))}.,)))))))}}}},},.,,.}}}}}.}}}.}.||.,},.......}))))))}}}}.},,,,},))),,,}}.{((((((|{,(({...{{,.((((((((..(,....}),.)))))))),||}((((((((((((.........)))))).........)))))),......})},}.))))))}.....((((((.......)))))).,||.,||||,||{{{({....))))|{{{{||.,,,,,))))))))))))},}|}}}..))))))))))).)))).))))))...,,,((((((.(((.............(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((.{((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),....{{,{{((((({{{{{{..{{.{{{(((,{(((({....,{...{{|{{,,,,.{,|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}},.}}..))}))))}}}},((((..,.(((.((.......)).))),.))))....((((((...{({{.,.........}})}...))))))...,,((({,,{{((((((((.((........)},}}.},,})).)))))))).,{(((((........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).,..))).))).))))))}.))).......))).))))))........})).)))))